Освящение дацана состоялось 10 августа 1915 года, когда ему было присвоено название Гунзэчойнэй, или "Источник религиозного учения Будды, который обладает Глубоким состраданием ко всем существам". Витражи были изготовлены по эскизу Николая Рериха.
Уже через два года наступила революция и здание было разграблено. Затем начались ремонтные работы, а потом началось всеобщее преследование буддизма. В 1933-м году была проведена последняя служба, в 1935-м лам арестовали и осудили на длительные сроки. А в 1937-м, если верить Википедии, все оставшиеся буддисты Ленинграда были арестованы и в тот же день расстреляны.
Я попробовала уточнить информацию - сколько конкретно буддистов было расстреляно в 37-м, но не удалось, в сети очень скудная информация, а глубоко копать не хочу, это не моя тема. Единственное, есть подтверждение, что были расстреляны практически все оставшиеся после ареста лам буддисты, жившие на территории дацана.
Вновь буддийская община в Санкт-Петербурге была официально признана в 1989 году, тогда же была проведена первая служба.