Покровский женский монастырь был основан на Убогих домах, в пяти верстах от Москвы. В 1635 году царь Михаил Федорович Романов выделил для монастыря землю, владение которой было засвидетельствовано в особой грамоте. Лишь спустя 20 лет по указу сына Михаила Федоровича – царя Алексея Михайловича был выстроен Царский монастырь в честь Покрова Божией Матери. Обитель была не только построена на средства государя, но и снабжена всей необходимой утварью. Поводом для основания монастыря было увековечивание памяти почивших царя Михаила Федоровича и Патриарха Филарета – деда царя Алексея Михайловича. Кроме того, новый монастырь служил продолжением старинного Покровского монастыря, который существовал в Москве ещё при Иоанне III, и полностью сгорел при пожаре.

На том месте, где был основан Покровский монастырь, перед тем располагались Убогие дома. Так называли место, куда свозили умерших нищих и бездомных, также самоубийц и жертв насилия со всей Москвы, у которых не было родственников, а затем хоронили на специально устроенном кладбище. В большом подземелье – Божием доме, складывали по сто-двести трупов неопознанных убитых или замерзших, которые оставались без погребения до седьмого четверга после Пасхи или до праздника Покрова Божией Матери - таковы были религиозные правила.

Убогие дома представляли собой сараи с ямниками, в них складывали тела убогих и странников, которые перед смертью остались без напутствия Святыми Тайнами. Часто в Убогие дома подбрасывали незаконнорожденных младенцев, и их воспитывали сторожа – божедомы или приёмные родители. Но церковь не оставляла без внимания и этих усопших. В 1548 году Собор принял решение о всеобщем поминовении скончавшихся внезапною смертью. Два раза в год к Убогим домам совершался крестный ход. Духовенство совершало всеобщую панихиду, а многие люди привозили сюда гробы, саваны и прочую одежду для погребения неизвестных усопших. Во время эпидемии чумы в Москве Убогие дома были закрыты, а в начале 19 века могильные холмы у Покровского монастыря срыли.

К сожалению, подробные сведения об истории Покровского монастыря не сохранились до наших дней. Известны лишь отдельные факты, по которым можно представить себе картину жизни этой обители. Известно, что вначале монастырь принадлежал Московской епархии. В 1655 году в ответ на просьбу первого игумена Стефана царь подарил обители 6 десятин покосов под Симоновым монастырем и несколько лугов.

В период в 1680 по 1731 г.г. Покровский монастырь был приписан к Заиконоспасскому монастырю, а в 1744 году был причислен к Крутицкой епархии. В 1751 году в Покровскую обитель переместили семинарию из Вяземского Предтечевского монастыря, и божедомский Покровский монастырь стал училищным. Спустя некоторое время обитель вернули Московской епархии, а в 1776 году распустили семинарию.

Согласно описания, сделанного в 1763 году, на территории Покровского монастыря существовали постройки, о которых речь пойдет дальше. В Покровском монастыре была выстроена пятиглавая однопрестольная церковь во имя Всех Святых, каменная одноглавая церковь Покрова Божией Матери, каменная шатровая колокольня с восьмью колоколами, а также часами с боем. Кроме того, на монастырском подворье были одноэтажные настоятельские кельи, каменные и деревянные братские кельи, каменное здание, в котором размещалась кухня и погреб. Территория монастыря была обнесена оградой длиной около 480 метров. Ограда была крыта тесом, а по углам ее были расположены пять башен. В те годы Покровской обители принадлежали и четыре часовни, которые находились за пределами монастыря, приносившие доход до 50 рублей в год.

Начиная с 1763 года во главе обители встал игумен Варлаам, здесь был учрежден духовный штат. На содержание Покровского монастыря в то время выделялось 27 рублей 77 копеек в год, и вместе со всеми доходами, которые получала обитель от своих часовен, кладбища и земельных владений было недостаточно, чтобы поддерживать в надлежащем состоянии постройки и храмы. Такое положение вещей привело к тому, что в 1783 году ограда и две церкви обветшали настолько, что их пришлось разобрать.

Лишь в начале 19 века Покровский монастырь начал возрождаться, в основном благодаря пожертвованиям. Особенно крупными дарениями прославился купец Диомид Мещанинов. В 1799 году на его средства в Покровском монастыре была построена мужская богадельня, восстановлена ограда, а также каменная церковь во имя Всех Святых с двумя приделами.

В 1810 году госпожой Хлебниковой была построена каменная богадельня на Семеновской улице, которая принадлежала монастырю. В 1806-1814 годах на пожертвования благотворителей была возведена двухэтажная каменная церковь Покрова Божией Матери. В каждом ее этаже было устроено по 3 придела. Строительство храмов проводилось под непосредственным руководством строителя Ионы, который тогда был настоятелем монастыря. Во время оккупации наполеоновской армией Москвы, монастырь сильно пострадал, но уже в 1815 году благодаря самоотверженным усилиям настоятеля Ионы обитель была восстановлена практически полностью. Важную роль в жизни Покровского монастыря сыграл и преемник настоятеля Ионы архимандрит Амвросий, принявший пост настоятеля в 1833 году. В годы его управления в Покровском монастыре были отстроены новые жилые помещения, а также множество хозяйственных построек. Тогда же по проекту архитектора Быковского была начата перестройка церкви Всех Святых. Закончено преобразование церкви было при настоятеле Ионафане. В обновленном виде церковь представляла собой величественное сооружение, выполненное в романском стиле. И главный иконостас, и придельные были обрамлены искусной тонкой резьбой с позолотой. Среди ценных икон, хранившихся в этой церкви была и древняя почитаемая икона Тихвинской Божией Матери.

После Октябрьской революции монастырь упразднили. В 1926 году была взорвана колокольня, потом закрыли Покровский храм, снесли часовню и могильные памятники, а в 1929 году был закрыт Вознесенский храм. На месте кладбища высадили парк, который существует и сейчас. Около 70 лет в монастырских помещениях размещались различные учреждения, спортивный зал и даже бильярдная.

В 1994 году Священный Синод принял решение о возрождении Покровского женского монастыря. Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II освятил все 9 монастырских приделов, а в 2002 году – отстроенную колокольню. В 1998 году с Даниловского кладбища в монастырь перенесли останки праведной старицы Матроны, которая в 2004 году была причислена к лику общецерковно почитаемых святых.