Основными участниками конфликта со стороны индейцев были так называемые «Пять цивилизованных племен» Индейской территории (нынешняя Оклахома) — чероки, крики, чокто, чикасо и, с известными оговорками, семинолы. Исторически они населяли Юго-Восток США, который затем вошел в состав Конфедерации. Следует отметить, что среди аборигенов они занимали совершенно особое место. В ходе эксперимента, запущенного американской администрацией в конце XVIII века (так называемая «программа федерализации индейцев») они, по сути дела, стали «американцами индейского происхождения».

Владения «цивилизованных племен» превратились в маленькие индейские республики, смоделированные по образцу США — со своими конституциями и ветвями власти (президентов по традиции называли «верховными вождями»). Граждане этих республик во многом переняли образ жизни своих белых соседей из южных штатов. Часто это происходило благодаря смешанным бракам с лицами европейского или африканского происхождения — в канун Гражданской войны чистокровными оставались лишь 1/4 членов «Пяти цивилизованных племен». Богатые индейцы владели плантациями и жили, как аристократы; у некоторых число чернокожих рабов исчислялось сотнями. Рабовладение стало для индейцев своего рода «побочным продуктом» программы федерализации, поскольку на момент ее начала оно являлось частью жизни самих учителей-американцев.

Самостоятельное развитие «Пяти цивилизованных племен» было грубо прервано в 1830-х годов. Власти южных штатов при поддержке (а во многом и с подачи) федерального правительства решили ликвидировать индейские анклавы, а самих индейцев выселить на пустующие земли к западу от р. Миссисипи. Им пришлось воссоздавать свою цивилизацию заново. За последнее десятилетие перед войной Индейская территория превратилась в один из самых развитых регионов США к западу от Миссисипи. Правительства «Пяти цивилизованных племен» открыли первую сеть бесплатных школ в стране. У индейцев был самый высокий уровень грамотности на Западе. Большинство образованных индейцев умело читать и писать на двух языках — английском и своем родном, который сами сделали письменным, изобретя свои алфавиты. Они печатали на двух языках газеты. Многие приняли христианство.