Знаменский монастырь в Москве был основан в 1631 году на месте родовых палат Романовых, располагавшихся в Зарядье. Во дворе усадьбы стояла домовая церковь во имя Знамения, позже, в 1679-1684 годах на ее месте был построен Знаменский собор – главный храм обители. Икона божьей матери Знамение, во имя которой была построена старая церковь, считалась одним из первых иконописных изображений Божьей матери и была очень почитаема в роду Романовых.

Историки называют два события, которые могли стать причиной основания Знаменской обители. Это могла быть кончина инокини Марфы (Ксения Ивановна, жена Федора Романова и мать Михаила Романова), либо такой причиной могло послужить рождение наследника престола Алексея Михайловича (1629 год), что менее вероятно. Известно лишь, что в то время в родовую Знаменскую церковь поступили щедрые пожертвования от счастливого отца. В возникновении монастыря сыграл роль и тот факт, что патриарх Филарет (Федор Никитич Романов), после смерти своей жены не хотел, чтобы их родовая усадьба на Варварке перешла к другим родственникам. Таким образом, в сентябре 1631 года Михаил Федорович Романов основал на Старом государевом дворе обитель и отдал в ее владения угодья, ранее принадлежавшие инокине Марфе, а также родовые палаты.

Вначале какое-то время соборным храмом Знаменского монастыря служила холодная домовая церковь Знамения. Сюда была перенесена Знаменская икона 15 века, которая по преданию была вывезена Романовыми из Новгорода, где они управляли. В свое время, эта икона чудесным образом помогла новгородцам победить в битве с суздальскими войсками, пытавшимися захватить город. Оклад иконы был богато изукрашен золотом, серебром и драгоценными камнями.

В 1668 году чудовищный пожар практически уничтожил Знаменский монастырь. Настоятель Арсений докладывал царю Алексею Михайловичу, что монастырь почти совершенно выгорел, и даже государевы палаты не устояли против огня и ветхости. Восстановлением монастыря занялись Милославские – родственники царицы Марьи Ильиничны. Особенно активную деятельность развил боярин Иван Михайлович, в дальнейшем именно он станет зачинщиком Стрелецкого бунта, вспыхнувшего в 1682 году.

В 1670 году на средства боярина Ивана Милославского в монастыре был заложен новый храм, который походил на кремлевский Успенской собор, и ставший самым большим храмом в Китай-городе и Зарядье. Возводили собор мастера из Костромы Федор Григорьев и Григорий Анисимов. Внешние фасады храма были выполнены в русских традициях, а внутри пятиглавый храм был бесстолпным – его своды опирались на мощные стены. Считали также. Что собор был построен в форме корабля. Храм был двухъярусным. В Верхней его части располагался неотапливаемый летний хнам в честь иконы Знамение, а внизу – теплый придел Афанасия Афонского и трапезная. Позднее, нижний храм переосвятили в честь преподобного Сергия Радонежского с приделом Николая Чудотворца. В связи с тем, что в храмах, расположенных друг над другом алтари не могли располагаться на одном уровне (чтобы те, кто находится в верхнем храме, не попирали ногами священный престол нижнего храма), нижний алтарь имел значительный выступ. При возведении собора были использованы некоторые строительные хитрости, например, устроены ложные закомары, глухие боковые главы, а центральную главу сделали из дерева и обили железом. Это было сделано для того, чтобы уменьшить нагрузку на несущие стены, ведь свод храма не поддерживали традиционные столпы. По северной и западной сторонам Знаменского собора проходили двухъярусные галереи. Отдельно от собора стояла шатровая колокольня, крытая зеленой черепицей. Знаменский собор освятил патриарх Иоаким 27 июля 1684 года, уже при царевне Софье.

Старые же государевы палаты, обгоревшие в пожаре, разобрали по погребной свод, а на их месте выстроили новые ″верхние палаты″. Это были почетные палаты, в которых обустроили игуменские кельи, а затем – казенные помещение, где хранились монастырские документы и реликвии. Здесь же находилась и Библия 1663 года – первое московское издание этой книги.

В день престольного праздника в Знаменском соборе в присутствии царя и знати служил сам патриарх, и пока высочайшие особы находились в храме на колокольне Ивана Великого, не умолкая, звонил колокол.

Но через некоторое время сооружения монастыря начали разрушаться. Оказалось, что грунт был слабым и начал проседать. Кроме того, существует мнение, что Петр I, после Стрелецкого бунта возненавидел царевну Софью и Милославских, и велел прекратить финансирование обители. После того, как столицу России перенесли в Петербург, и Знаменский монастырь и бывшие царские палаты постепенно стали приходить в упадок. Помимо того, что монастырь больше не получал содержание, ему было велено замостить за свой свет очень большую территорию. В начале 1730 года монастырские постройки настолько обвешали, что могли в любой момент рухнуть. В 1737 году, во время пожара, вошедшего в историю Москвы, главный собор очень обгорел, а его центральная деревянная глава обрушилась.

В стенах монастыря чуть теплилась жизнь. В 1740 году настоятелем монастыря стал владыка Иосиф, сумевший изыскать средства на роспись Знаменского собора. Когда в 1743 году императрица Елизавета посетила родовое имения во время коронации, то выделила скромные средства на обновление обители и старых царских палат, а в Царском Селе заложила Знаменскую церковь.

