Когда появился Златоустовский монастырь в Москве – неизвестно. Первые упоминания об этой обители встречаются в документах 1412 года, когда Златоустовский монастырь вошел в летопись как место погребения архидиакона новгородского Иоакима. Располагался Златоустовский монастырь между Мясницкой и Покровкой, и от него получили свои названия Большой и Малый Златоустинские переулки. Однако, существуют данные, что церковь Иоанна Златоуста появилась на этом месте еще в 13 веке, задолго до появления слободок, заселенных мясниками и огородниками, и строительства стены Китай-города.

Возвышение и процветание Златоустовской обители пришлось на годы правления князя Ивана III. Неподалеку от монастыря в 15 веке находился дворец великого князя, и правитель старательно облагораживал прилегающую территорию, уделяя внимание и монастырю.

Следы этого благоустройства можно обнаружить в старинном названии Старосадского переулка, который находился межу Покровкой и Солянкой. По приказу Ивана III здесь высадили фруктовые сады, плоды которых поступали к царскому столу. Вся эта территория в старину называлась Старым государевым садом или Старыми садами, а Новый государев сад появился некоторое время спустя напротив Кремля, на Софийской набережной.

Именно тогда, когда князь занимался устройством садов, его взор обратился к небольшой молодой обители. Обветшавшая старая церквушка, построенная во имя государева небесного покровителя, выглядела довольно уныло, и Иван III принял решение обновить храм на свои средства и под личным присмотром.

Согласно его распоряжению в 1478 году старую деревянную церковь святого Иоанна Златоуста разобрали, и приглашенные из Пскова строители принялись за сооружение нового каменного храма. Через год на этом месте вырос пятикупольный храм, а также небольшую придельную церковь во имя апостола Тимофея.

Более года новый храм не могли освятить, так как Иоанн III и митрополит Геронтий не могли прийти к единому мнению. Они спорили, как следует двигаться крестному ходу – напротив солнца или наоборот. В 1482 году Златоустовский храм наконец-то освятили, и великий князь учредил здесь игуменство. По записям одного из московских историков, настоятелю монастыря было даровано право ″предстояния под Воскресенским игуменом выше всех соборных попов и игуменов московских".

В 1571 году, когда Москва подверглась нападению войск крымского хана Девлет Гирея, Златоустовский мыл сожжен, а в 1611 году окончательно разграблен поляками. Возрождение Златоустовского монастыря в Москве пришлось на середину 17 века, именно тогда усилиями князя Федора Барятинского был заново отстроен главный собор обители. Немало хорошего принес монастырю 18 век. В 1713 году на территории Златоустовской обители построили Благовещенскую церковь. Основную роль в этом сыграл соратник царя Петра I генерал-адмирал Федор Матвеевич Апраксин. Освящаю это церковь сам Стефан Яворский – знаменитый русский церковный и государственный деятель, богослов.

Ф.М. Апраксин был человеком, сыгравшим заметную роль в развитии Златоустовского монастыря. Именно он испросил в императора Петра I разрешение устроить здесь архимандрию и хоронить на монастырском кладбище знатных людей. Государь выполнил просьбу своего сподвижника, кроме того, он назначил монастырю постоянное жалование – до этого обитель жила на щедрые пожертвования, которые, однако, были нерегулярными. На монастырском погосте князь Апраксин похоронил своего отца, а позже и сам обрез здесь последнее пристанище.

29 мая 1737 года Москву охватил страшный пожар, будто бы разгоревшийся от простой копеечной свечи, которую поставила перед образом горожанка. Именно тогда появилось выражение ″от копеечной свечи Москва сгорела″. Не пощадил огонь и Златоустовский монастырь. Когда царица Елизавета Петровна прибыла в Москву на коронацию, она обратила свою заботу на пострадавший Златоустовский монастырь. В 1742 году она императрица пожертвовала обители 2000 рублей для строительства новой надвратной церкви во имя Захария и Елизаветы. Резной иконостас для этой церкви выполнили по рисунку И.Ф, Мичурина – впоследствии этот архитектор построил знаменитую Андреевскую церковь в Киеве, кстати, инициатором ее строительства также была императрица Елизавета. В 1746 году под руководством Мичурина на территории монастыря была встроена и колокольня.

За период 1757-1761 г.г. в обители заменили на новую и старую Троицкую церковь, которая была основана еще в 16 веке думным дворянином Василием Зюзиным. Именно в этой церкви появился самый первый придел во имя святителя Дмитрия Ростовского. Во время Отечественной войны 1812 года Златоустовский монастырь не пострадал от пожара, но был частично разграблен.

В 1821 году сибирские купцы, которые приезжали торговать в Москву, устроили в Троицкой церкви еще один придел – во имя Иннокентия Иркутского – миссионера, переводившего для сибиряков Библию, и прививавшего их от оспы. В годы царствования императрицы Елизаветы Петровны на монастырском кладбище был похоронен генерал-аншеф А.И. Румянцев, отец известного полководца и дед основателя знаменитого Румянцевского музея, бывший ординарцем Петра Великого.

По преданию, в 1848 году от чудотворного образа Знаменской иконы в Троицкой церкви обители исцелился больной холерой, и с тех пор начался очередной подъем монастыря, закончившийся лишь с Октябрьской революцией.

Златоустовский монастырь в Москве простоял еще почти 2 десятилетия после революции, а в 1933 году его закрыли и снесли. К этому времени на территории обители находилось четыре храма: собор Иоанна Златоуста, а также три церкви: Благовещения Пресвятой Богородицы, Захарии и Елисаветы, Живоначальной Троицы. Территорию передали для строительства ведомственного жилья, предназначавшегося сотрудникам Лубянки. В 1934 году на месте Златоустовского монастыря было построено здание в конструктивистском стиле. На территории монастырского сада был выстроен детский сад. Монастырские кельи, уцелевшие в Малом Златоустинском переулке, планировали отдать под клуб Бауманского райкома ВЛКСМ. Уцелела и икона святого Дмитрия Солунского которая в 1935 году была передана в Антирелигиозный музей, а затем ее отдали в Третьяковскую галерею. В наши дни можно увидеть лишь здание, в котором когда-то были монастырские кельи, оно находится в Малом Златоустинском переулке, 5.