Национальный музей был учреждён королём Португалии Жуаном VI (1769—1826) в 1818 году под названием Королевский музей в рамках инициативы для стимулирования научных исследований в Бразилии, которая до того времени была огромной и дикой колонией, практически не изученной наукой. Первоначально музей собирал образцы представителей флоры и фауны Бразилии, особенно птиц, из-за этого старое здание музея, расположенное в центре Рио-де-Жанейро получило прозвище «дом птиц».

2 сентября 2018 года в музее произошёл крупный пожар, охвативший все три этажа здания. Люди не пострадали, но огонь стремительно уничтожил практически всю коллекцию, насчитывавшую до 20 млн экспонатов.

Музей обладал одной из крупнейших коллекций в Северной и Южной Америках, состоящей из животных, насекомых, минералов, индейской посуды, египетских и южноамериканских мумий и древностей, археологических артефактов, метеоритов, окаменелостей и многих других экспонатов. Среди них были представлены древнеегипетские фрагменты рельефных изображений, маски, статуэтки божеств из бронзы, камня и дерева, коробки для каноп, алебастровые чаши, погребальные конусы, украшения, амулеты и прочее.

Лузия
Человеческий скелет Лузия возрастом почти 12 тысяч лет считается древнейшим известным ископаемым останком человека в Америке.

Метеорит Бендего
Крупнейший упавший в Бразилии метеорит Бендего.

Метеорит весом 5 260 кг нашел в 1784 году в штате Баия на северо-востоке Бразилия мальчик, отправившийся на поиски ушедшей коровы.

Перевезти метеорит из Байи оказалось непростой задачей.

Метеорит погрузили было на тележку, запряженную 20 волами, но тяжелую ношу животные удержать не смогли и метеорит упал в реку.

Удалось перевезти ценную находку лишь в 1888 году.

Деревянную реплику метеорита выставляли на Парижской выставке в 1889 году.

Скелет динозавра
Воссозданный скелет динозавра - крупнейший динозавр в Национальном музее.

Части скелета были обнаружены в бразильском штате Минас-Жерайс в 1998 году.

На находку пришли посмотреть, по оценкам музея, более миллиона человек.

Фрески из Помпей
Римская фреска из древнего города Помпеи уцелела после извержения вулкана в 79 году н.э. и была одной из жемчужин греко-римской коллекции музея.

Доколумбовые артефакты
В археологической секции музея находится ценная коллекция из более 100 тысяч артефактов доколумбовой эпохи.

Погребальные урны, мумии из перуанских Анд, текстиль и керамика из разных стран Латинской Америки.

Часть экспонатов коллекции передал во владение музея император Бразилии Педру II.

Само здание
В этом году музей, здание которого когда-то служило резиденцией португальской королевской семьи, отметил свое 200-летие.