Сведения об истории Ямецкой (или Емецкой) пустыни скудны. Первое документальное упоминание о ней содержится в сотной книге Никиты Яхонтова 1592 г. При царе Федоре Ивановиче монастырь получает жалованную грамоту. «А по той грамоте велено им владеть землею и всякими угодьи и промыслы вверх по Онеге до речки до Пяленги на четыре версты, а вниз до Каркуса порога на пять верст, да в Емце реке до мосту, ниже Оленья броду на версту» — так определялись монастырские владения в Писцовой книге Семена Языкова 1615 г. В другой, Писцовой книге Ивана Воейкова (1621 — 1622 гг.) о пустыни сказано: «В Каргопольском уезде, в Турчасовском стану, на Онеге реке, на Емецком волоку, монастырек убогий, Благовещенский; а в нем церковь Благовещения Пречистые Богородицы древяна, стоит без пения, и церковного строения нет ничего. А в том монастыре живет в келье старец Осей. Пашни паханые худые земли, около монастыря осмина, за перелогом три четверти в поле, а в дву потому ж...» Мы узнаем также, что в годы Смутного времени, «в разоренье литовские люди в той пустыни старцов посекли а жалованную грамоту сожгли и после того-де Побережские, Марковские, Шелековские крестьяне их, старцов, обижают». Из этих строк мы можем заключить, что оставшийся в живых старец Осей собрал малочисленную братию, но пустынь влачит жалкое существование.

Окрестные крестьяне теснят монахов, предъявляют претензии на их владения, поскольку монастырь не может документально обосновать свои права. Поэтому «черный поп» Кирилл с братией посылают в Москву жалобу на местных крестьян и просят подтвердить свои прежние права. Грамоту такую они получают. Очевидно, перед нами один из многих эпизодов борьбы крестьян с монастырями за право землевладения. Можно вспомнить, что столетием раньше Антоний Сийский, пройдя через Ямецкую пустынь, первоначально поселился на Шелеховском озере, где прожил семь лет, но был согнан окрестными крестьянами, опасавшимися, что новый монастырь, окрепнув, отнимет их земли (непокорные шелеховские крестьяне упоминаются и в цитированной выше грамоте). Хотя прежние льготы, по новой грамоте, вернулись к монастырю, он так и не смог окрепнуть. Главной причиной тому было, что емецкий волок запустел, перестал быть важным торговым путем — на смену ему пришли сухопутные пути с Онеги на Двину. К тому же и монастырские пашни, «худые земли», и рыбные ловли не столь обильны в среднем течении реки, как в ее низовье. Короткий расцвет пустынь переживает в годы управления обителью строителя Павла (1718 —1741). При нем возводится двухпрестольная церковь Благовещения, сохранившаяся до наших дней. Дальнейшая история Ямецкой пустыни напоминает нам истории других удаленных северных пустынек, о которых мы уже рассказывали. Сначала они приписывались к более крупному монастырю, в данном случае к Спас-Каргопольскому, а затем упразднялись. В 1764 году при упразднении здесь оставался один монах. Монастырская церковь была обращена в приходскую, а на месте обители возникла деревня, которая в память существовавшей здесь пустыни стала называться Пустынькой. «Древляна» церковь и посейчас стоит в Пустыньке, но, конечно, не та, что упомянута в «Писцовой книге». Существующая постройка относится к 1719 году. Храм двухэтажный, нижний престол Благовещенский, верхний — Вознесенский. Церковь в Пустыньке представляет исключительный интерес — это единственный сохранившийся образец клетской церкви с бочковидным покрытием. (Подобное покрытие было на второй церкви на Почозере.)

Видимо, подобный тип храма был характерен для этих мест. Бочковидное покрытие было также на часовне в деревне Нижний Маркомус, на часовне Ольховского погоста и на церкви Елгомского погоста. В древности эта форма использовалась часто, как можно судить по хоромам деревянного Коломенского дворца. Сам храм представляет собой высокий сруб с повалом, над которым нависают полицы. С запада к храму примыкает трапезная, с востока высокая пятигранная апсида, тоже перекрытая бочкой. Одна-единственная главка прорезала кровлю большой бочки храма (ныне утрачена). Вполне возможно, что существующая церковь повторяет формы более древней, упомянутой в вышеприведенной описи. К сожалению, памятник этот, отмеченный еще академиком В. В. Сусловым, остается до сих пор малоизвестным. Тем заманчивее увидеть его воочию. Стоит церковь, как всегда, прекрасно — на речном мысу, под ней небольшой омуток — единственное тихое место, где можно пристать, а дальше река понесет стремительно, кипя и шумя в высоких крутых берегах, и долго еще будет видна позади церковь, пока река не повернет вправо, и тут будет уже некогда оглядываться назад — впереди предстанет, вздымая свои злые валы, беснуясь, кипя пеной, самый большой порог Онеги — Большая голова. И дальше на три десятка километров все будут пороги и перекаты.