Крутицами в старину называли возвышенности левого берега Москвы-реки, которые тянулись от Яузы до Симонова урочища. Существует легенда, что князь Даниил Московский хотел поставить на Крутицах свой двор, но его отговорил отшельник, проживающий в Крутицах. Он предсказал, что в будущем здесь будет стоять монастырь с храмом, и действительно, в 1272 году на Крутицах был основан монастырь Крутицкое подворье с храмом во имя святых апостолов Петра и Павла. Монастырь принадлежал Сарайской и Подонской епрархии. В "Истории государства Российского" Карамзин пишет, что основателем монастыря стал московский князь Даниил, а помогал ему в этом некий "Гречин" Василий. Если говорить точнее – то князь подарил эти земли церкви, повелев епископу Варлааму устроить здесь обитель и храм.

В период татаро-монгольского порабощения русских земель многие жители государства были захвачены в плен и вывезены на чужбину. Для того, чтобы эти люди не остались без религиозной поддержки, князь Александр Невский получил у хана разрешение устроить на территории Золотой Орды специальной епархии. Монгольский правитель не стал мешать осуществлению этого предприятия, и в 1261 году в столице Золотой Орды, городе Сарае, появилась православная епархия.

Крутицкое подворье пользовалось уважением у многих российских правителей. Когда в 1354 году Иоанн Иоаннович (Красный) получил ярлык на княжение, то в своей духовной грамоте он завещал Крутицкому подворью в память о себе значительное состояние. Подобное завещание составил и князь Дмитрий Донской в 1371 году. По некоторым данным можно предполагать, что Великий князь Иван II был ктитором этого подворья и основателем Успенского храма на его территории.

Большую роль в росте и становлении Крутицкого подворья играло его расположение. Рядом протекала Москва-река – важная водная магистраль, неподалеку пролегала Николо-Угрешская дорога, по которой следовали в Орду московские князья. Поблизости от Крутицкого подворья стояли Симонов и Новоспасский монастыри, и их паломники часто посещали и Крутицы.

Ближе к середине 15 века Золотая Орда стала терять свое влияние. Многочисленные междоусобицы дробили ее территорию и приводили к нестабильности внутри страны. В это время русские невольники стали массово возвращаться на родину, и в 1454 году епископ Сарайский и Подонский Вассиан принял решение о переносе кафедры из Сарая на Крутицкое подворье в Москве. Позднее Вассиан стал первым, кто получил титул епископа Крутицкого.

В смутное время 17 века Крутицкий монастырь лежал на пути первого народного ополчения, которое возглавили Пожарский, Трубецкой и Ляпунов, а затем мимо его стен прошло и второе ополчение под руководством Минина и Пожарского. Успенский собор в Кремле был тогда во власти врагов, поэтому именно в Успенском храме Крутицкой обители ополченцы целовали крест, обещая вызволить Москву от поляков или умереть. В те годы Успенский собор на Крутицах был кафедральным (главным) российским храмом.

Предположительно в 16 веке на территории Кремля появилось ее одно Крутицкое подворье, его можно увидеть на плане "Кремлеград". Располагалось подворье недалеко от Спасских ворот напротив Чудова монастыря. Судя по размаху, строительство этого подворья требовало немалых средств, хотя, штат был довольно скромным – 10-12 иноков вместе с епископом.

Известно, что с 13 лет и в течение 30 лет на Крутицком подворье проживал святитель Федор – племянник и ученик преподобного Сергия Радонежского. Это святитель Федор позднее станет основателем и архимандритом Симонова монастыря.

Пожалуй, самые благодатные времена для Крутицкого подворья наступили при митрополите Павле II, во второй половине 17 века. Митрополит Павел II был очень образованным человеком, ценителем и знатоком искусства и науки. Много усилий митрополит прилагал для устранения раскола русской церкви, инициаторами которого были протопоп Аввакум и диакон Федор – широко известные в те годы. Заботясь об образовании православного духовенства, Владыка Павел создал в Крутицкой обители прекрасную библиотеку. В годы его руководства был построен новый Успенский собор, а старый перестроен в большую крестовую палату. В восточной части Крутичкого подворья разбили один из первых в Москве декоративных садов. Крутицкий сад вызывал восхищение у современников. Помимо редких растений его украшали фонтаны (водометы), питавшиеся от подземных родников.

Были в истории Крутицкого подворья также годы полного упадка и разорения. Неграмотное управление, частые пожары ил военные конфликты часто наносили урон обители. Князь Пожарский писал, что в 1612 году церковь Пречистой Богородицы на Крутицах была разорена и оскудела до крайности. А в 1737 году грандиозный московский пожар значительно повредил Успенский храм, а также ряд других строений на территории обители.

Как и многие монастыри, Крутицкое подворье являлось одним из крупных центром образования и духовного просвещения. Здесь в конце 17 века переводили Священное писание с греческого на русский язык, а в 1744 году по повелению императрицы Елизаветы Петровны в Крутицы была переведена духовная семинария, ранее располагавшаяся в Вяземском Иоанно-Предтеченском монастыре. Для размещения семинарии выстроили отдельные деревянные дома, но уже в 1751 году это учебное заведение вновь перевели – теперь в московский Покровский монастырь.

В 18 веке на подворье строятся Приказные палаты и Набарежная палата. Казалось бы, ничто не предвещает неприятностей, но уже в 1788 году императрица Екатерина II издает приказ, упраздняющий Крутицкую епархию. Успенский собор становится приходской церковью, а все здания и территория Крутицкого монастыря поступает в распоряжение военного ведомства, которое размещает здесь казармы. Воскресенскую церковь закрыли и перестроили.

Ближе к концу 19 века стал подниматься вопрос о возрождении Крутицкого подворья, но никаких действий для его восстановления предпринято не было. После Октябрьской революции монастырская территория перешла к Московскому военному округу. Лишь в 1964 году под руководством П.Н. Барановского начинается медленное восстановление этого древнего памятника. Успенский собор поступает в ведение Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры. В 1990 году Крутицкое подворье получило статус филиала Исторического музея, а спустя два года Успенский собор был передан Православной Церкви. В это же время на территории Крутицкого подворья, в здании Набережной палаты разместился Союз православных скаутов, а вот в Приказных палатах до сих пор размещаются военные.