«Русский орфографический словарь» РАН под редакцией В. В. Лопатина приводит оба варианта как равноправные. Таким образом, литературной норме в настоящее время соответствует «мЫшление» и «мышлЕние», при этом предпочтительно произношение с ударением на второй слог.