История создания этой картины наиболее богата материалами, которые рассказывают о таинствах художнической работы Василия Сурикова. Сохранились почти все этапы ее композиционных поисков, зафиксированные в различных эскизах - от самых первых набросков до акварелей, подчас покрытых сеткой графления (то есть рассчитанных на перенос на полотно).

Первый написанный масляными красками эскиз картины «Боярыня Морозова» был сделан Суриковым в 1881 году Замысел картины еще окончательно не созрел, однако В. Суриков уже представлял всю сцену довольно конкретно. Hо другой художественный замысел на долгий срок отодвинул работу над этой картиной: с 1881 по 1883 год Суриков работал над «Меншиковым в Березове», а затем поехал за границу.

Там, вдали от родины, пристально вглядываясь в бессмертные полотна мастеров Возрождения, Суриков продолжал вынашивать образы своего нового великого творения — народной драмы «Боярыня Морозова». Возвратившись летом 1884 года в Россию, он смог, наконец, вплотную приняться за воплощение давнего грандиозного замысла, но только весной 1887 года «Боярыня Морозова» была им закончена. Новое произведение получило название по имени центрального персонажа картины — боярыни Морозовой, одной из видных участниц «раскола».