В ходе освоения Сибири уже в XVII в. правительство обращало внимание на природные богатства этого края. Приказ Рудного сыска рассылал воеводам запросы о полезных ископаемых, прилагал инструкции, как брать образцы, которые пересылались в Москву для анализа специалистов. Аптекарский приказ точно так же требовал образцы местных лекарственных растений. И когда в столице узнали, что где-то в окрестностях Байкала находят серебро, была организована экспедиция «для проведывания руды». Туда отправились енисейские казаки во главе с атаманом Василием Колесниковым, присоединились и якутские под руководством атамана Ивана Галкина. Они основали Верхнеангарский острог, но не поладили между собой и разделились. Колесников остался в Западном Прибайкалье, группа его казаков во главе с Иваном Похабовым перешла по льду озеро, исследовала южный берег, а потом у устья р. Иркут построила ясачное зимовье — из которого вырос Иркутск. А Галкин обогнул Байкал, в 1648 г. заложил Баргузинский острог и совершил поход на р. Шилку, открыв месторождение серебра, за что был произведен в дети боярские.
Да, первыми сибирскими геологами были казаки-землепроходцы. В XVII в. были открыты залежи слюды в Западной Сибири, Енисейске, Прибайкалье, «цветное узорочное каменье» в Верхотурском, Тобольском, Якутском уездах, медь под Невьянском, железная руда на Туре, Тоболе, Исети, в Якутии, Прибайкалье, селитра на Олекме, свинец на Аргуни, нерчинское серебро. Возникали первые заводы, домницы. На некоторых месторождениях делались еще только пробные шурфы и плавки, но они уже были открыты, хотя позже заслугу себе приписали другие. Столь авторитетные исследователи Сибири как С.В. Бахрушин и С.А. Токарев однозначно установили: «Изыскания академиков XVIII века базировались на предшествующие поиски и опыт служилых людей XVII столетия».
Казаки оставались и прекрасными дипломатами, устанавливая дружеские отношения с местными племенами. И если в Западной Сибири этому во многом способствовала калмыцкая угроза, то в Забайкалье сказался другой фактор. По соседству усилились маньчжуры. Они сокрушили китайскую империю Мин, в 1644 г. взяли Пекин, и возникла могущественная и агрессивная империя Цин, которая стала разворачивать экспансию на север. Подчинила часть монголов, обложила данью приамурских дауров и дючеров. В таких условиях буряты и тунгусы предпочли переходить под власть царя.
Здесь выдвинулся Ерофей Хабаров. Он был устюжским крестьянином, в 1628 г. поехал в Мангазею в надежде разбогатеть на пушном промысле. Не получилось. Но Хабаров обнаружил, что в Сибири можно нажить состояние и другими способами — там очень дорого стоили хлеб, промышленные товары. И снова ушел за Урал, став «слободчиком». То есть одним из деловых людей, которые сами основывали деревни и управляли ими. Это разрешалось, требовалось только согласовать с уездным воеводой и платить налоги. Хабаров обосновался у устья Киренги, нанял работников, в 1640-х у него уже было 26 десятин пашни, собственные кузницы, мельницы, соляные варницы, он занялся торговлей, извозом, ростовщичеством. А в 1650 г. Хабаров обратился к якутскому воеводе Дмитрию Францбекову (Ференцбаху) с проектом освоения Приамурья. Сформировал отряд из 70 казаков и крестьян, поднялся по Лене, заложив г. Олекминск. Затем достиг Амура, где основал Даурский городок. И начал совершать плавания по реке, приводя в подданство местных жителей. Мужик он был крутой, силу применял без раздумий. Когда взбунтовалась и попыталась бежать группа казаков, с ними тоже расправился сурово.
В 1651 г. по следам Хабарова пошли из Якутска 27 казаков во главе с Иваном Нагибой. Но с хабаровцами они каким-то образом разминулись. Построили судно и прошли по всему Амуру, причем с непрерывными боями. Вышли в море, но судно было раздавлено льдами у Шантарских островов. Экспедиции удалось спастись, и она сухим путем вернулась в Якутск, собрав большой ясак. Современники считали чудом, что отряд во всех передрягах не потерял ни одного человека. Однако другие отряды к Хабарову добирались, его силы росли. Пекин же воспринял выдвижение землепроходцев к своим границам крайне враждебно. Император категорически запретил подданным контакты с русскими. Подчиненных ему монгольских князей направил в набеги на Забайкалье, чтобы покорить здешние племена. А на Амур в 1652 г. отправил корпус из тысячи солдат с ружьями и легкими пушками. У Хабарова к этому моменту собралось до 200 служилых и «охочих людей». Но, как писали китайцы, в лице казаков они встретили бойцов «храбрых, как тигры, и искусных в стрельбе». Корпус был разгромлен наголову.
