Сегодня, одной из интересных задач компьютерного моделирования в биологии является изучение поведения биомолекул в различных растворах: динамика их структуры в ходе некоторого процесса и взаимодействие с другими молекулами. Эти задачи очень важны не только в фундаментальной науке, но и в фармацевтике. Например, перед проведением клинических испытаний разработанный препарат в первую очередь проходит этап молекулярного моделирования, на основе которого можно сделать вывод о том, как лекарство поведет себя в живом организме. К тому же, изучение молекулярной динамики может быть не только серьезным, но и интересным.

Одним из популярных и полезных инструментов для визуализации и анализа молекулярного моделирования является библиотека nglview, написанная на Python. Она представляет собой интерактивный виджет IPython/Jupyter, который позволяет визуализировать молекулярную структуру и траектории движения атомов.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691542/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691542

Привет, Хабр! Это моя первая публикация и хотелось бы начать с чего-то полезного для сообщества. С места в карьер… Я запилил расширение для VSCode, которое поможет автоматизировать создание файловой структуры компонентов.

Для тех кому удобнее в видео формате, вот ссылка на скринкаст. Рассказываю плюс минус тоже самое, но волнительно и неловко.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691534/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691534

Делимся последними материалами из нашего корпоративного блога и блога на Хабре. Сегодня в подборке — как поднять собственный DNS-сервер, стародавняя сетевая проблема с «раздуванием» буферов и куда пропал IPv5.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/690410/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=690410

На днях на Хабре публиковалась новость о том, что Торвальдс представил новый релиз ядра Linux, который получил номер 6.0, вместо, например, 5.20. Противники такой нумерации, конечно, есть, но Торвальдс особо не обращает на них внимания.

Но сегодня поговорим не про нумерацию версий, а про подробности самого релиза. Среди самых заметных изменений — оптимизация менеджера задач, верификация корректности ядра, драйвер ublk, поддержка асинхронной буферизованной записи в XFS и ряд других дополнений и обновлений. Подробности — под катом.
Читать дальше →

https://habr.com/ru/post/691304/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691304

Исследования любого приложения достаточно рутинный и длительный процесс. Без использования инструментов и автоматизации разобрать даже самые простые алгоритмы написанные на некоторых языках программирования практически невозможно. (Go рантайм без символов). Справиться с этой тяжелой задачей и предоставить набор инструментов могут следующие приложения:

<sup>- Hopper
- IDA Pro
- Ghidra
- radare2
- rizin</sup>

Список включает только те, которые постоянно на слуху и известны во всём мире. Попробуем разобраться в нашей статье с тем как эти приложения могут разбирать ассемблерные листинги и строить псевдокод. Можно ли найти проект, который будет давать возможность просто создавать изменение ассемблерного листинга без написания сложных парсеров?

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691522/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691522

Среди российских IT-специалистов бытует мнение, что главное в компании — выполнять обязанности из должностной инструкции. А всё, что касается гибких навыков и корпоративной культуры — это лишние опции, думать о которых не обязательно. Это показывают даже простейшие опросы на Хабре — и рейтинги статей. К сожалению, иногда это тормозит развитие карьеры и снижает шансы на трудоустройство в международные компании.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691510/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691510

Это выдержка из книги Further Enterprise Application Architecture development, работу над которой автор начал в середине нулевых. К сожалению, с тех пор слишком много других не менее важных вещей стали требовать его внимания, поэтому не было времени как следует поработать над книгой и просвета в обозримом будущем не предвидится. Поэтому имейте ввиду, что этот материал находится в черновом варианте и автор не планирует вносить никаких исправлений или обновлений, пока не найдется время закончить эту книгу.

Извечной проблемой при построении полнофункциональных клиентских систем является сложность их тестирования. Фреймворки очень большой части таких полнофункциональных клиентских систем создаются без оглядки на необходимость автоматизированного тестирования. Программное управление этими фреймворками часто бывает очень сложным.

Паттерн “Пассивное Представление” (Passive View) призван помочь нам с этим, сводя присутствие какой-либо логики в компонентах пользовательского интерфейса к абсолютному минимуму, перемещая ее в контроллер, который теперь не только обрабатывает ответы на пользовательские события, но и выполняет все обновления представлений. Это позволяет сосредоточить тестирование на контроллере, минимизируя риски возникновения проблем в представлении.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691504/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691504

PostgreSQL - это система управления реляционными базами данных с открытым исходным кодом, которая используется в непрерывной разработке и продакшне уже 30 лет. Почти все крупные технологические компании используют PostgreSQL, поскольку это одна из самых надежных, проверенных в боях систем реляционных баз данных на сегодняшний день.

PostgreSQL является критически важной точкой в вашей инфраструктуре, поскольку в ней хранятся все данные. Для этого важна наглядность, а значит, вы должны понимать, как работает протоколирование в PostgreSQL. Это достигается с помощью журналов и метрик, которые предоставляет PostgreSQL.

В этой статье я объясню все, что вам нужно знать о журналах (логах) PostgreSQL, начиная с того, как их включить и заканчивая тем, как их легко форматировать и анализировать.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691502/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691502

Ром для старого пирата — это приговор. А как насчет нормального и здорового человека? Цель материала изучить не столько влияние ударной дозы во время пьянки, сколько эффект от регулярного и умеренного пития. Хотя про то, как литрами выпитый алкоголь влияет на мозг, и прав ли был доктор Ливси, мы тоже поговорим.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691496/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691496

Дайджест перспективных проектов за прошлый месяц с короткими описаниями, чтобы вы точно не пропустили ничего интересного, а может и вспомнили о полезных вам продуктах.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691470/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691470

Можно ли с помощью GitHub анализировать работу, не заглядывая в монитор сотрудника — без скриншотов и тайм-трекеров?

