В 1652 году, по поручению царя Алексея Михайловича, Новгородский митрополит  Никон отправляется в Соловецкий монастырь для перенесения в Москву мощей святителя Филиппа митрополита Московского. Святитель пострадал в правление Иоанна Грозного в 1568 году за обличение царских беззаконий и жестокостей. Никон прочитал перед гробом святителя Филиппа царскую грамоту и принес покаяние от имени царя за беззаконие своего предка. Митрополит Никон с торжественным шествием возвратился с мощами святителя Филиппа в Москву. По дороге, в сонном видении, ему явился святой Филипп и благословил его намерение о построении обители на Валдае.

Вступив на первосвятительский престол, Никон высказал свое намерение, основать монастырь на Валдайском озере, царю Алексею Михайловичу. Государь одобрил просьбу Патриарха и выделил из государственной казны огромные средства для скорейшего построения обители. Летом 1653 года первосвятитель послал на место строительства искусных зодчих, множество людей и строительных материалов, а к осени были построены и готовы к освящению две деревянные церкви. Соборный храм был освящен в честь чудотворной иконы Иверской Божией Матери, а теплый - во имя святителя Филиппа митрополита Московского.

Патриарх всей душою стремился как можно быстрее взглянуть на свое детище. При первом посещение строящейся обители, Никон переименовал посад Валдайский в село Богородицкий, а так же нарек Валдайское озеро Святым, предварительно освятив его и опустив на дно Евангелие и крест. Сам монастырь в дополнение к прежнему названию был назван Святоозерским.

Для прославления обители по распоряжению Патриарха были перенесены святые мощи Иакова Боровичского. На месте остановки гроба была построена деревянная часовня, и очень скоро вблизи часовни забил целебный источник. За время от явления святых мощей до их переноса в Иверскую обитель сохранилось двенадцать письменных свидетельств о чудесных исцелениях различных болезней.

24 февраля 1654 года в соборном храме Иверского монастыря состоялось торжественное переложение мощей праведного Иакова из ветхой деревянной раки в серебряную. В тоже время в монастырь были привезены ковчеги с частицами мощей Московских святителей Петра, Ионы и Филиппа, и других многих святых.

В мае того же года, дается царская грамота с закреплением за обителью не только Валдайского озера с островами, но и других многочисленных земельных вотчин и монастырских угодия близ лежащих обителей. Так же закрепляются села: Валдай, Боровичи, Вышний Волочек, и ямы: Выдропужск, Едрово, Яжелбицы. Среди русских монастырей не много имеется обителей, которые за короткое время были бы так быстро обогащены угодиями и возведены так скоро на одинаковую степень с древними монастырями.

В 1655 году в Иверский монастырь переселилась братия Белорусского Оршанского Кутеинского монастыря в количестве более 70 человек. Переезд был связан с притеснениями православных верующих со стороны униатов. Выходцы из Белоруссии, Украины и Литвы пополнили в дальнейшем Иверское братство. Наместником был назначен иеромонах Дионисий II из числа пришедшей братии. Среди монахов был будущий Патриарх - Иоаким, а так же Исакий Полоцкий - брат Симеона Полоцкого. Иноки перевезли с собою на новое место все свое имущество и типографию. С приходом Кутеинских монахов, начинает развиваться книгопечатание и переплетное мастерство. Это было новшеством для России, так как до этого в стране существовала только одна типография - Государев печатный двор в Москве. Новая типография расположилась в угловой Патриаршей башне монастыря. Стараниями братии через два года удалось наладить печатное дело, и за 8 летнее существования ее в монастыре было издано:

-"Часослов", два издания, (1657 и 1658 гг.);

-"Рай мысленный", сочинение инока Стефана Святогорца с приложением, куда вошли повествования Никона: о строении Иверской обители на Святом озере и о явлении и перенесении святых мощей праведного Иакова Боровичского, (1659 г.);

-"Брашно духовное", (1661 г.);

-грамота царя Алексея Михайловича на жалование вотчин и привилегии Иверскому монастырю, (1665 г.).