В 1653 г. Хабарова сменил на Амуре отряд Онуфрия Степанова, а Ерофей Павлович вернулся в Якутск, составив «чертеж реке Амуру». Царь высоко оценил его успехи и пожаловал в дети боярские. А в Забайкалье предпринял поход Петр Бекетов — тот самый, который 20 лет назад строил Якутск. Теперь он заложил Иргенский и Нерчинский остроги. И их основание в 1655 г. принято за отсчет старшинства Забайкальского Казачьего Войска. Впрочем, одновременно возникла и другая казачья община, вольная. От Москвы здешние места были далеко, злоупотребления властей бывали частенько. Но и люди в Сибири подбирались отчаянные, терпеть «неправд» не привыкли. В 1655 г. случилось сразу два восстания. Взбунтовались служилые Верхнеленского острога во главе с Максимом Сорокиным и ушли в Приамурье. А в Илимском остроге казаки и крестьяне убили воеводу, избрали атаманом Никифора Черниговского, решили жить вольной казачьей «республикой» и тоже двинулись на Амур. Здесь две общины объединились и построили крепость Албазин.
Служилые закреплялись в Прибайкалье и Забайкалье — были основаны Балаганский, Телембинский, Селенгинский, Удинский остроги. Буряты и тунгусы приветствовали строительство, помогали, поскольку и для них крепости обеспечивали защиту от вылазок маньчжуров. А отряд Степанова поставил на Амуре Кумарский острог. Китайский император направил сюда еще одну армию. Но казаки вместе с подоспевшими на помощь ратниками Бекетова приняли бой. Храбро отбивались в Кумарском остроге, и неприятельское войско было разбито, покатилось прочь «к немалой чести казаков». После этой победы приамурские племена стали склоняться «под государеву руку». И тогда в Пекине было принято решение лишить русских продовольственной базы и потенциальных данников. Маньчжуры устроили массовую депортацию дауров и дючеров, переселяя их на Сунгари. А казаков стеснили военными отрядами, не прекращались бои.
В 1658 г. Степанов докладывал в Якутск: «Поне все в войске оголодали и оскудали, питаяся травою и корением… а сойти с великия реки без государева указу не смеем никуда. А богодойские (т.е. китайские) воинские люди над нами стоят близко и нам против их… стоять и дратца стало нечем, пороху и свинцу нет нисколько». Просил помощи, но она опоздала. Степанов и почти все его соратники погибли. Но очистить от русских Амур китайцам так и не удалось. Албазин устоял, отбив все атаки. А на смену погибшим служилым шли другие, партию из 600 казаков и переселенцев повел из Енисейска в Приамурье атаман Афанасий Пашков… И результат депортации дауров и дючеров стал для Китая очень далеким от ожидаемого. Земель, пригодных для пашни, в Сибири было мало, они очень ценились, тем более что русским дозволялось селиться только «на порозжих местах». А места в Забайкалье и Приамурье освободились! Сюда пошло интенсивное переселение — и Даурия, оставшаяся без дауров, стала казачьей Даурией.
Продолжались исследовательские экспедиции и в других направлениях. В 1651 г. Иван Баранов с группой «охочих людей» прошел с Колымы на Гижигу, к Охотскому морю. Примерно в это же время Василий Власьев и Кирилл Колкин предприняли плавание на Чукотку, установили контакты с «чухоцкими мужиками». Сотник Курбат Иванов, сменивший в Анадырском крае Дежнева, тоже построил кочи и ходил морем на Чукотку. Открыл залив Креста, бухту Провидения. Десятник Иван Меркурьев Рубец совершил поход на Камчатку. Потом туда же отправился енисейский казак Иван Камчатый. Открыл реку, названную его именем. На обратном пути Камчатый был убит юкагирами, но название реки «Камчатка» впоследствии перенеслось на весь полуостров. В 1680-х иезуит Авриль, беседуя в Москве с окольничим Мусиным-Пушкиным, вытянул из него информацию об Америке и ее жителях. Стало быть, казаки уже и туда забирались…
Сибирь обживалась. Русские и коренные жители привыкали друг к другу, при городах возникали национальные слободы. Впрочем, сибирское казачество само было смешанным. Русских женщин тут было очень мало. И казаки женились на местных уроженках после их крещения. В Западной Сибири предпочитали брать в жены татарок, в Восточной — якуток или буряток. Эти народы были ближе русским по быту, и жены могли вести хозяйство казака, да еще и мужа поучить особенностям сибирского скотоводства, огородничества, земледелия. Но крещение местных жителей было обязательным только при заключении браков с русскими. Царское правительство проявляло очень высокую веротерпимость, на смене религии не настаивало. Пропаганда христианства являлась только делом Церкви. Однако, по тогдашним понятиям, переход в христианскую веру вел и к изменению статуса. «Ясачный», согласившийся принять крещение, становился «русским» и переставал платить ясак. Но и крестьянских податей вносить не мог. И воеводам предписывалось вербовать таких людей на службу, они тоже становились казаками. А в Забайкалье в связи с маньчжурской угрозой и условие крещения не соблюдалось. Здесь в службу принимали бурят-буддистов, тунгусов-язычников. И, например, к Нерчинскому острогу было приписано 800 конных тунгусов.
