Story



Моя самая большая ошибка была в том, что я верила не в те вещи, в которые надо. Я верила, что работа ученого - это правильная постановка научной проблемы, постановка гипотезы, определение задач, которые нужны для ее решения, обладание необходимыми экспериментальными навыками для совершения тех экспериментов, которые требуются для решения этой задачи, успешное проведение экспериментов и нахождение истины этим путем. Это неправда. И никто в начале моей карьеры не сказал мне правду. Правда - это что работа ученого заключается в написании как можно большего количества статей с как можно большим импакт-фактором. Всё. Все остальное факультативно.

Когда я была на экзаменах в Киотскую лабу и на собеседовании, пожилые и уважаемые профессора задали мне вопрос:
- Что ты считаешь главным для ученого?
Я ответила:
- Ну... я считаю, что правильно задать вопрос - это значит получить половину его решения.
Пожилой профессор с радостью воскликнул:
- Вот!! Правильно задать вопрос!!
Меня взяли.

Но это была неправда. И профессор, который так воскликнул, принадлежал к тому поколению ученых, которые еще могли публиковать 7 статей на стадии PhD, потому что тогда не требовалось столько экспериментов для каждой статьи, ревьюеры еще не были настолько измотаны, чтобы не понимать статей в процессе их рецензирования, и не требовали столько дополнительных экспериментов "для еще лучшего доказательства вашей гипотезы" (цитата из статьи в Nature). Он принадлежал к поколению ученых, которых называли "профессор" сразу после получения PhD, потому что само понятие постдока в Японии тогда еще не существовало, и следующий этап после PhD был получение должности ассистент-профессора.

Когда я делала свои первые исследования в Киотском университете, постдок-француженка, с которой я немного общалась, сказала мне: "твоя главная задача - это набрать как можно большее количество навыков; это самое главное твое имущество. Учись всему, до чего ты только сможешь дотянуться". Я поверила ей - ведь она была старше и опытнее - и сделала всё, чтобы "выучиться всему, до чего только смогу дотянуться". Я выучилась огромному количеству навыков. В результате сейчас я могу делать практически всё, что может вообще делать в лаборатории молекулярный биолог, любую работу с ДНК, плазмидами, клетками, реагентами, интерферирующей РНК, квантификационной ПЦР, вестерн-блотами, you name it, но даже и не это самое главное. После того, как я научилась делать столько вещей, я перешла на следующую ступень: мне ВООБЩЕ стало непонятно, как кто-либо может не сделать какой-то молекулярно-биологический эксперимент. Я поняла, как искать литературу по любому эксперименту - любому, которого ты даже никогда не делал - как прогнозировать возможные проблемы и предсказывать их ДО проведения эксперимента и как проводить этот эксперимент совершенно самостоятельно.

Мне стало непонятно, когда меня спрашивают:
- Что ты можешь делать в лаборатории?
Мне стало хотеться ответить:
- Да вы скажите что вам надо, что надо то и сделаю, и ни разу вас не спрошу, принесу результат и всё. Как можно не мочь чего-то сделать, когда всё по таким одинаковым протоколам и принципам, и вся информация доступна сейчас в мануалах компаний, исчерпывающая, любые вопросы на форумах, любые.

Но и это была ошибка. Никто не сказал мне главной истины: уметь делать эксперименты, или даже уметь планировать неизвестные тебе эксперименты - и это не главное. Француженка была неправа. Она не сказала мне главной истины - жуткой фразы, известной каждому биологу: if you haven't published it - you haven't done it. Если ты это не опубликовал - ты этого не делал. Когда я писала свои 100 резюме, чтобы найти позицию в Швейцарии после Киото, я наивно писала все свои навыки - внушительный список, в который действительно входили вещи, которые я все в реальности делала и умела делать. В результате мне попросту... не верили. Ну не верили они, что человек столько сделал за период своего Master's. Я не могла им объяснить, что я просто была очень активной и выучила вообще всё, что было доступно в той лабе; что я в самом деле сделала всё, что от меня зависело, чтобы научиться всему, до чего могла дотянуться.

Меня спрашивали на собеседовании странные вопросы:
- Ну вот у тебя тут такой список, а что из этого ты действительно делала?
Я говорила честно:
- Всё. Я не написала ни одного эксперимента, которого я не делала в реальности.
Мне отвечали:
- Спасибо, вы нам не подходите.

Я не знала тогда, и никто мне не объяснил, что цель любого эксперимента - это не ответить на вопрос. Это сделать рисунок для статьи. Чтобы твое имя потом появилось в этой статье. Я не видела тогда еще внушительных полок в кабинете сенсея, на которых стояли папки и папки с забытыми и сврнутыми проектами, и не знала, что мои эксперименты пойдут в одну из таких папок, и никогда не станут известны никому в мире, потому что нет системы, в которой ты мог бы просто публиковать отдельные эксперименты, маленькие ответы на свои конкретные маленькие вопросы. Не было тогда журнала Science Matters, не было попыток организовать такие платформы, где можно отследить конкретную работу каждого ученого в реальном времени. Не знала я, что делать эксперименты и отвечать на вопросы - это значит попасть в одну из таких папок, и тебе никто не будет верить, что ты что-то сделал, ответил на какой-то маленький вопрос; потому что "если ты это не опубликовал - ты этого не делал". И у меня не было тогда понимания, что главное - это написать и опубликовать статью, и что это и есть "работа ученого" в нашем реальном мире.

