Согласен. Это проблема и она называется сложность, ООП тут не причем. Во первых надо сначала решить, что будет делать класс, а потом уже его создавать. Но если класс уже есть, то придется потратить время и разобраться, как он работает. Название класса и методов должно в этом помогать. Когда станет понятно, что класс делает, это знание надо отобразить в модульном тесте. Если для этого нужно немного порефакторить класс, это отлично, так как это улучшит архитектуру. Так-же нет ничего плохого в разносе функциональности по разным классам, если это упростит понимание.
Есть мнение, что если нет тестов, то система не работает. Это мнение как раз появилось из-за описанной тобой проблемы.