По мнению члена сдаточной команды АПЛ «Нерпа», инженера-механика Амурского судостроительного завода Сергея Стольникова, причиной происшествия на подводной лодке стал новый образец пульта общекорабельных систем «Молибден». «Это сырая система, которая и раньше допускала сбои», - сказал журналистам Стольников. По его словам, разработка пульта на три месяца была остановлена после смерти летом 2008 г. основного автора проекта. По утверждению Стольникова, систему «вроде бы наладили» непосредственно перед ходовыми испытаниями «Нерпы». Инженер считает, что причиной запуска системы пожаротушения на подлодке стал сбой в пульте «Молибден» и в то, что систему запустил матрос Дмитрий Гробов, Стольников не верит.

Из-за несанкционированного запуска системы пожаротушения на АПЛ «Нерпа» во время ходовых испытаний погибли 20 и были госпитализированы 21 человек. Через несколько дней следствие заподозрило в причастности к аварии Дмитрия Гробова, против которого возбудили дело по статье «причинение смерти по неосторожности двум и более лицам». Ходовые испытания АПЛ планируется продолжить, которые должны завершиться не позднее марта 2009 года.