Для экспериментов подразделение использовало живых людей, чаще всего — китайских, советских или корейских пленных. За девять лет существования отряда было уничтожено около 3 тысяч человек: примерно по одной изощренно-мучительной смерти в сутки.

Данные об «Отряде 731» японский архив рассекретил по запросу профессора Университета медицинских наук Кацуо Нисиямы. Он возглавляет группу японских ученых, которые считают, что подробный рассказ о деятельности отряда позволит избежать повторения подобных трагедий в будущем.

История деятельности подразделения стала известна благодаря книге японского исследователя Моримуры Сэйити «Кухня дьявола». Содержание её носит настолько шокирующий характер, что в предисловии автор предупреждает читателей о возможной «потере веры в человечество» после прочтения книги.

Идея создания бактериологического оружия окончательно сформировалась в Японской империи в конце 1920-х годов, когда страна переживала период бурного роста. Для борьбы с вероятным противником — господствующими в регионе США и Великобританией, а также укреплявшимся после гражданской войны СССР — искали эффективное оружие. Создать его вызвался японский микробиолог Сиро Исии.
В начале тридцатых Исии совершил турне по ведущим бактериологическим лабораториям Европы. В докладе по итогам поездки ученый доказывает, что биологическое оружие может принести империи огромное преимущество.

Доклад впечатлил японское военное руководство, и в 1932 году по указанию военного министра Садао Араки были выделены средства для создания специального комплекса по разработке биологического оружия. Строительство лабораторий началось в оккупированной японцами Манчжурии в 20 км к югу от главного города провинции Харбина. Руководителем отряда был назначен Сиро Исии. Научный персонал набирался из лучших выпускников престижных японских учебных заведений. Официально комплекс получил название Главного управления по водоснабжению и профилактике Квантунской армии. Куратором подразделения в 1940 году стал принц Такэда.