Я Александр Кириллов, технический директор компании Evrone. Больше 20 лет я посвятил разработке. В этой статье поделюсь с вами опытом, который собрал за время работы с распределенными командами. Расскажу о том, как, не нарушая приватность разработчиков, следить за качеством работы на проектах и отслеживать нежелательные паттерны с помощью метрик в Jira и Git.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691468/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691468

В предыдущей части мы научились эффективно передавать данные вспомогательным потокам из основного через разделяемую память, используя Atomics-операции и блокировки.

Но мы рассматривали все-таки идеальную ситуацию, когда основной поток больше ничем не занимался, кроме обмена с "подчиненными" уже заранее готовыми данными. В реальных же приложениях такое встречается достаточно редко - обычно эти самые данные приходится готовить непосредственно перед передачей. И, бывает, в этом участвует существенная доля синхронного кода, что для JavaScript крайне неприятно, но иногда неизбежно - например, при вычислении регулярных выражений.

Давайте оценим, насколько синхронные операции "роняют" производительность нашего тестового приложения. И узнаем, как можно в разы улучшить ее, "скрестив ужа с ежом", используя выделенный поток-координатор из позапрошлой части статьи совместно с разделяемой памятью.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691352/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691352

List является одной из самых популярных коллекций в C#. Давайте разберёмся в некоторых особенностях работы с ним и посмотрим на внутреннюю реализацию его отдельных частей.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691476/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691476

Вы заинтересованы в том, чтобы занять свою первую руководящую должность? Вы, вероятно, заметили, что для большинства руководящих должностей требуется предыдущий опыт управления. Как можно его получить, не устраиваясь на работу, и наоборот?

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691472/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691472

Этот учебник поможет вам легко создать yolov4 в облаке с включенным графическим процессором, чтобы вы могли выполнять обнаружение объектов за миллисекунды!

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691464/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691464

Mouse jiggler.

Для чего:

предотвращает залочивание экрана; мессенджеры, автоматически показывающие вашу активность по движению мыши - показывают что вы активно работаете.

Старый дедовский способ: положить оптическую мышку на наручные часы; движение секундной стрелки воспринимается сканером мыши как движение мыши.

Недостатки:
1) не каждая мышь реагирует на каждые часы. Нужно подбирать

2) если положить мышь на часы небережно или случайно задеть ее - может прекратить работать.

Предлагается:

плата Arduino Pro Micro за $4 на Али; она умеет прикидываться мышью или клавиатурой. Минимальная доработка платы: в отверстия выводов Gnd, 2, 3 впаивается простейший переключатель, вот такой:

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691336/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691336

Тело человека похоже на машину – для работы ему требуется постоянная подзаправка и техническое обслуживание. Большая часть этих процессов происходит без нашего участия – разве что мы выбираем, что съедим сегодня. Однако бывают времена, когда в результате несчастного случая, заболевания или старения автоматические процессы починки нашего тела перестают справляться со своей задачей, делают что-то неправильно или просто отказывают.

Большинству читателей, вероятно, известно, что у ящериц может отрастать хвост, если морскую звезду из числа некоторых видов разрезать на кусочки, каждый из них регенерирует в полноценную морскую звезду, а аксолотль способен выращивать как конечности, так и части мозга. У людей тоже есть потрясающая способность к регенерации – хотя в основном только у печени. Она может отрасти обратно даже после удаления трёх четвертей.

Регенеративная медицина стремится либо включить восстановительные процессы в повреждённых тканях, либо заменить повреждённые органы и ткани другими, выращенными отдельно при помощи генетического материала пациента. Мы можем прийти к будущему, в котором органы на замену всегда будут доступны, а многие травмы превратятся из необратимых во временные – включая и паралич.
Читать дальше →

https://habr.com/ru/post/691334/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691334

Большие объемы данных вынуждают глубже смотреть в логику работы оптимизатора СУБД. Ваше понимание о выборе селективного индекса может расходится с логикой выбора оптимизатора SQL. Это еще больше привязывает конкретную систему к конкретной СУБД. Построение хорошего запроса к СУБД попрежнему остается искусством, а искусственный интеллект пока еще туда не добрался. Кто больше виноват - 1С или MS SQL - решать Вам.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691326/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691326

Даже такой простой объект, как атом, проявляет квантовую неопределённость. Если спросить, «где отдельный электрон находится прямо сейчас?», ответ можно дать лишь с определённой, ограниченной точностью.

Как бы мы ни совершенствовали своё измерительное оборудование, отдельные квантовые свойства остаются в известной мере неопределёнными. Догадываетесь, почему? Подробности — к старту нашего флагманского курса по Data Science.

Посмотреть

https://habr.com/ru/post/690904/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=690904

Site Reliability Engineering (SRE) пришел в компании, чтобы прорабатывать вопросы надежности целиком всей системы без разделения на отдельные зоны ответственности, как это было при работе сисадминов и программистов до появления DevOps'ов. Однако роль SRE-инженера, которую представил Google, каждый стал трактовать по-своему. Кто-то делал все строго по книге, а кто-то добавил в работу и свое личное видение.

Со временем обязанности SRE в компаниях, особенно на российском рынке, стали отличаться друг от друга. Вместе с тем появились сопутствующие вопросов о внедрении, обучении сотрудников, применении тех или иных инструментов и тд.

В этой статье мы собрали самые часто встречаемые мифы и вопросы о внедрении SRE и обучении его инструментам. Ответить на них нам помог Максим Гусев, Tech Lead SRE, на счету которого тысячи выстроенных пайплайнов CI/CD и более 100 инсталляций Kubernetes в продакшен.

Читать далее

https://habr.com/ru/post/691320/?utm_source=habrahabr&utm_medium=rss&utm_campaign=691320