И. Н. Эндер в течение нескольких лет изучал живопись в венской Академии изобразительных искусств. Впервые представил свою картину («Смерть Марка Аврелия») на выставке в Академии, и работа молодого художник была премирована. В 1818 году Эндер приглашается венгерским графом Иштваном Сеченьи соучаствовать в его путешествии по Греции и Италии. Из этой поездки Эндер привозит множество эскизов, ставших впоследствии основой для его художественных полотен. Во время пребывания в Италии художник сумел познакомиться с влиятельными людьми, с помощью которых он впоследствии получил возможность учиться в римской Академии Святого Луки.

В 1826 году Эндер возвращается в Австрию, живёт в Вене и работает как свободный художник, в первую очередь как портретист. Одной из лучших работ мастера считается его «Распятие Христа», написанное им в 1850—52 годы для венского Собора Святого Стефана. Кроме масляной живописи, И. Н. Эндер занимался также медной гравюрой. Художниками были также брат-близнец Иоганна, Томас Эндер и сын Эдуард.