Официальная дата основания храма — 13 сентября 1333 года, хотя строительство было начато раньше. Согласно сохранившимся документам, здание было завершено к 1380 году, однако его архитектурный облик продолжал формироваться до середины XVII века.

На протяжении нескольких веков история Кафедрального собора Калининграда (Кёнигсберга) была тесно связана с высшей светской духовной жизнью Восточной Пруссии: с первой половины XIV по начало XIX века в здании и на его территории было размещено свыше сотни надгробий и эпитафий: здесь захоронены магистры Тевтонского ордена, епископы, представители дворянства.