Вот что у меня стоит для Eclipse 4.5 (Mars) по минимуму:

Сборка самой IDE: "Eclipse IDE for Java Developers", т.к. Classic уже не нахожу в списке для скачивания.

Обнаружил, что если в Ubuntu 13.04 отключить сглаживание шрифтов и выбрать по умолчанию, например, Arial, то система совершенно нормально всё отображает! Наконец-то! Может так и раньше можно было сделать, но я только сейчас это нашёл. Нормальные шрифты как в винде.

Также можно сделать подобное в PHPStrom (IDEA), добавив (заменив) следующие строчки в файлах phpstorm64.vmoptions и phpstorm.vmoptions:

-Dswing.aatext=false
-Dawt.useSystemAAFontSettings=gasp

В каталоге /opt/phpstorm/bin или том, где он стоит.
Кроме того, есть другой путь для улучшения отображения шрифтов в Java-based приложениях: http://nixmash.com/php/better-looking-intellij-idea-fonts-in-linux-mint/
Обратите внимание на интересную опцию: -Dsun.java2d.xrender=true

Пару дней ковырялся чтобы настроить IDE для серверной и клиентской части одного проекта. Захотелось мне заставить IDE одновременно работать как серверной так и с клиентской частью чтобы не тратить внимание на переключение между разными средами. Сложность в том, что клиент и сервер на разных языках, соответственно на Флеше и на Питоне. И вот наконец получилось!

В качестве основы взял среду FDT4, потому что она быстрая и на ней уже работает Флеш. Установил в неё PyDev и кучу разных плагинов, в т.ч. для синхронизации с удалёнными серверами. Серверную часть пока запускаю на той же машине, что и клиентскую, но ничто не мешает и править серверный код удаленно потому что есть RSE для Эклипса. Отдельная проблема была с FlashPlayer, потому что для юнит-тестов он совершенно не нужен и его окошко надо было спрятать. Как это сделать нормально пока не знаю, может быть надо писать тесты на Adobe AIR. Я же извратился и вызываю плеер через браузер в одной и той же вкладке, а само окно браузера скрыл навсегда сторонней утилиткой. В результате у меня получилась IDE с двумя консолями и двумя проектами, где ничто не отвлекает от сути.