Эта истина дошла до меня гораздо позже. Это было на том этапе, когда я попала в лабу, работающую с микроскопами, и к тому времени уже умела делать не только молекулярную биологию, но и обращаться с мышами, проводить необходимую документацию по SPF, работать с компьютерными системами учета животных, создавать очень сложные кросс-бридовые модели мышей, скрещивать, генотипировать, содержать виварий так, чтобы исключить возможность утери любой колонии в результате контаминации отдельных клеток, импортировать мышей в соответствии с локальными законами; когда я уже умела создавать ОХРЕНЕННЫЕ фотографии на конфокальном микроскопе, обычном микроскопе, высокоскоростном атомном микроскопе... но все это было неважно. Потому что до меня наконец дошла истина.

Кто-то может опубликовать твой проект раньше тебя (как случилось со мной), а в науке нет места (журнала), где ты мог бы просто опубликовать повтор чужого эксперимента. Тогда этого совсем не было - сейчас есть попытки отдельных журналов сделать правило, что ты можешь опубликовать аналогичный проект в течение 6 месяцев после первой публикации твоего конкурента. Тогда этого не было. Столько людей кричало о "невоспроизводимости экспериментов в науке" - но нигде не было места, где можно было бы показать эту вопроизводимость. И я не могла ничего сделать с теми результатами, которые повторяли результаты конкурентов. И да, это были такие же результаты, они воспроизводились. У меня слетел мой любымиый проект с мышами, а также слетели розовые очки с глаз. И еще - мне оставалось всего полтора года до окончания PhD, и за эти полтора года мне надо было напечатать две научные статьи, требование университета.

Вот тогда я поняла значение еще одной страшной фразы, известной любому биологу: publish or perish. "Публикуй или умрешь". У меня оставалось всего полтора года до окончания, мне нужно было защититься в срок, а это значит, что первую статью нужно было написать и опубликовать в течение ближайшего полугода. Потому что еще одну истину - что процесс рецензирования занимает месяцы, и может занимать годы (как бы это ни показалось странным обычным людям) - я уже знала. И я за полгода создала новый проект, в области, которая действительно позволила бы мне с нуля написать и опубликовать две статьи в течение полутора лет. И я опубликовала первую статью и успела написать и подать вторую. Без помощи руководителя. Потому что когда я пришла к руководителю с этим вопросом - что мне делать, чтобы опубликовать две статьи в течение полутора лет, он сказал:
- Извини, у меня сейчас нет мыслей по этому поводу.
Так тоже бывает.
И написала я эти статьи совершенно в одиночку. И прошла через весь ад peer-review для первой статьи, и сейчас справляюсь со вторым. Адом.

Но я поняла уже тогда - тогда, когда мышиный проект был отброшен - что я не успеваю. Что, как сказала шахматная королева, "в нашей стране нужно бежать изо всех сил только для того, чтобы оставаться на том же самом месте". И у меня не хватило сил бежать быстрее.

Потому что есть еще проблемы - и это очень глубокие и серьезные проблемы. Это непонимание старшим поколением ученых младшего поколения. Это совершенно разные условия, в которых находятся эти два поколения. Это требования страшего поколения, чтобы у тебя была story, или как они выражаются, continuity, логическая красивость твоих научных измышлений, некий имидж-образ, в котором ты, как расивый рыцарь, поступательно двигаешься в развитии одной какой-то глобальной идеи, и все твои статьи красиво вписываются в эту красивую картинку. Нельзя прыгать с одного проекта на другой - нужно создать имидж, что ты ставишь глобальные вопросы в одной какой-то области и отвечаешь на них последовательно и непрерывно, и в этой точке зрения нет места всем реальным проблемам реальной жизни молодого поколения, которому нужно публиковать, публиковать, публиковать. При этом ты еще должен быть "страшно увлечен", "посвящен" этой проблеме, и все твои навыки должны показывать, что всю твою жизнь ты хотел делать именно это и ничего другого. Идиллический мир чистой науки, в котором живут пожилые профессора, но которого больше не существует в реальности.

Вчера мне пришел ответ на резюме, котрое я послала на одну вакансию.
- Извините за задержку с ответом на ваше письмо. Я прочитал документы, которые вы мне послали. Я уважаю вашу сильную волю и ваши способности делать эксперименты. Я также уважаю то, что вы кажетесь необычайно умной. Тем не менее, ученый должен иметь публикации, показывающие его долгий путь к одному научному вопросу, и вы должны иметь story, которая поддерживается вашими научными публикациями. Я глубоко сожалею, что у вас нет необходимых публикаций, и ваши усилия не были завершены и опубликованы, хотя и были интересны. Поэтому я не могу вас принять.

Это письмо, по сути - квинтессенция проблемы. Проблемы столкновения двух поколений ученых, одно из которых росло в одних экономических условиях, а другое растет в совершенно других. Это письмо, полностью демонстрирующее нежелание старшего поколения вникать в реальность младшего поколения. Это утверждение устаревших принципов, которые в современном мире представляют собой мыльный пузырь. Радугу и пони, как выражаются в интернете. И эти радуга и пони определяют жизнь или смерть реальных людей. Судьбу талантов или упорных.

