Город Тобольск был основан в 1587 году. В XVII века он стал столицей Сибири, в XVIII столетии — центром самой большой в России Тобольской губернии. Первый тобольский острог был выстроен из разобранных казачьих стругов. Москва всячески поощряла здесь каменное строительство. В 1683-1686 году присланными из Москвы и Великого Устюга каменщиками с подмастерьями Герасимом Шарыпиным и Гаврилой Тютиным создается каменный Софийско-Успенский собор. К началу XVIII века были возведены каменные стены и башни кремля, а также ряд не дошедших до нашего времени построек, стоявших на одной западной линии с Софийским собором.

Переезд в 1925 году в Архиерейский дом краеведческого музея благотворно сказалось на сохранении памятников кремля. В 1939 году Тобольский кремль был признан архитектурно историческим памятником, подлежащим государственной охране. В 1952 году было выявлено прогрессирующее разрушение кладки и составлен проект реставрационных работ. В 1961 году Тобольский музей получил статус историко-архитектурного музея-заповедника. Ему на баланс были переданы все памятники кремля и города.