Основание монастыря относится к царствованию Ивана Грозного. В 1615 г. был приписан к Троице-Сергиевскому монастырю («в 68 верстах от Москвы»), в 1764 г. получил самостоятельность.

 

Монастырь расположен в северной стороне города, главный храм во имя Св. Живоначальной Троицы сооружен в центре монастыря. До второй половины XVIII в. все храмы, колокольни и прочие здания были деревянными. В 1753 г. на месте деревянной церкви был построен каменный храм Св. Троицы, который был вновь перестроен в 1805-1808 гг.

В это же время была сооружена отдельно стоящая трехъярусная колокольня. В 1801 г. с северной стороны главного храма на расстоянии 9 сажень была построена церковь во имя Сергия Радонежского. Во время пожара 1906 г. Троицкий монастырь сгорел со всеми церквами и постройками, братия переселилась в приписную к монастырю Духову пустынь.

 

Свято-Духова пустынь находилась в 2 верстах от Алатыря на берегу Суры. Основана была в начале XVII в. В описи Духовой пустыни, составленной 1748 г., говорится, что пустынь была в другом месте, близ Алатыря, открыта в 1714 г. и до 1731 г. при ней существовала одна церковь – во имя Иоанна Воина.

 

В 1727 г. в силу указа о закрытии малобратственных монастырей обитель была приписана к Алатырской Печерской пустыни, но в тот же год возвращена под начальство духовника Алатырского Киево-Никольского женского монастыря. При нем была построена вторая церковь – во имя Сошествия Св. Духа.

 

В 1796 г. пустынь была приписана к Алатырскому Троицкому монастырю. Холодная церковь Св. Духа была восстановлена, а теплая из-за ветхости разрушена в 1823 г. На пожертвования жителей Алатыря на месте сломанной была заложена каменная (теплая) церковь во имя Иоанна Воина. В 1831 г. холодная церковь была разобрана и продана в с. Миренки. Взамен ее в 1833 г. возвели новую каменную во имя Св. Духа.

 

Вторая, приписанная к монастырю Ключевская пустынь действовала в 18 верстах от Алатыря у родника под названием «у загородного дома». В 1708 г. над родником была сооружена небольшая деревянная церковь – во имя Божией Матери Казанской. В 1767 г. она была сломана и взамен построена новая. В 1806 г. был возведен каменный храм, вместо деревянной церкви установлена часовня.

 

Закрыт в 1919 г. Вновь открыт в 1995 г.