Традиционно (в соответствии с современными тенденциями) пой пост должен под конец содержать рубрику "решение проблемы". Мне даже грустно сознавать, что и это мы тоже утратили: способность писать о проблеме и не быть обязанным предлагать ее решение. Тем не менее.

Решение, как было замечено многократно (и как описывает мой предыдущий пост) - это радикальное реформирование института науки человечества. Это не вопрос выбора; это вопрос уже случившейся катастрофы, такой, как глобальное изменение климата. Перемены случатся. Они неминуемо будут. They are upon us. Так же, как изменение климата.

Мы должны будем реформировать сам способ занятия наукой. Придумать другие инструменты для коммуникации между учеными - не прообраз бумажной статьи. Мы должны будем найти новые способы оценки вклада каждого индивидуального ученого в науку - и это должен быть не импакт-фактор. Мы должны будем придумать способы борьбы с фальсификацией исследований (которая, положа руку на сердце, возникает почти исключительно из-за давления на ученых) - возможно, это будут системы учета экспериментов в реальном времени. Возможно, это будут новые журналы, которые позволят публиковать провалившиеся эксперименты или эксперименты-подтверждения уже ранее сделанной кем-то работы. Мы должны будем так или иначе освободиться от давления журналов - бизнеса, который на данном этапе привел науку в глубокий тупик. В любом случае, новый век требует признания нависшей над нами реальности. Мы не можем - но, самое главное, мы не должны - функционировать по модели publish or perish, мы должны найти пути возвращения к другой истине - что работа ученого заключается в нахождении истины. В постановке экспериментов для ответа на вопросы, которые задает реальность.

П.С. Расшаривайте кто может и кто считает нужным. Если вы ученый.

https://aridmoors.livejournal.com/580184.html

why I wanted (and still want, unfortunately) to do science



Когда я начинала серьезную науку - во всяком случае то, что от нее осталось в современном мире, я была в одном из лучших университетов мира (Киото), в одной из уникальных лабораторий. Когда я начинала, я не знала об этом, мне казалось, что наука везде такая же, как там; это далеко не так. У нас тогда был state-of-the-art equipment, атомный микроскоп, аналогов которому не было (да в общем и сейчас нет) в мире, у нас были новейшие конфокальные микроскопы непосредственно из компании Олипус - вещи, которыми владеет далеко не каждая лаба в мире; российским университетам до этого крайне далеко - от слова "невозможно", потому что сами эти микроскопы стоят огромных денег, и потому что им нужно сервисное обслуживание, а Олимпус не работает с Сибирью. Я этого тогда не знала, но работать там было большим удовльствием. У меня были такие счастливые моменты, когда я могла взять чашку чая, приготовленные клетки, и уйти в темную комнату снимать live-cell-movies. Это было круто потому, что сами движения молекул внутри клеток (а я снимала молекулы) занимают минуты, и являются такими медленными, что их не видно глазом. То есть ты сидишь несколько часов, уставясь на экран, который кажется тебе абсолютно неподвижным(!), а когда ты собираешь из кадров фильм, то внезапно там оказывается ФОНТАН ЖИЗНИ, просто феерверк молекулярного движения. Это меня завораживало до безобразия.

Но, к сожалению, эти крайне интересные данные никуда не пошли, потому что я их делала под конец, когда научилась делать, и развивать это никто не стал; опубликовать же это не было возможным (и, наверное, не является возможным) в современном научном мире - нужна story. Это тоже не мой термин, это термин из бизнеса, из продаж - типа пойди и заинтересуй людей рассказыванием истории о твоем продукте. Это заводит науку в тупик, потому что так приходится прятать неоднозначные даные, т.е. грубо говоря подтасовывать истину. И еще потому, что даже если данные крайне интересны сами по себе, но у тебя нет story - опубликовать их где бы то ни было практически невозможно. Мувики эти так и по сей день лежат у меня на диске, и страдают, потому что они охрененные и уникальные, а сунуть их в какой-то журнал не представляется возможным. Недавно правда появился журнал Science Matters, который утверждает, что публикует отдельные наблюдения, и вот сейчас пока я писала пост, подумала, а не выложить ли мне туда эти мувики с небольшим квантификационным анализом. Ну крайне интересно потому что. В двух плазмидах очень небольшая разница, и с точки зрения современных представлений они должны идти по одинаковому пути после выхода из эндлоплазмического ретикулума, а они идут в разные стороны и с разной скоростью, и это блин зависит полностью от очень короткой последовательности аминокислот в самом начале протеина. Ну да ладно.

