Боробудур построен как огромная ступа, которая выполнена в форме гигантской мандалы. Фундамент ступы квадратный со стороной 118 м. У ступы имеются восемь ярусов, пять нижних — квадратные, а три верхние — круглые. Эта мандала выражает схему мироздания в соответствии с буддийскими представлениями. На верхнем ярусе расположено 72 малых ступ вокруг большой центральной ступы. Каждая ступа в форме колокола с большим количеством украшений. Внутри ступ помещены статуи Будды.

До сих пор Боробудур является местом паломничества и молитв. Паломники семь раз проходят вокруг каждого яруса по часовой стрелке. По мнению исследователей, сооружение можно рассматривать как огромную книгу для паломников. По мере совершения ритуального обхода каждого яруса паломники знакомятся с жизнью Будды и с элементами его учения. А прикосновение к каждому Будде из ступ на верхнем ярусе, через выемки в ступе, согласно поверьям, приносит счастье.

Боробудур сотни лет лежал покрытый вулканическим пеплом и заросший джунглями. Как этот уникальный монумент оказался забытым и оставленным, пока не ясно. В середине 20 века было выдвинуто предположение, что после извержения вулкана Мерапи несчастья вынудили жителей покинуть свою землю и искать другие места обитания. Извержение произошло в 1006 году, но многие учёные считают, что центр яванской цивилизации переместился в долину Брантас ещё в 928 году. Так или иначе, почему люди оставили Боробудур, остаётся загадкой.

Обнаружили храм в 1814г. во время английской оккупации острова. Была организована экспедиция, в ходе которой отряд из 200 человек в течении полутора месяцев очищал монумент. Позднее проводились работы другими исследователями. С 1835 верхняя часть монумента была полностью расчищена и весь комплекс стал хорошо обозреваем.

Тем временем памятник разворовывали, рельефы, скульптуры, орнамент растаскивали торговцы сувенирами. Король Сиама, посетивший в 1886 губернатора, увёз с собой восемь бычьих упряжек со статуями и элементами орнамента и увёз скульптуру единственного сохранившегося хранителя храма.

В результате сильно пострадавший от мародерства и разрушенный сточными водами, в период с 1973—1984 храм был заново отстроен при содействии ЮНЕСКО. Была проведена полная разборка сооружения, укреплен холм и возведена специальная ирригационная система.