В середине XVI века, после того, как здесь обосновались испанцы, Кристобалем де Оньяте был основан город, который он назвал Гвадалахарой — в честь одноименного испанского города.

Благодаря удачному расположению город быстро развивался. В 1570 году сюда прибыли представители религиозных орденов августинцев и доминиканцев. Вскоре был открыт университет.

Историческим центром Гвадалахары является Пласа-де-Армас. Он был реконструирован в 1910 году к 100-летию независимости Мексики. Теперь здесь устраивают концерты.