Правда о том, как функционирует современная наука, дошла до меня гораздо позже. Сначала у меня был шок, когда я попала в Швейцарию, и там выяснилось, что оказывается в Европе и в США, и вообще на западе никто и не покупает микроскопы лабами. Я не знаю почему это так, потому что у меня нет досутпа к данным бюджетов европейских лаб. В Швейцарии, безусловно, было намного больше денег (по моим наблюдениям об обычной жизни), однако почему-то микроскопы покупались на целый университет, и там на них надо было записываться в очередь. Это было для меня отрезвляющей реальностью, а также одним из фактором, породившим ненависть к западной науке, потому что оно создавало ощущение нищеты. Несмотря на хорошее обеспечение рагентами, там энзимами и антителами и т.д. Но в Японии до сих пор многие лабы покупают свои собственные микроскопы. И там не надо на них в очередь стоять или по ночам на них сидеть, потому что мест других нет. Кроме того, эти места, где микроскопы на западе - это не лабы, а как бы "центры", которые ПРОДАЮТ микроскопное время, что уж совсем меня выбешивало, потому что какого хрена какой-то центр купил на бюджетные деньги микроскопы, а потом продает время на них кому-то другому. В моем представлении это было одно из проявлений "бизнессизации" науки (термин Nature), которая разрушительна для науки в целом. Отчасти поэтому у меня не сложилось со Швейцарией - проект у меня был прекрасный, работник я была прекрасный (это видно хотя бы по тому факту, что со времени моего ухода из той лабы руководительница, которая меня уволила, не опубликовала НИ ОДНОЙ бумаги. Ни одной блин!! Ну в общем poor managerial decision это было с ее стороны, меня выгнать - у меня уже две статьи написаны, причем обе за полтора года с нуля в незнакомой мне ранее области). Я бы это так не оставила, сидеть без публикаций 3 года. Что я псих что ли.

Потом был РИКЕН, замечательный институт сам по себе, у меня никаких к нему претензий (ну кроме того что мне попалась неудачная лаба, и мой проект был опубликован другими раньше меня, и мне все пришлось начинать обратно с нуля на полдороге, да еще и в статистике. Вообще это еще одно доказательство того, что я не особенно стандартный ученый, потому что для меня выдумать средний проект не составляет вообще никакого труда, а если потрудиться, то можно выдумать и довольно хороший. Но не это главное. Главное пришло, когда я стала публиковать статьи, и до мне ВНЕЗАПНО дошло, что гораздо легче опубликовать очень тупой проект (фактически копипасту чей-то чужой статьи, но со своими клетками), чем реально оригинальную и ценную идею. Это вот было наибольшим шоком. Когда я поняла, что наука поставлена на поток, и этот поток настолько интенсивный, что когда рецензенты твоей статьи сталкиваются с чем-то сложным, которое требует вникания - они имеют с этим проблемы в виде непонимания написанного, а вот когда они реценируют что-то, что ужасно похоже на что-нибудь, что они уже где-то видели, то процесс рецензирования становится намного легче для них. Это свидетельство того, что ревьюеры просто-напросто настолько загружены, что у них уже не осталось никакого времени никуда вникать. И это было самым жестоким для меня открытием. Кстати, я стала увлекаться Nature News, и обнаружила, что есть целый слой людей, специально изучающих тему, что происходит с современной наукой, и данные, которые они собирают, вообще-то ставят волосы на голове дыбом.

Еще в 1963 году физик и историк науки Дерек де Солла Прайс обратил внимание на тенденцию к росту количества статей: тенденция была экспоненциальна. Дерек предсказал еще тогда, что такое развитие приведет к "апокалипсису в науке". Экспоненциальное увеличение количества статей продолжается уже 250 (двести пятьдесят) лет, и ученый понял, что этот рост не может продолжаться бесконечно. Он, по сути, является аналогом вздуваюзегося пузыря, и ученый предсказал, что если так будет продолжаться, то он должен неминуемо привести ко времени, когда “мы должны будем иметь 2 ученых на каждого мужчину, женщину, ребенка и собаку". Еще одним предсказанием, логически следующим из этих данных, было предсказание, что качество статей должно радикально снизится в этих условиях. Что, собственно, и происходит.

Т.е. более 50 лет назад Дерек предсказал, что современная наука, по сути, в конце концов придет к точке невозврата, и будет поставлена перед фактом, что должна произойти трасформация - и наиболее страшное предсказание состояло в том, что эта трансформация сама по себе непредсказуема - по сути, энигма. Экспоненциальный рост должен преобразоваться в нечно радикально другое, неизвестное и, возможно, опасное. Он предсказал главное: наука в течение нашего поколения должна будет взорваться изнутри, так как не будет более возможным решить возникшие проблемы проповедованием "честных исследований" и "улучшенных протоколов".

Он был прав бесповоротно. Тренды этого видны уже сейчас. Например, анонимные опросы ученых разных ворастов показывают, что ученые, которым за 30, все еще ставят на первое место качество своих данных (т.е. избегают подделок данных), в то время как количество молодых ученых, ставящих эти моральные принципы на первое место, значительно снижено. Другими словами, из-за все более возрастающего давления и конкуренции в среде ученых за гранты и позиции, молодые ученые потеряли свою мораль. Они готовы подделать данные, лишь бы опубликовать очередную статью, ибо для них этот вопрос напрямую свзан с их выживанием.

Знаменитое выражение publish or perish перестало быть просто выражением, а стало суровой реальностью, с которой молодым ученым (как бы талантливы они ни были) приходится считаться как с наиболее важной проблемой в их жизни. Наука более не об истине - она о выживании кажого отдельного ученого.

Это не значит, что не существует ученых, которые все еще верны моральным принципам прошлого и верят в то, что их долг и работа - производить реальные данные, соответствующие истине. Тем не менее, процессы разрушения этой схемы (или этой философии) происходят в соответствии с экспонениальными трендами, предсказанными еще 50 лет назад. То, что мы подошли к самому краю взрыва, свидетельствуют проекты, начатые молодыми учеными с целью бороться с убивающей их системой.