В 1656 году была закончена первая постройка монастыря - Успенский собор. Одновременно была сооружена и деревянная ограда с десятью шатровыми башнями и четырьмя проезжими воротами.

16 декабря этого же года в торжественной обстановки был освящен соборный храм обители. На торжество вместе с Патриархом прибыли митрополиты Новгородский Макарий и Крутицкий Питирим, архиепископ Тверской Лаврентий и многочисленное духовенство из различных епархий России. На средства патриарха к этому торжеству был вылит специальный колокол мастером Александром Григорьевым. Колокол весил 1000 пудов, и имел изображение Патриарха Никона. Даже недостроенный монастырь поражал взор прибывших богомольцев на освящение обители.

Сюда же из Москвы была доставлена богато украшенная копия чудотворной иконы Божией Матери. Икона поражала всех своим великолепием и дорогим убранством. Ценность украшений этой иконы достигала в то время более 44000 рублей серебром. Патриарх Никон запретил всем иконописцам делать с нее списки и копии.

 Монастырь получает статус первоклассного, так же возрастает число братии до 200 человек. Особое положение обители отмечалось архимандритским саном настоятеля и правом его совершать богослужение в митре, с палицей, с рипидами, на орлицах и с осенением, а с 1759 года митрополитом Новгородским Димитрием дозволено было носить мантию со скрижалями и архиерейский посох. Таким преимуществом пользовались настоятели Иверской обители вплоть до ее закрытия в 1919 году.

Недолго пребывала Иверская обитель в цветущем состоянии. На Большом Церковном Соборе в 1666 году Первосвятитель был осужден и низложен с патриаршей кафедры. Во время опалы Никона все его монастыри: Иверский Валдайский, Крестный Онежский и Воскресенский Новоиерусалимский были закрыты. Иверская братия вместе с настоятелем была размещена по разным монастырям других обителей. Однако уже в 1668 году суровый приговор был отменен, и в Иверскую обитель вернулся архимандрит Филофей с братией, так же были возвращены все ранее отобранные привилегии и земли.

Главное сооружение Иверского монастыря является Успенский собор, который и до сего дня не утратил своего величия. Это одно из самых больших построек XVII века в России. Кафедральный собор отличается простотой и монументальностью архитектурных форм. До сего дня, от первоначального убранства собора сохранились кованные дверные решетки и дубовые резные двери XVII века.

После событий 1917 года положение монастыря изменилась в худшую сторону. С января 1918 года Советская власть постоянно реквизировала у монастыря хлеб, скот, рыбу, а так же овощи и фрукты. В 1919 году монастырь был преобразован в Иверскую трудовую артель с уставом, зарегистрированным Советской властью. Артель насчитывала 70 человек, имела 5 гектаров монастырских угодий и 200 гектаров - занятых садами, огородами, пахотой, пастбищами. В голодные годы большевизма обитель занималась делами милосердия и раздавала бесплатно хлеб местному населению. В 1927 году монастырь был закрыт, а Иверская икона Божией Матери в золотом и богато украшенном окладе увезена в неизвестном направлении.

За время Советской власти на территории был историко-архивный музей, музей краеведения. В 30-е годы в монастырских помещениях располагались мастерские. В военное время находился госпиталь, затем дом инвалидов для участников Великой Отечественной войны, и лесная школа для детей, больных туберкулезом. В 70-е годы на острове появился поселок, а на территории монастыря была открыта база отдыха.

В июне 1991 года решением Исполкома Новгородского областного Совета народных депутатов Валдайский Иверский Богородицкий Святоозерский мужской монастырь был возвращен Русской Православной церкви и перешел в ведение Новгородской епархии. И уже 15 августа 1991 года город Валдай посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Это событие стало настоящим духовным праздником. Он побывал в Иверском монастыре, где отслужил молебен перед чудотворным образом Иверской Божией Матери и дал благословение на восстановление обители.

21 августа 2001 года состоялся официальный визит президента Российской Федерации Владимира Владимировича Путина, в ходе которого был осмотрен архитектурный ансамбль. Владимир Владимирович Путин поставил свечи перед чудотворным образом, и в дар монастырю передал еще один список иконы Божией Матери Иверской.