А казачья община в Албазине сохраняла независимость 19 лет. Царских властей не признавала, принимала беглых, объясачивала в свою пользу местных. Пахала землю, разводила скот. Торговала, покупая боеприпасы. И удары китайцев отражала. Но становилось ясно, что рано или поздно враги ее сомнут. Поэтому в 1674 г. албазинцы били челом государю, «вины свои принесли». Что ж, царь их простил. Послал в знак милости икону Знамения Пресвятой Богородицы. И принял казаков на службу. Они стали гарнизоном того же Албазина. Отношения с Китаем Москва пыталась урегулировать мирным путем. В Пекин были направлены посольства Байкова, потом Спафария. Но ничего достичь не удалось. Император Канси был настроен непримиримо. Он сумел подавить последние очаги антиманьчжурского сопротивления в Южном Китае и решил всерьез заняться северными делами.
В 1684 г. Канси нанес двойной удар. Подчиненных ему монголов во главе с Тушету-ханом бросил на Селенгинск, а маньчжурскую армию с артиллерией — на Албазин. В Забайкалье русские с бурятами и тунгусами нападение отбили. А в Албазине оборонялось всего несколько сот казаков. Но императорским войскам никак не удавалось взять его. Штурмы отбивались, осада затягивалась. Да только и силы казаков таяли. Многие погибли, уцелевшие были переранены, боеприпасы кончались. Уповали разве что на заступничество Пресвятой Богородицы, молились перед иконой, присланной из Москвы. И все же сумели дотянуть до осени. А с наступлением холодов и ненастья китайские командиры занервничали. Знали, что при неудаче запросто лишатся голов и предложили переговоры. В результате удалось достичь компромисса — маньчжуры обещали отступить, если и русские оставят Албазин. Остатки гарнизона покинули крепость, и она была сожжена.
Но ушли казаки только для того, чтобы попросить подкреплений. На Амур двинулись новые отряды, и было образовано Албазинское воеводство. Воеводами были назначены Алексей Толбузин и Афанасий Бейтон (потомок перешедших в Православие шотландцев). Была заново отстроена крепость, в нее доставили 5 пушек, гарнизон довели до 800 человек. Однако и Канси не смирился. Приказал строить в Маньчжурии цепь укреплений и баз для войск. А в 1686 г. начал решающее наступление. Послал монголов на Забайкалье, а на Амур двинулась армия генерала Лантаня из 5 тыс. солдат при 40 пушках. По реке их везла флотилия из 150 лодок-бусов, часть сил шла берегом. Лантаню предписывалось взять Албазин и наступать на Нерчинск, соединиться там с монголами и изгнать русских за Байкал. Для наращивания удара следом за армией шли подкрепления, гнали 3 тыс. лошадей. В июле маньчжуры появились у Албазина. Когда они стали высаживаться с бусов, Бейтон с казаками ударил на них. Встретили врага ружейным и пушечным залпом и пошли в рукопашную. Десант смяли, покололи пиками, побили прикладами мушкетов и сбросили в воду.
Но подошли главные силы, оттеснили защитников в крепость и началась осада. На пятый день боев воевода Толбузин был тяжело ранен ядром в ногу и умер. Гарнизон возглавил Бейтон. Маньчжуры возвели высокий вал вокруг крепости, отгородив ее от внешнего мира. На валу установили батареи, простреливая город. Но казаки снова и снова отбивали атаки. И сами предпринимали отчаянные вылазки, мешали неприятельским работам, ломали построенные укрепления. Прославился снайпер-пушкарь Алеша Наседкин, без промаха наводивший малочисленные орудия и выигрывавший дуэли с китайской артиллерией, легендой стал силач-казак Квашнин, прозванный «Отойди подальше». Ему любое оружие оказывалось «не по руке», и он вооружился огромной самодельной секирой. Предупреждал товарищей: «Отойди подальше», раскручивал секиру над головой и кидался в гущу врагов. И казаки говорили: «Побег Квашнин вперед! Теперь удержу не будет!» Осада длилась 5 месяцев! 5 месяцев изоляции, непрерывных боев и бомбардировки. В Албазине сгорело все, что могло гореть — дома, палисады. Оборонялись на изрытых ядрами земляных валах. А армия Лантаня усиливалась подкреплениями и достигла 10 тыс. Но так и не смогла взять крепость и ушла восвояси…
И лишь после этого поражения Канси согласился на переговоры. В Забайкалье выехала делегация во главе с Федором Головиным. Но в 1687 г., когда она прибыла в Селенгинск, Канси вместо своих дипломатов бросил на город монгольско-маньчжурское войско. Гарнизон Селенгинска выдержал осаду и отбился. Нападали еще несколько раз, пугали. Потом прислали уполномоченных — опять с большим войском и требованием к русским уйти за Байкал. Долго бодались, старались переупрямить друг друга. И только в августе 1689 г. был подписан компромиссный Нерчинский договор. Россия отстояла за собой Забайкалье, верхние притоки Амура, но Приамурье уступила. В связи с этим Албазин, снова отстроенный после осады, был оставлен гарнизоном и сдан китайцам. Причем император казачью крепость очень зауважал. Приказал разобрать ее, перевезти и поставить в Западных горах близ Пекина — в качестве воинского памятника и образца фортификационного искусства.