Так, молодые ученые не верят более в систему peer review, которая уже больше не работает так, как она должна была работать. Они начинают собственные проекты, которые призваны решить проблему. Например, возникают новые журналы, предлагающие post-publication-peer-review (рецензии и комментарии к статье, которая УЖЕ опубликована). Среди них портал ReimagineReview, призывающий альтернативный подход к оценке статей. Журнал Nature начал свой собственыый проект позволяющий комментировать статьи, находящиеся еще в процессе публикации. Журналы разряда BMC (часть Springer Nature) и Британский Медицинский Журнал предлашает открытое рецензирование, когда рецензенты не имеют права прятать свои имена, а должны писать рецензии открыто, журнал eLife и F1000 Research экспериментируют с открытыми форматами, которые позволяют авторам и рецензентам взаимодействовать в открытую, или публиковать статьи ДО их рецензирования.

Начаты даже отдельные проекты, созданные молодыми учеными, которые пытаются изменить сам формат публикаций: отойти от устаревшей и губительной модели публиковать "полноценные статьи", которые теперь, в наш век, требуют наличия story, к публикации данных-в-процессе-их-создания, другими словами они пытаются бороться с существующими трендами, поощряющими подделки данных, путем реформирования системы - tracking data generation in real time - когда каждый может увидеть полученные данные тогда, когда они еще не должны быть оформлены в story, другими словами на этапе, когда ученый только начал свое исследование и все еще не в состоянии или не заинтересован лгать. Такие платформы позволили бы не только уменьшить количество поддельных данных, но и дать возможность индивидуальным исследователям дать какое-то представление о том, как именно они работают и насколько много важных данных они создают.

В контексте моей карьеры это означает, что у меня, вероятно, больший шанс получить какую-то позицию за счет признания моих реальных заслуг, нежели при стандартной модели, которая не учитывает такие факты, как например "опоздание опубликовать свою работу" - когда моя идея, созданная независимо, публикуется большой группой ученых, которым несравненно легче провести огромную работу за счет большего наличия ресурсов - что приводит к тому, что моя работа остается никем не увиденной, так как опубликовать работу, повторяющую чужой эксперимент (даже если изначально я пришла к этой идее независимо) просто невозможно.

Хотя сейчас, в связи со сложившимися обстоятельствами, моя карьера находится под угрозой, я все равно хочу заниматься наукой. Так получилось, что я просто одна из тех людей, которым это... не то чтобы нравится - нравиться может мороженое или поездка на пляж - а является частью моего мировоззрения. Если бы это было не так, моя лента в телефоне не состояла бы на 50% из новостей науки, а половина из этих 50% - серьезные статьи и большие исследования. Потеря карьеры в науке для меня было бы потерей огромной части моей идентичности, профессионального самоопределения, или, выражаясь более понятно, потерей своей значимости в мире. Дело не в клетках, наблюдать за которыми для меня огромное удовольствие само по себе. Дело в том, что я потратила 7 лет, семь долгих лет упорного труда и веры в то, что это возможно для меня - остаться в науке. В отличие от многих людей, которые действительно случайно пришли в аспирантуру, я пришла туда с четким пониманием того, что я верю, что люди должны делать мир лучше, применяя свои способности. Как совместить эту веру с совеременным состоянием на рынке научного труда (меня коробит вообще от этого определения - "рынок научного труда") - мне пока непонятно.

https://aridmoors.livejournal.com/579682.html

В Америке очередная вспышка заболеваемости корью (которая - удивительно! - произошла в штатах, в которых процент невакцинированного населения наиболее высок). В Европе та же фигня - рост заболеваемости инфекционными заоблеваниями в связи с отказом населения вакцинировать детей. Всемирная Организация Здравоохранения рапортовала 41 000 (сорок одну тысячу!!) человек (за первые 6 месяцев 2018 года), заболевших корью в европейском регионе, 37 смертельных случаев. Это самый высокий показатель с 2010 года.
Я бы вот тут сказала: "а вот России есть чем гордиться" - однако в России как раз всплеск заболеваемости именно сейчас. И тоже из-за того, что отказываются вакцинироваться (болеют невакцинированные!). В России в I квартале 2018 года корью заразились 843 человека, а в 2017 году — 43.


Почему отказываются вакцинировать? А там очень интересная история.
Вакцинация сама по себе была придумана в конце 18 века, вакцинировать начали почти сразу, и движение антивакцинаторов началось тоже почти сразу. Вакцинировать отказывались, и сейчас чаще всего отказываются, по религиозным причинам. Но есть другая категория граждан - "сомневающиеся" или "боящиеся". Граждане этой категории не имеют каких-то специфически религиозных убеждений против вакцин, но, по меткому выражению Нью-Йорк-Таймс, "заразились антивакцинаторством через интернет". Чаще всего такие людя боятся, что вакцины могут быть опасны (например, "вызывают аутизм").

Утверждение о связи вакцин и аутизма берет свои истоки в работах некоего Эндрю Вэйкфилда. Смотрим, что произошло. В 1993 году молодой Вэйкфилд публикует статью о подозрении на присутствие частиц вируса в тканевых образцах из нескольких десятков пациентов с болезнью Крона[1]. Болезнь Крона - это тяжелое воспалительное заболевание кишечника, а статья о подозрении на вирусное ее происхождение была очень техническая и состояла из исследований ткани электронным микроскопом на присутствие вирусных частиц. Статья указывала, что "в некоторых образцах была позитивной гибридизация [проверка] на РНК кори".