В течение десяти лет, начиная с 1752 года, в обновленных палатах жил грузинский митрополит Анастасий, поэтому и палаты стали называть архиерейскими. Казалось бы, дела монастыря пошли на лад, но новые неприятности не заставили себя ждать. Обрушилась кровля в палатах, и после того, кК оттуда выехал митрополит, монастырь сдавал их в аренду с условием, что жильцы отремонтируют помещение. Хотя, такие меры спасли бывшие государевы палаты от разрушения, многие жильцы перепланировали и перестраивали помещения, что изменило их облик.

В 1762 году, после секуляризации все монастырские владения были изъяты, а монастырь отнесен к третьему классу. В 1771 году Москву охватила эпидемия чумы, и монастырь был лишен значительной статьи дохода - средств, которые приносило монастырское кладбище. Теперь в центре города людей было запрещено хоронить, из-за опасности распространения болезни. В 1780 году положение монастыря стало улучшаться. Знаменский собор расписали, а согласно новым веяниям на куполе было изображено Всевидящее око. Стены и своды декорировали лепкой по рисункам М. Казакова, а также была построена новая колокольня, имевшая парадный вход в обитель.

И снова мирное и благополучное течение монастырской жизни нарушилось – началась война 1812 года. Монастырский казначей Мефодий самые ценные реликвии вывез в Вологду, а остальное разграбили и уничтожили наполеоновские солдаты. Они жгли образа, мучили монахов, но монастырь не разрушили. Спасло обитель то, что в царских палатах остановился французский провиантмейстер, который раньше находился на русской службе. Он приложил усилия к тому, чтобы сохранить монастырские постройки, и способствовал проведению богослужений в Знаменском соборе – это было почти исключительное явление во время оккупации Москвы французами.

После того, как неприятель оставил Москву, в государевых палатах разместился архиепископ Августин, а в 1813 году настоятелем Знаменского мужского монастыря стал архимандрит Парфений Чертков, будущий архиепископ Владимирский и Суздальский. На восстановление Знаменской обители в Москве Священный Синод выделил 15 000 рублей, кроме того, жители города также жертвовали средства для такого благого дела. В течение 10 лет отстраивали монастырь, и в 1827 году Знаменский монастырь вновь стал функционировать. Основную роль в том, что до крайности обветшавший монастырь не снесли, а восстановили, сыграло то, что это было родовое гнездо, колыбель царского дома Романовых.

С приходом на трон Александра II монастырь вновь вступил в эпоху возрождения. Посетив его в 1856 году, и обнаружив плачевное состояние исторического подворья, император отдал приказание восстановить палаты в первоначальном виде, и обустроить в них музей. Кроме того, все работы Александр II контролировал лично, ведь приближался 250 юбилей царствования династии Романовых. Следующим шагом был выкуп государевых палат у монастыря за 20 000 рублей. Теперь палаты принадлежали Придворному ведомству Московской придворной конторы. Была создана комиссия, занимавшаяся историческими исследованиями, сбором архивных документов. Комиссия установила, что Михаил Федорович Романов действительно появился на свет именно здесь, после чего в 1857 году началась работа по восстановлению здания. В работах принимали участие видные историки того времени И.М. Снегирев и А.А. Мартынов, директор Оружейной палаты А.В. Вельтман, геральдист Б.В. Кене, а руководил работами академик Ф.Ф, Рихтер. Насколько бережно осуществлялась реставрация можно судить по тому факту. Что на всех новых кирпичах был проставлен год их производства, чтобы потомки могли отличить древние камни от новых. Однако. При реставрации Рихтер допускал и некоторые вольности, за что его осуждали ученые того времени.

Новый музей получил множество бесценных экземпляров, работал он всего два дня в неделю. Посетителей впускали в количестве не более восьми человек, запрещалось прикасаться к экспонатам, а также проносить с собой трости и зонты.

К празднованию 300-летия династии Романовых Знаменский монастырь вновь обновили, а в 1910 году в верхнем Знаменском храме устроили придел во имя святого покровителя Михаила Федоровича Романова – преподобного Михаила Миленина. 25 мая 1913 года Знаменский монастырь и музей удостоились посещения императора Николая II.

После Октябрьской революции 1917 года монастырь был закрыт, главы и барабаны Знаменского монастыря разобрали, а сам собор перестроили так, чтобы он стал пригодным для проживания. Знаменскую икону передали Иркутскому музею. В начале 60-х годов монастырские постройки были признаны аварийными и чуть было не снесли. Однако, в 1963-1972 годах собор отреставрировали, взяв за основу здание 1684 года. После этого собор был отдан в распоряжение ″Дому пропаганды Всероссийского общества охраны памятников истории и культуры″ под лекционные и концертный залы. Интерьер собора перепланировали, в верхнем храме был оборудован зал со сценой. Спустя несколько лет здание вновь дало трещину, и было закрыто на реставрацию, продолжавшуюся вплоть до начала 90-х годов. В октябре 1993 года в Знаменском соборе были возобновлены богослужения.