Обнаружил, что если в Ubuntu 13.04 отключить сглаживание шрифтов и выбрать по умолчанию, например, Arial, то система совершенно нормально всё отображает! Наконец-то! Может так и раньше можно было сделать, но я только сейчас это нашёл. Нормальные шрифты как в винде.

Также можно сделать подобное в PHPStrom (IDEA), добавив (заменив) следующие строчки в файлах phpstorm64.vmoptions и phpstorm.vmoptions:

-Dswing.aatext=false
-Dawt.useSystemAAFontSettings=gasp

В каталоге /opt/phpstorm/bin или том, где он стоит.
Кроме того, есть другой путь для улучшения отображения шрифтов в Java-based приложениях: http://nixmash.com/php/better-looking-intellij-idea-fonts-in-linux-mint/
Обратите внимание на интересную опцию: -Dsun.java2d.xrender=true

Ещё одна ссылка в блокнотик: http://habrahabr.ru/post/143113/
Там описаны разные простые способы установки Oracle JDK 7 в Ubuntu 12.04.
Самым простым способом мне показался такой.

Добавляем новый репозиторий:
# add-apt-repository ppa:upubuntu-com/java

Эта строчка исправляет ошибку NO_PUPLIC_KEY:
# apt-get update 2> /tmp/keymissing; for key in $(grep "NO_PUBKEY" /tmp/keymissing |sed "s/.*NO_PUBKEY //"); do echo -e "\nProcessing key: $key"; gpg --keyserver subkeys.pgp.net --recv $key && sudo gpg --export --armor $key | apt-key add -; done

Проверяем ещё раз всё ли добавилось в репозитории:
# apt-get update

Ставим пакет с JDK 7:
# apt-get install oracle-java7-installer

Установка Sun JDK 7 в Debian