А вот дальше получилось интересно. Вроде бы тема была забыта. Но вдруг в 1998 году Вэкйфилд, уже с другими соавторами, публикует статью про серию случаев психических расстройств у детей (8 из 12 детей), чьи поведенческие проблемы и потеря когнитивных способностей «были связаны, либо родителями, либо врачом ребенка, с вакцинацией против кори, паротита и краснухи вакциной MMR". Подчеркивание мое - никаких доказательств тому, что вакцина вообще тут причем-либо, не было представлено, просто вот так указано в статье, мол родители так подумали, врач так подумал. Вэйкфилд подчеркнул, что эти дети также страдали от воспаления кишечника. Далее, что интересно, в 2000 году Вэфйкфилд опубликовал статью про еще 60 случаев, теперь уже синдрома Аспергера, СДВГ и шизофрении (всё в кучу), у пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника. В этих 60 случаях речь о вакцинах не шла. Тем не менее, Вэйкфилд ухитрился организовать широкую пресс-конференцию, на которой заявил, что используемая тройная вакцина MMR "приводит к развитию энероколитического аутизма" (autistic enterocolitis (sic!)), и ее срочно надо заменить на другую, "моновалентную вакцину". А какую я щас вам скажу и сразу адресочек и телефончик

Разборки начались почти сразу. В 2004 году журнал Ланцет опубликовал частичное опровержение исследования Вэйкфилда 1998 года, а в 2010 году была полностью отозвана статья 2000 года про 60 случаев[2,3]. Как причины указывались предвзятые и искаженные методы выборки, мошеннические заявления, фальсификация данных, невоспроизводимых результатов и выявленный конфликт интересов. Следите за деньгами, да. В 2011 году в серии статей в Британском медицинском журнале, написанных журналистом Брайаном Дирсом, были подробно изложены основания для этих утверждений, в том числе то, как до публикации своей статьи 1998 года Вэйкфилд получил более 400 000 фунтов стерлингов от юридической фирмы, ищущей клиентов в рамках коллективного иска против производителей вакцины MMR, а также что Вэйкфилд подал заявку на патент на «более безопасную» моновалентную вакцину против кори, чтобы заменить MMR[4]. В 2010 году Генеральный медицинский советник Великобритании исключил Вэйкфилда из реестра, фактически лишив его лицензии на медицинскую практику. И на фоне всего этого были провеждены многочисленные независимые исследования о связи между аутизмом и вакциной MMR (которые обобщены в метаанализе (общем анализе) 2014 года, в котором более миллиона детей, озаглавленного «Вакцины не связаны с аутизмом: научно обоснованный мета-анализ») - и не нашли никаких доказательств какой-либо связи[5].

Скандал с Вэйкфилдом называют «самым разрушительным медицинским обманом за последние 100 лет», потому что, к сожалению, отзыва статей, отзыва лицензии и публикации множества независимых исследований почему-то оказалось недостаточно. Все равно существуют люди, которые отказывают своим детям в защите от смертельных (корь смертельна в 10% случаев, в зависимости от ухода за ребенком; лекарств не существует) болезней.

В связи с тем, что движение антивакцинаторов (оно статистически растет) УЖЕ привело к распространению локальных эпидемий (в 21 веке!!), то я и решила написать этот пост.



ЭТО ПОЛИОМИЕЛИТ
ВАКЦИНИРУЙТЕ!

UPD
В комментах бросили замечательную ссылку на ситуацию с эпидемиями на Украине.
http://debaty.sumy.ua/news/medicine/sumskoj-vrach-yz-za-vas-tupogolovyh-znatokov-y-rodytelej?fbclid=IwAR2hCXV17LTf-Kdmc3xaTd_iGkvbUEuAkbYwd_P2qVaFp56Ib4l3wBUjcC0


1. Wakefield AJ, Pittilo RM, Cosby SL, et al. Evidence of persistent measles infection in Crohn’s disease. Journal of Medical Virology 1993; 39:345-353.

2. Wakefield AJ, Murch SH, Anthony A, et al. Ileal-lymphoid-nodular hyperplasia, non-specific colitis, and pervasive developmental disorder in children. The Lancet 1998 [RETRACTED].

3. Wakefield AJ, Anthony A, Mursch SH, et al. Enterocolitis in children with developmental disorders. The American Journal of Gastroenterology 2000 [RETRACTED].

4. Deer B. How the vaccine crisis was meant to make money. BMJ 2011; 342:c5258 https://www.bmj.com/content/342/bmj.c5258

5. Taylor LE, Swerdfeger AL, Eslick GD. Vaccines are not associated with autism: An evidence-based meta-analysis of case-control and cohort studies. Vaccine 2014; 3623-3629.

https://aridmoors.livejournal.com/577018.html

Хочу сама для себя сформулировать, в чем для меня сегодняшняя наука является проблемой.



