Вопрос, думаю, актуальный.
При переустановке системы происходит замена информации на диске C, информация на диске D сохраняется. Следовательно, задача сводится к тому, чтобы сделать каким-то образом копию библиотеки ссылок и сохранить ее на диске D. Бывают случаи, когда диск D тоже "летит", поэтому можно сделать копию и на флэшке, на всякий случай.
Первый способ. Итак, начну с самого трудоемкого способа - все ссылки копировать в документ Word, сохранять там в виде текстового файла . Очень трудоемкая  и нудная работа, преимуществ - никаких.
Второй способ.  2-1. Заходим в "Мой компьютер".
 

2-2.  Выбираем "Documents and Settings" и заходим в него. 

2-3. Выбираем "user" и заходим в него. 

2-4.  Находим папку "Избранное (Favorities)", в которой хранится библиотека ссылок.

2-5. С помощью правой кнопки мышки выбираем  опцию создания одноименного архива rar.

В этой же папке, то есть,  папке "user" будет создан архив, содержащий все ссылки, сохраненные на сегодняшний день. Так как будут появляться новые ссылки, нужно переименовать (нажать F2) созданный архив, добавив в него текущую дату, например, Favorities28.04.11,а затем перенести его на диск D и флэшку. При необходимости файл-архив можно будет разархивировать в папку на диске D, а при переустановке системы скопировать ее содержимое в папку "Избранное" на диске C. Если проделать такую работу раз в неделю или раз в месяц, в зависимости от скорости накопления ссылок, вы сбережете свою нервную систему.

Третий способ.  3-1. В меню "Интернет Эксплорера"  выбрать "Файл", затем "Импорт-Экспорт".

3-2. При этом запустится Мастер Импорта-Экспорта. Нажимаем "Next" для продолжения. 

 Выбираем "Export Favorities (Экспорт избранных)"   и вновь нажимаем "Next" для продолжения. 

3-3. Компьютер указывает на папку со ссылками, жмем "Next" для подтверждения и продолжения работы.

3-4. Указываем путь место и папку, в которой будет сохранен файл со ссылками (лучше сразу выбрать его на диске D).

3-5. В указаном месте будет создан  файл с расширением  htm, в котором будут все ссылки из библиотеки. Открыть его в Эксплорере можно обычным двойным нажатием на файл. При переустановке операционной системы все ссылки можно будет вернуть обратно, аналогично тому, что описано выше, только вместо команды  "Экспорт" нужно будет использовать "Импорт".

Четвертый  способ  основан на использовании iGoogle. Если зайти в Google справа вверху появится ссылка iGoogle. В нем есть возможность хранить компьютерную среду, то есть, перенести домашнюю среду на другой компьютер, например, на работе.  Есть возможность сделать экспорт ссылок. Не буду описывать весь этот процесс, iGoogle это отдельная тема, и думаю, способов, описанных выше будет достаточно.