В Нижегородском Крестовоздвиженском монастыре были соединены три древние женские обители. Первая по древности – обитель в честь Зачатия Пресвятой Богородицы праведною Анной - была основана еще в середине 14 века супругой великого князя Нижегородско-суздальского Андрея Константиновича великой княгиней Анастасией Ивановной (в иночестве Вассой, в схиме – Феодорой, впоследствии прославленной, как местночтимая святая). В 1764 году, в период Екатерининских церковных реформ, обедневший монастырь, имевший к тому времени четырехсотлетнюю историю был упразднен и причислен кремлевскому монастырю во имя Происхождения Честных древ Животворящего Креста Господня.

Воскресенский монастырь находившийся внутри Нижегородского кремля упоминается в нижегородской сотной грамоте 1621 года. В 1715 году монастырь горел, а в 1723 году монахини с уцелевшим имуществом были переведены также в Происхожденческий монастырь. По преданию, записанному Н.И. Храмцовским, Происхожденский монастырь был основан на месте между кремлем и церковью во имя великомученика и Победоносца Георгия, куда в 1611 году были снесены нижегородцами пожертвования в ответ на воззвание Козьмы Минина о спасении Отечества. Из более достоверных источников известно, что обитель строилась в начале 17 века на средства государевой казны. Архимандрит Макарий, историк и в 1879-1885 годах епископ Нижегородский и Арзамасский, относит основание монастыря к 1612 году.
С самого начала в монастыре был храм Происхождения (изнесения) Честных древ Животворящего Креста Господня с приделом во имя блаженного Василия. Церковь со всеми монастырскими строениями сгорела в 1715 году, но затем была возведена вновь. 8 июня 1716 года храм был освящен в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. По храмовой церкви обновленный монастырь стал называться Крестовоздвиженским.

 В 1809 г. пожар, перекинувшийся из кремля, нанес значительные повреждения храму и части зданий, кроме того строения уже давно подвергались разрушительному воздействию почвенных вод. Это стало причиной ходатайства о перенесении обители на новое место. 20 апреля 1812 года вышел указ императора Александра I, дозволяющий переместить Нижегородский Крестовоздвиженский монастырь. Монастырю была выделена обширная площадка на пустынной тогда окраине Нижнего Новгорода, рядом с Казанским кладбищем и храмом. Была начата разборка старого храма и некоторых монастырских зданий. Весной 1813 года было положено основание Крестовоздвиженской обители на новом месте. Инокини собственными руками переносили кирпичи за три версты. К осени 1814 года были возведены наружные стены монастыря, внутри них – колокольня со святыми вратами и двумя палатками, восемь каменных корпусов, а также заложен фундамент соборной церкви. Вне монастыря устроен гостиный двор.

В октябре 1815 года сестры переселились в новую обитель. 6 ноября 1815 года была освящена больничная церковь во имя иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и святого Василия Блаженного. Так как собор на новом месте еще не был готов было разрешено совершать богослужения в престольный праздник в Казанской кладбищенской церкви, построенной в 1798 – 1799 годах на средства нижегородского купца Я.С. Стешева. 17 августа 1823 года состоялось освящение главного собора монастыря – в честь Воздвижения Честного и Животворящего Креста Господня. Пятиглавый собор в форме правильного креста был вписан в круг соборной ограды, заключенный в квадрат, образованный восьмью жилыми корпусами, в свою очередь соединенными между собой деревянными галереями. Весь монастырь был огражден стенами в форме правильного четырехугольника с башнями по углам. Звонница с семью колоколами возвышалась над главными западными воротами. В таком виде монастырь просуществовал до 1851 года, когда территория его была расширена и обнесена новым четырехугольником стен, с собственными святыми вратами. После революции обитель была закрыта, и на ее территории был устроен концентрационный лагерь для заложников из городского дворянства, священников и интеллигенции.

В 1927 году территория монастыря была переименована в «военный городок имени Ворошилова». Уже к январю 1928 г. все монахини с территории монастыря были выселены, собор пустовал. Община перешла в Казанский кладбищенский храм, который в 1935 году тоже был закрыт. 19 августа 1935 года Комиссия по культам при президиуме Горьковского крайисполкома постановила «Бывший Крестовоздвиженский монастырь ликвидировать на снос». Но по неизвестным причинам строгий приказ выполнен не был. Среди горожан живет предание, что сама матушка игумения Дорофея трижды являлась взрывникам «с неба» и строго грозила им посохом и многими наказаниями в случае взрыва обители.

Казанский кладбищенский храм был приспособлен под жилье, но в хрущевские времена его все-таки уничтожили. Варварски было стерто с земли и кладбище. На территории некрополя расположили бензохранилища. В 50-е годы ХХ века чудом уцелевший монастырский ансамбль был закрыт со стороны площади Лядова пятиэтажным зданием общежития Политехнического института. Сохранившиеся строения были заняты различными учреждениями и использовались как жилфонд. До последнего времени монастырские здания использовались в основном машиностроительным заводом имени Свердлова.

В 1995 году Крестовоздвиженский собор, колокольный и монашеский корпуса были возвращены Русской Православной Церкви. Восстановление было начато с монастырского корпуса, одну из комнат которого превратили в церковь, освященную во имя преподобномученицы великой княгини Елисаветы. 19 января 1997г. в ней состоялось первое богослужение. С первых дней при новом храме была открыта воскресная школа и иконописная мастерская. Впоследствии, когда службы проводились уже в соборе, в Елисаветинской церкви совершались Таинства Крещения и Брака.

27 сентября 1999 года состоялось первое богослужение в Крестовоздвиженском соборе. 25 марта 2004г. приход был преобразован в Крестовоздвиженский женский монастырь.