Находится в горах в 9 км от Мцхеты на высоте 750 м над уровнем моря. Основан после 560 года св. Шио Мгвимским, одним из ассирийских отцов (иноки с Ближнего Востока, основатели грузинской монашеской традиции).

В отличие от Джвари, находится не на самой высокой точке горы, а на склоне, среди очень живописной лесистой местности. Монастырь располагается на склоне хребта уступами, и здания стоят как бы одно над другим. Окружающие скалы, обильные пещерами, в которых подвизались монахи-отшельники, весьма напоминают традиционное иконописное изображение гор.

Древнейшее сооружение монастыря – храм св. Иоанна Крестителя – было построено еще при жизни св. Шио примерно в 560-580 годах. Храм является уникальным для Грузии. Это одно из первых сооружений купольного типа и первый крестовый храм. «Классический» Джвари будет возведен через несколько десятков лет. Кроме того, впоследствии крестовые храмы строили в виде тетраконхов, затем опора купола делалась на столбы. А церковь в Шио-Мгвиме осталась чуть ли не единственным прецедентом крестового храма с опорой купола на угловые выступы стен.

Рядом с ним подвижник вырыл пещеру-яму, в которой и подвизался в затворе. В ней св. Шио и был погребен в соответствии с его волей. Там почивали его мощи, пока пришедшие к власти в ХХ веке большевики не сожгли их в ходе антирелигиозной кампании (сохранилась лишь небольшая частица). Сейчас существует спуск в пещеру, где можно поклониться могиле преподобного.

К храму пристроена колокольня – как ни странно, наиболее позднее сооружение на территории монастыря. Несмотря на вполне архаичный вид, ее построили местные владетели князья Амилахвари только в 1733 году. Вход в храм сейчас организован именно через колокольню.

Самое масштабное строение монастыря – собор во имя Божией Матери. Он построен около 1100 года по приказу одного из величайших государей Грузии Давида IV Строителя, который сделал Шио-Мгвимскую обитель царским доменом. Изначально церковь была купольная, но во время нашествия шаха Аббаса в 1614 году она была практически полностью разрушена и восстановлена только через полвека, в 1678 году уже в сильно упрощенном виде базилики.

В ней находилась родовая усыпальница князей Амилахвари, владевших окрестными землями с XV века. Храм подвергался сильным разрушениям также османами в 1720 году и персами в 1735 году, но каждый раз восстанавливался. Интерьер был обновлен уже в XIX веке. В этом храме мы видели иконы св. Серафима Саровского (судя по обилию его образов в храмах Грузии, он там весьма почитается) и величайшего подвижника Русского Зарубежья св. Иоанна Шанхайского и Сан-Францискского.

В советское время монастырь Шио-Мгвиме был закрыт (хотя есть свидетельства, что монахи находили возможность иногда тайно совершать богослужения), сейчас вновь возрожден и действует.

На вершине одной из окрестных гор сохранилась небольшая часовня, также относящаяся к XII веку – периоду расцвета монастыря.