Учился живописи в Школе изящных искусств в Севилье под руководством Хоакина Домингеса Беккера, затем с 1877 года в Королевской академии изящных искусств Сан-Фернандо в Мадриде. Был сокурсником Карлоса де Аэса.
Жил и творил в Гранаде, где встретился и подружился с одним из лидеров романтического ориентализма Мариано Фортуни, творчество которого оказало на него большое влияние.
В 1879 году отправился в Париж. Учился в мастерских у Огюста Болара, Жана-Леона Жерома и Феликса Зима.

Был близок к представителям художественной школы Фонтенбло и Барбизонской школы.

Работал в Венеции, Великобритании и городах Северной Африки, таких как Танжер, где писал пейзажи, картины на восточные сюжеты.
Около 1880 года вернулся в Испанию, и вскоре стал членом Академии изобразительных искусств Севильи.
В 1896 году ему был поставлен диагноз — туберкулёз, от которого художник умер в 1907 году.
Работы Эмилио Санчес-Перье неоднократно выставлялись на аукционах по цене от 216 до 122 500 долларов.

С 1998 года рекордная цена этого художника на аукционе составляет 122 500 долларов США за картину ниже «В устье Гранд-канала, Санта-Мария-делла-Салюте вдали», проданную на аукционе Sotheby's в Нью-Йорке в 2011 году.