Если разобраться, ничего неприличного в слове «хер» нет. Так называлась в церковнославянском алфавите буква «х», а также любой крестик в форме буквы «х». Когда крестом вычеркивали ненужные места в тексте, это называлось «похерить». Старый алфавит со всеми азами и буками окончательно отменили в начале XX века, и слово «хер», выйдя из использования, через полстолетия превратилось в синоним коротенького слова на «х» (ты знаешь какого). А заодно стало казаться непристойным и распространенное выражение с похожим корнем — «страдать херней». Hernia по-латыни означает «грыжа», и именно этот диагноз добрые военные врачи чаще всего выставляли детям обеспеченных мещан, которым не хотелось служить в армии. Каждый пятый горожанин-призывник в России в конце XIX века исправно страдал херней (крестьянам же херня чаще всего была не по карману, и их забривали куда активнее).

источник