Возрождение монастыря началось в конце 1980-х гг. В 1989 году была открыта для посещения прихожан Успенская церковь. В 1990 году Патриархом всея Руси Алексием II настоятелем монастыря был назначен выпускник Московской духовной Академии Доримедонт Чекан, стараниями которого монастырь начал оживать. В 1990 году при монастыре было открыто Духовное училище, преобразованное в 1991 году в семинарию (в 1996 году переименована в Кишинёвскую). В 1994 году в честь небесного покровителя монастыря преподобного Паисия была построена приходская церковь селе Кицканы. В этом же году на территории монастыря была заложена часовня в честь чудотворной иконы Божьей Матери Ново-Нямецкой, предназначенная для малого освящения воды. В восстановленном здании библиотеки расположен музей истории монастыря.