Первое упоминание о деревянной церкви в Толмачах относится к 1625 году: в Приходной книге Патриаршего приказа она именуется как «церковь великаго Чудотворца Николы, да в приделе Иван Предтеча, что за Москвой-рекой в Толмачах». Однако есть версия, что церковь стояла здесь давно, ибо известно, что в 1657 году по государеву указу у нее была взята земля под новое кладбище, так как прежнее стало тесным.
Уже в ту пору в приходе Никольского храма жили и представители знати. Об этом свидетельствует тот факт, что в марте 1687 года сюда прибыл сам Патриарх Иоаким, чтобы присутствовать на отпевании некоего Лариона Панина. Кем был этот человек, неизвестно, но есть предположение, что он мог быть знатным предком знаменитых графов Паниных.
В конце XVII века к приходу церкви были частично приписаны жители обширной Кадашевской слободы, имевшие своим приходским храмом сначала Космодамиановскую а потом и Воскресенскую церковь в Кадашах. В приходе той Воскресенской церкви жили богатые купцы Лонгин и Кондратий Добрынины.
Именно Добрынины в 1687 году выстроили на свои средства каменный Воскресенский храм в Кадашах, получивший прозвище «большой московской свечи». А когда часть кадашевцев приписали к храму Николы в Толмачах, те же Добрынины, уже в 1697 году, выстроили и каменный Никольский храм на месте деревянного. У каменного храма появилась интересная архитектурная деталь - его закомары украшены точно такими же декоративными раковинами с жемчужинами, как у Архангельского собора в Кремле, построенного итальянцем Алевизом Фрязиным.

В 1765 года храм дочиста ограбили. Тогда прихожане снабдили его всем необходимым для богослужения на первое время. Розыск же установил некоего Ивана Ильина, содержателя воровского притона, чьи постояльцы обокрали церковь, однако вернуть ничего из похищенного не удалось, и пришлось обустраивать храм заново.
Всего через 4 года после этого происшествия вдова богатого фабриканта Екатерина Лазаревна Демидова, кстати, прихожанка храма Воскресения в Кадашах, пожелала устроить в Никольской церкви придел во имя Покрова Богородицы. Уже в 1770 году Покровский придел был освящен, а на следующий год в Москве грянула эпидемия чумы. Храм вновь остался нищим, так как чума выкосила его приход и порушила состоятельность уцелевших прихожан.

Зато при новой беде – нашествии Наполеона, - храм совсем не горел, тогда как бушевавшее пламя уничтожило все окружавшие его дома Толмачевской слободы, и местные жители стремились укрыться в церкви от дыма и огня. Полностью уцелело и имущество храма, надежно спрятанное под полом.
Более пяти месяцев после вторжения Наполеона в Никольском храме не было богослужений. Он стоял пустым, ибо полностью лишился своего прихода: ни одного дома не уцелело. В 1813 году были освящены Никольский и Покровский приделы, но количество прихожан исчислялось всего девятью дворами, так что храм был приписан к церкви святителя Григория Неокесарийского на Полянке. И тогда огорченные толмачевцы подали прошение преосвященному Августину, с уверением, что дома в приходе отстраиваются и заселяются и что жители готовы заплатить любую сумму на содержание духовенства, лишь бы их приходской храм получил «первобытное свое существо». Делу был дан ход, и выяснилось, что церковь святителя Григория Неокесарийского имеет даже меньшее число прихожан, а Никольский храм прекрасно сохранился после войны. 5 февраля 1814 года вышел указ о восстановлении самостоятельности некоторых церквей, в том числе и Толмачевской.
Первая половина XIX века явилась последней вехой в созидании Никольского храма. В 1833 году старая шатровая колокольня, связанная с церковью переходом, наклонилась, и стены храма дали сильные трещины. Тогда прихожане решили на свои средства перестроить весь храм, тем более что он уже не вмещал в себя всех желающих. Святитель Филарет, митрополит Московский, дал на то разрешение с указанием, насколько возможно, сохранить главный храм «в древнем устроении».
Для этих работ был приглашен именитый архитектор Ф. М. Шестаков, возводивший в те же годы храм «Большое Вознесение». Он выстроил новую ампирную колокольню и трапезную с приделами. Общая перестройка храма заняла более 20 лет. Только в октябре 1858 года святитель Филарет освятил и главный храм, а новая «шестаковская» колокольня стала одним из высотных православных силуэтов старого Замоскворечья наряду со «свечой» Воскресения в Кадашах и храмом-исполином священномученика Климента папы Римского.
На перестройку Никольского храма в середине XIX века деньги пожертвовала Александра Даниловна Третьякова вместе со своими сыновьями Павлом и Сергеем. В Толмачах Третьяковы поселились в 1851 году, так Павел Михайлович Третьяков стал прихожанином Никольского храма и оставался им до самой смерти, последовавшей в 1898 году.
В первые годы после революции Никольский храм еще действовал. В 1922 году из него изъяли ценности на девять пудов. В 1924 году на престольный праздник в Духов день в храм приехал служить литургию святой Патриарх Тихон.
А на Пасху следующего, 1929-го, года Никольский храм в Толмачах был закрыт. Это было сделано по требованию коллектива Третьяковской галереи, чтобы включить здание храма в ее состав для расширения экспозиции.
Можно сказать, что храму повезло, но лишь отчасти – его передали Третьяковской галерее под запасник-хранилище. И он уцелел, хотя был перестроен до неузнаваемости: главы разобраны, верх колокольни сломан, колокола разбиты на куски, внутреннее пространство разделено на этажи, иконостас уничтожен, а многие иконы переданы в галерею. Но все-таки не снесен…
А настоятель был переведен с прихожанами именно в ту церковь святителя Григория Неокесарийского на Полянке, к которой храм едва не был приписан после нашествия Наполеона.
Лишь в 1983 году, когда Третьяковку готовили к капитальной реставрации, решили восстановить и здание храма, чтобы открыть в нем концертный зал. К 1990 году были восстановлены главы и колокольня.
Храм был открыт для богослужения в 1993 году, после того как по особому соглашению между Патриархией и дирекцией музея он получил довольно неожиданный статус домового храма Третьяковской галереи и стал приходским для всех ее сотрудников.
Полная реставрация храма, проводимая на средства Третьяковской галереи и прихожан, завершилась в 1997 году. Все возможное было воссоздано в прежнем виде, а Третьяковская галерея в свою очередь выделила храму иконы из своих фондов.
В сентябре 1999 года в домовой Никольском храме Государственной Третьяковской галереи перенесли Владимирскую иконку Божьей Матери.
Необходимо было обеспечить особый музейный режим в храме, которому официально дан статус храма-музея. Для Владимирской иконы изготовили на заводе Минатома РФ особый пуленепробиваемый киот с поддерживаемой внутри необходимой температурой. Войти в церковь можно лишь через двери Третьяковской галереи со стороны Малого Толмачевского переулка (рядом с колокольней) и, прежде чем подняться по лестнице в храм, положено обязательно оставлять в гардеробе верхнюю одежду. Оборудованный как музейный зал с передовыми технологиями, с искусственно созданным климатом, температурным режимом и сигнализацией, Никольский храм в то же время остается самостоятельным храмом, где по праздникам и выходным дням проходят богослужения, возносится молитва и даже теплятся свечи.

По материалам статьи Елены Лебедевой

Ну а так храм выглядит на дореволюционной фотографии из альбома Найденова: