Зачатьевский женский монастырь в Москве был основан в 1584 году при содействии царя Федора Иоанновича. В 1547 году на этом же месте существовал Алексеевский монастырь, но, когда очередной пожар почти до основания уничтожил обитель (уцелела лишь церковь Зачатия святой Анны), его было решено перенести ближе к Кремлю. На старом месте осталась малочисленная община, которая, спустя несколько десятилетий стала основой нового монастыря, названного по имени сохранившейся церкви.

Уже в августе 1612 года Зачатьевский монастырь в Москве был разрушен – у его стен велись ожесточенные бои с поляками. Монастырь восстановили, и довольно долгое время он простоял невредимым – следующий серьезный ущерб монастырю был причинен лишь в 1912 году, во время Великой Отечественной войны. В первые годы основания Зачатьевского монастыря здесь был выстроен трапезный храм Рождества Богородицы. В дальнейшем застройка территории храма продолжалась достаточно интенсивно. В 1696 году здесь был построен надвратный храм Спаса Нерукотворного Образа. Средства на его возведение пожертвовал Андрей Римский-Корсаков – вельможа царя Петра I. В 1766 году над могилами основательниц первого монастыря – игумении Иулиании и монахини Евпраксии возвели храм во имя иконы Божией Матери Неопалимая Купина.

В начале 19 века в Зачатьевском монастыре под руководством архитектора Казакова возводят главный собор обители – Рождественский (собор Рождества Богородицы и Зачатия святой Анны). Это грандиозное сооружение имело несколько приделов, и являлось самым выдающимся произведением архитектуры в составе Зачатьевского монастыря.

С давних пор в монастыре работала богадельня для престарелых монашек, кроме того здесь была рукодельная мастерская. В середине 19 века в обители было выстроено новое каменное здание богадельни с храмом Сошествия Святого духа. Архитектором этого здания стал Быковский - известный в то время зодчий. К началу 20 века в монастыре выросло значительное число новых жилых и хозяйственных построек. Что свидетельствовало о прочном положении монастыря.

Спустя 10 лет после Октябрьской революции, в 1927 году Зачатьевский монастырь в Москве закрыли. Наиболее ценные иконы перенесли в храм пророка Ильи Обыденного. В 30-е году 20 века храм Божией Матери Неопалимая Купина вместе с колокольней были снесены. На их месте построили типовое школьное здание. Храма Сошествия Святого духа перестроили до неузнаваемости, а часть монастырских стен разрушили. В 1960-е годы, отношение к историческим религиозным памятникам немного изменилось, и была осуществлена внешняя реставрация надвратного храма. Являющегося ярким примером архитектурного стиля ″московского барокко″.

В начале 90-х началось возрождение Зачатьевского монастыря. В 1993 году здесь снова начали проводить богослужения, а в 1995 году Указом Священного Синода ему был присвоен статус ставропигиального женского монастыря. Сейчас в Зачатьевском женском монастыре хранятся следующие святыни: икона Божией Матери Милостива; крест-распятие с частицами Крови Христовой, древа Креста и Гроба Господня, икона Георгия Победоносца, Пантелеимона с частицей мощей; икона Зачатия святой Анны, мощевик с частицами святых мощей новомучеников и исповедников Российских. На территории монастыря находятся и погребения основательниц монастыря игумении Иулиании и монахини Евпраксии.

Жизнь современного монастыря многообразна. На его территории в наши дни работает богадельня для престарелых и больных инокинь, приют, швейная мастерская, просфорня, пекарня, библиотека, имеется свое издательство.