Во второй половине VI в. славянские племена, в том числе чехи, обосновались в долине реки Влтава — на месте их поселений и выросла впоследствии "Злата Прага". Около VII в. здесь возвысился род Пржемысловичей (Пшемысловичей), правивший потом в этом краю в течение четырех столетий.

Именно Пржемысловичи на рубеже IX-X вв. основали на противоположных берегах Влтавы две крепости: Градчаны и Вышеград. В те же времена тут проповедовали Святые братья Солунские Кирилл и Мефодий, просветители славян. Именно по их инициативе в Праге началось строительство христианских храмов: первый князь Борживой и его преемники построили внутри кремля церковь Девы Марии, базилику Св. Георгия (905), а также ротонду (круглый храм) Св. Вита (925). На месте этой ротонды позже возникла церковь, посвященная Св. Вацлаву (Вячеславу), чешскому князю, павшему в 935 г. от руки его брата Болеслава.

В 937 г. в Праге была учреждена епископия — соединение религии и светской власти со временем все более укреплялось, а в 1039 г. князь Бретеслав I издал указ, обязывавший всех своих подданных принять христианство. В 1085 г. Генрих IV, император Священной Римской империи, вассалом которой уже с X в. являлась Чехия (или, как ее называли в старину, Богемия), признал королевский сан Братислава II, взошедшего на трон еще в 1061 г. С XII в. в городе стали процветать торговля и ремесла, а в области искусства прочно установился романский стиль.

Около 1170 г. над Влтавой появился мост Юдифи — первая каменная переправа в Праге. На правом берегу реки уже давно стояло Старе Место, а в 1257 г. Оттокар II Пржемысл учредил статус города для левобережного поселения, прозванного Малой Страной (то есть стороной).

В 1278 г. в битве на Мархфельде император Рудольф I Габсбургский разбил Оттокара II, отняв часть территорий Чехии и Моравии. В 1305 г. на трон Чехии взошел последний из Пржемысловичей, Вацлав III, который, впрочем, правил недолго: его убили спустя год. От брачного союза его дочери Елизаветы и короля Яна Люксембургского родился сын Карл. В 1346 г. он короновался как король Карл I, а в 1355 г. его провозгласили Карлом IV, императором Священной Римской империи.
 

Период его правления (1346-1378) ознаменовал расцвет Праги: она стала императорской резиденцией, а в 1338 г. здесь был учрежден собственный муниципалитет. В ту же эпоху был перестроен кремль, вырос Новый Город, возведен Карлов мост, начато строительство собора Св. Вита, возникло множество монастырей, открыт немецкоязычный университет (помимо уже существовавшего немецкого "отделения" Каролинума), а пражский Владыка получил сан архиепископа. В 1356 г. Карл IV издал Золотую буллу, по которой чешское королевство получило независимость от империи, а ее король — титул первого курфюрста.
 

При сыне Карла Вацлаве IV, взошедшем на трон в 1378 г., Прага утратила статус императорской резиденции. В 1389 г. здесь случился ужасный погром: горожане посчитали, что местные евреи были виноваты во вспышке эпидемии чумы. Тогда же христианское население стали потрясать беспорядки на религиозной почве.

На первый план выдвинулся чешский проповедник и патриот Ян Гус, протестовавший против коррупции Католический Церкви и засилья немецкого дворянства. На первом этапе пламенного реформатора поддержал король Вацлав, но в 1412 г. Гуса отлучили от Церкви и изгнали из Праги. Он желал, однако, отстоять свои идеалы и отправился на Собор в Констанце, но был брошен там в темницу, а 6 июля 1415 г. сожжен как "нераскаявшийся еретик". Трагическая смерть Гуса превратила его в национального героя.

Тяжелая политическая ситуация не облегчилась с восшествием на трон императора Сигизмунда. В 1419 г. пражане ворвались в ратушу Нового Города и выбросили из ее окна двух советников-католиков. Так начались кровопролитные Гуситские войны, причем чехи-гуситы воевали не только против католического императорского войска, но и между собой, ибо разделились на два враждующих лагеря — гуситов умеренных (чашников) и радикальных (таборитов). Эти две партии сошлись в битве при Липанах в 1434 г., которая закончилась победой чашников, признавших своим государем императора Сигизмунда.
 

В 1448 г. чашники, ведомые Йиржи Подебрадским, заняли Прагу. Король-гусит, отлученный от Церкви, тем не менее, успешно правил страной (с 1458 по 1471 гг.). При нем столица Чехии познала новый период расцвета, продолжавшийся, несмотря на религиозные распри, и при приемнике Йиржи, Владиславе II Ягеллоне. В 1516 г. чешскую корону получил Людовик Ягеллон, спустя десять лет погибший в битве при Мохаче. В результате пражский трон достался династии Габсбургов.

При их правлении Прага снова стала императорской резиденцией, и здесь опять расцвели экономика и искусства. Впрочем, жители города никак не могли смириться с ультракатолицизмом Габсбургов. В 1618 г. убийство в кремле двух чиновников-католиков послужило поводом к началу Тридцатилетней войны. Поражение реформаторов у Белой горы в 1620 г. обозначило полный и окончательный крах гуситского движения, а Чехия потеряла свои политические и религиозные привилегии. Вестфальский мир 1648 г. окончательно утвердил абсолютное господство Габсбургов в этой стране.

В течение нескольких столетий Чехия была относительно спокойной и благополучной страной. Однако под влиянием европейской революции национальное самосознание чехов опять пробудилось: разразилось Пражское восстание 1848 г. Оно приобрело неизбежную религиозную окраску — на первый план опять вышли протестанты, добившиеся на этот раз признания их прав. После распада Австро-Венгерской империи в конце Первой мировой войны, Чехословакия получила, наконец, независимость. Главой юной республики был избран Томаш Масарик.

Его преемник Эдуард Бенеш в 1935 г. заключил союз с СССР о взаимопомощи. В 1938 г., после Мюнхенского сговора, в результате которого часть страны отошла к нацистской Германии, он сбежал в Лондон, где организовал движение Сопротивления. В 1945 г. пражане восстали против немецких оккупантов, способствуя возвращению Бенеша и вхождению в Прагу советской армии. Три года спустя к власти пришел Клемент Готвальд, генсек компартии: в стране началась сталинизация. В 1968 г. чехословацкий лидер Александр Дубчек попытался придать местному социализму "человеческое лицо": началась знаменитая Пражская весна. Однако процесс демократизации был грубо прерван войсками стран Варшавского договора, оккупировавшими Прагу. Начиная с 1977 г., при правительстве Густава Гусака, в столице Чехословакии действовало движение правозащитников, учредивших так называемую "Хартию-77". В 1989 г. взорвалась "бархатная" революция — пражане мирным путем свергли тоталитарный режим, избрав своим президентом литератора и диссидента Вацлава Гавела. Оккупационные советские силы покинули страну, и она разделилась на два независимых государства. В 1993 г. Прага стала столицей новой независимой республики Чехии.