Несколько последних исследований отчетливо показало, что Пхд-студенты в три раза более склонны иметь психические проблемы со здоровьем, чем все остальное население. 1 из 10 Пхд студентов признает, что думал о самоубийстве в течение последних двух недель. Причины в этих исследованиях не указываются, но многие и сами их легко назовут: рабочая нагрузка на студентов-аспирантов огромна, зарплата крайне мала (в некоторых странах более чем в два раза меньше, чем технического персонала без высшего образования), а увереность в будущем почти полностью отсутствует. Все это связано с истрически сложившейся ситуацией, которая сделала систему науки в современном обществе невыносимой для самих ученых практически во всех странах.

Само по себе PhD (условно докторская степень, она означала разное, давала разные права в разных странах и формировалась чуть-чуть по-разному, но в целом нужна была для того, чтобы дать человеку право стать "профессором" и иметь право полноценно преподавать в высшем учебном заведении) появилось в 19 веке, а распространяться стало в начале 20-го. Не все вузы стали одновременно выдавать PhD, и критерии для выдачи разнились в разных вузах всегда. Более того, они разнятся и сейчас (что повергает многих в депрессию само по себе: например, в моем случае для получения PhD необходимо ДВЕ статьи первого авторства в научном журнале с импактом не ниже 2, а в Европе многие вузы вообще не требуют наличия научных статей и выдают PhD без них).

Тем не менее, поскольку в течение 20 столетия произошел и происходит экспоненциальный рост выдачи PhD, история сегодняшних стареньких профессоров, когда они получали свою степень, и сегодняшних аспирантов радикально разнятся. Буквально 50 лет назад получение степени почти автоматически означало, что ты стал "профессором" - так, например, в фильме "люди Х" один из главных персонажей с ник-неймом "Профессор Ксавьер" получает свою степень, и его тут же начинают называть профессором. Он отшучивается так:
- Ой, да что вы, меня еще нельзя называть профессором, я еще пока официально не начал преподавать...

Эта его оговорка наверняка вызывает не одну кривую усмешку у сегодняшних аспирантов и... постдоков. Особенно постдоков, потому что само слово "постдок" не существовало до конца 20 века, как не было и этой, скажем так, недопрофессии.



Пока количество выдаваемых степеней было относительно невелико, а расширение существующих университетов и открытие новых, связанное с экономическим и технологическим подъемом середины 20 века, было быстрым, почти каждый защитившийся аспирант получал должность профессора в университете и действительно как бы становился профессором после защиты. Конечно, ему еще предстоял долгий путь карьерного развития внутри университета, однако можно было с известной степенью уверенности утверждать, что во всяком случае в науке он сможет остаться так или иначе.

Когда экспоненциальный рост выданных PhD скрестился с остановкой расширения финансирования научного сектора, произошли следующие изменения: во-первых, возникла и начала усиливаться конкуренция ЗА МЕСТО профессора, что было само по себе почти немыслимо в начале 20 века для защитившегося аспиранта. Как это так - защитился, но не получил место? Это как? А вот так. Мест нет. Все уже украдено до нас.

Во-вторых, возникла должность так называемого подстока - бесправного и низкооплачиваемого мула-работяги, на которого в сегодняшней науке ложится почти все научное делопроизводство (а та часть, которая не ложится на плечи постдока, ложится на плечи аспиранта). Бесправного потому, что постдоки - это контрактники, контракт ограничен 2-3 годами, и как правило не продляется. Человеку, который только что защитился с огромными усилиями, говорят примерно следующее:
- Мы тебя возьмем на работу, так уж и быть, но только на 2 года, только вот с такой зарплатой, и после окончания иди куда хочешь, а в смысле условий и карьерного продвижения мы тебе вообще ничего не можем ганартировать, это твоя проблема.

Согласитесь, это уже сильно отличается от радостной ситуации Профессора Ксавьера, только что защитившего диплом в фантастическом фильме Люди Икс.

Вы думаете это все? Это еще не все. Ха. Постдок как правило не может заключаться более трех раз. То есть у тебя есть ровно три (или даже меньше - иногда только 2) попытки устроиться на должность профессора после окончания PhD. Первый постдок, т.е. первые два года, когда ты работаешь изо всех сил, пытаясь привести свое резюме к виду, которое позволит получить должность профессора, и второй постдок (который тоже надо искать самостоятельно - а это значит полгода вылетевшие на составление резюме, поиск вакансий, интервью и пр.). Если после второго постдока ты не смог устроиться профессором - скорее всего, это вообще никогда не получится. Куда идти после этого? Всем пофиг, куда хочешь. В индустрию тебя, скорее всего, не возьмут, потому что тебе к этому времени уже 35-40, а опыта работы за пределами академии у тебя ровно ноль; а в академии тебя тоже уже никуда не возьмут, потому что до профессора ты не дотянул, а третьи-пятые постдоки не приняты, наймут молодого лучше вместо тебя. Ну то есть можешь пойти таксовать или устроиться техничкой. Добро пожаловать в реальный мир науки, Нео! Поздравляем тебя с твоим PhD и твоей рухнувшей жизнью.

Но и это еще не все. Сегодняшняя конкуренция в науке в связи с перепроизводством PhD настолько велика, что даже место постдока непросто найти. То есть люди в буквальном смысле готовы работать за еду, подвергаться дискриминации и буллингу, только для того чтобы продолжать работать в науке. Эта ситуация возможна потому, что сегодня очень многие постдоки находят место не в своей стране, а в чужой. Переезд сопровождается стрессом, в чужой стране человек, как правило, очень плохо ориентируется, а если и виза завязана на научного руководителя - созданы все условия для полной психологической и материальной зависимости постдока от босса в лабе. Ведь даже для смены места работы, для следующего постдока потребуется рекомендательное письмо босса, а возможно и личный телефонный разговор с этим боссом... а без рекомендаций сейчас не берут - за твоей спиной еще сотня или две только что защитившися йуных ученых, из которых легче лепить что вздумается.

