Заочно окончил Московский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе.

В 1991 году в соответствии с договорённостью между правительствами СССР и Казахской ССР приступил к тренировкам в Центре подготовки космонавтов имени Ю. А. Гагарина.

2 октября 1991 года стартовал в космос вместе с Александром Волковым и австрийским космонавтом Францем Фибёком в качестве космонавта-исследователя космического корабля «Союз ТМ-13». В течение недели работал на борту орбитального комплекса «Мир». Продолжительность пребывания в космосе составила 7 дней 22 часа 13 минут. 10 октября 1991 года возвратился на Землю вместе с Анатолием Арцебарским и австрийским космонавтом Францем Фибёком на борту космического корабля «Союз ТМ-12».

После распада СССР живёт в Казахстане. Находится на государственной службе. С апреля 1992 года — первый заместитель председателя Государственного комитета по обороне Республики Казахстан, помощник президента Казахстана по освоению космоса. У себя на родине считается первым казахстанским космонавтом, хотя де-юре им не является: первым космонавтом — уроженцем Казахской ССР был Виктор Пацаев, а Казахстана вообще — Владимир Шаталов.

Перед избранием в парламент — генеральный директор Национального аэрокосмического агентства Республики Казахстан в городе Алма-Ата. 24 октября 2009 года Токтар Аубакиров, первый казахский космонавт, выступая на съезде новой оппозиционной политической силы — Общенациональной социал-демократической партии «Азат» — в Алма-Ате, так пояснил своё вхождение в объединённую партию оппозиции:

14 января 2012 году участвовал на досрочных выборах в мажилис, нижнюю палату парламента. Выдвигался от партий ОСДП.

НАГРАДЫ

• Звание «Халык Кахарманы» (1995).
• Орден Отан (1995).
• Герой Советского Союза (1988).
• Орден Ленина (1988).
• Орден Октябрьской Революции (1991).
• Орден «Знак Почёта» (1987).
• Медаль «За заслуги в освоении космоса» (12 апреля 2011 года) — за большой вклад в развитие международного сотрудничества в области пилотируемой космонавтики
• Лётчик-космонавт СССР (1991).
• Заслуженный лётчик-испытатель СССР (1990).
• Два ордена «Золотой Крест» Австрийской Республики (1988 и 1993 года).
• http://www.people.su/8715