Родился в семье старьёвщика Иоганна Эндера, брат-близнец художника Иоганна Непомука Эндера. В 1806 году Томас, вместе со своим братом, поступает в венскую Академию изобразительных искусств, где сперва учится в классе исторической живописи у Губерта Маурера. В 1810 году он перешёл в класс пейзажа, к Лауренцу Янше. После смерти Янши в 1812 году его учителем становится Йозеф Мёссмер.

Уже в 1810 году Т.Эндер получает 1-й приз Академии в области пейзажа. Проведя некоторое время в учебных поездках, Эндер в 1817 году возвращается в Вену, где ему присуждается за пейзажную живопись учреждённый императором Австрии Большой художественный приз. Картина, отмеченная этой наградой, была приобретена князем Клеменсом Меттернихом, и в дальнейшем оказывавшим поддержку художнику. Так, он сделал возможным участие Т.Эндера в Австрийской экспедиции в Бразилию, во время которой художник создал более 700 рисунков и акварелей. После возвращения Эндер сопровождает князя в Рим и живёт там до 1823 года, получая императорскую пенсию. В 1823 году художник, по заказу Меттерниха, работает в районе Зальцкаммергут. В 1824 он становится членом венской Академии. В 1826 году Эндер посещает Париж. В 1828 году он становится придворным художником у эрцгерцога Австрийского Иоанна, и сопровождал его в его путешествиях 1837 году по Ближнему Востоку и южной России.