Ах да. Как же это я забыла. Не только рекомендация важна для поиска позиции постдока после защиты (а также и поиска позиции профессора - если когда дошел до жизни такой). Важно еще и правильное резюме. Что такое правильное резюме? Это
- как можно больше статей, где ты включен автором
- как можно больший импакт-фактор этих статей
- как можно больше индекс цитируемости этих статей
- как можно больше конференций, где ты выступал с презентациями
- как можно больше полученных грантов.

В данном случае "как можно больше" означает, в буквальном смысле, как можно больше. То есть количество. Качеством никто не интересует, времени нет - пока прочитаешь 250 резюме (это не шутка) подающих на твою позицию кандидадов в постдоки, опухнешь вообще, какое там разбираться в каких-то качествах научной работы... Вообще бы эти 250 успеть просмотреть, в принципе.

Что такое "как можно больше" в цифрах?

Ну, вот случай моей подруги-американки. При мне она была вторым постдоком и искала сначала позицию профессора, потом позицию третичного постдока, а потом уже (после полугода безуспешных поисков) ВООБЩЕ ЛЮБУЮ РАБОТУ при следующем резюме:
1. Более 20 статей
2. Средний импакт 5, последняя статья первого авторства импакт 11
3. Цитируемость высокая
4. Более 20 конференций
5. Два полученных и отработанных гранта.

Все это никак не помогло ей найти работу в науке ни профессором, ни постдоком, и она нашла в итоге работу в индустрии, причем шанс там был 50-50 с другой кандидатурой, но в итоге взяли ее. Она чуть не плакала от счастья, "господи, как я устала за эти полгода от ощущения, что мне некуда будет идти, господи, у меня наконец ЕСТЬ РАБОТА".

Так вот мы подходим в самому главному, что делает сегодняшнюю науку проблемой. С моей точки зрения, такая система, основанная на оценке работы среднего ученого через количество (статей, импакт-фактора, цитируемости, конференций и т.д.) приводит к ситуации, что
успешный ученый = недалекий ученый, не ведущий серьезных исследований

Потому что любая конференция, любое написание статьи (со всеми вытекающими последствиями - оформить, подать в журнал, вычитать требования каждого отдельного журнала, переписка с ревьюерами, ответы, корректировки и т.д.) - это ВРЕМЯ. Время, оторванное от собственно научно-исследовательской работы. Другими словами, чем больше человек пишет статей и ездит на конференции, тем меньше он работает над серьезным научным проектом.

Эта ситуация создавалась постепенно в течение 20 века, и до сих пор еще работают ученые, которым удалось в свое время удачно вписаться и получить место без таких тяжелых проблем, поэтому все еще существует какая-то осмысленная научная деятельность. Однако если вы внимательно вдумаетесь в цифры, ситуация ухудшается экспоненциально. Это означает, что каждый следующий год в два раза хуже предыдущего.

Экспоненциальное перепроизводство PhD повлекло за собой проблемы не только на уровне трудоустройства выпускников и постдоков, но и на всех остальных уровнях. Безумно увеличилось количество подаваемых в журналы статей (ведь мера оценки ученого - количество статей!); все журналы очень громко кричат о том, что их заваливают тоннами макулатуры, вдумчиво разобраться в которой у них нет времени. Плюс к этому большая часть подаваемых статей еще и низкого качества, так как идет из Китая, Индии и других таких стран, где к качеству статьи предъявляют меньше требований, чем к количеству. В Китае напрямую зарплата ученого зависит от количества выпущенных статей. В этом случае мы приходим к ситуации, что
работа ученого - это написать как можно больше статей как можно быстрее
НЕ научная работа. К науке эта работа уже не имеет никакого отношения.

Надо ли говорить, насколько такая ситуация буквально провоцирует фальсификацию результатов исследований, неглубокость статей и вообще любые методы повышения статье-производительности в ущерб науке? Фальсификация также позволит вам повысить свой импакт-фактор и цитируемость, так как вам это тоже жизненно необходимо - жизненно, т.е. для выживания.

Само по себе количество научных статей стало расти экспоненциально - люди делают то, что от них требует жизнь, а если общество сказало ученому "мы хотим, чтобы ты выпускал больше статей", то ученый... выпускает больше статей. Ситуация дошла до того, что возникли так называемые "журналы-хищники" - это онлайн-журналы, которым можно заплатить за то, чтобы они легко опубликовали вашу статью; такие журналы как раз целят в давящее ощущение гонки за количеством статей, и ученые идут на все, лишь бы опубликоваться, и становятся жертвами таких журналов. Журналы берут с ученых за публикацию огромные деньги, а затем через несколько месяцев исчезают из сети.

Многие страны признают, что такая ситуация ведет к снижению качества научной работы в целом и качества специалистов в частности.

Решение? Решения еще никто не придумал, потому что по большому счету всем все равно, что делается в науке, у страдающих ученых нет времени заниматься чем-то, кроме написания как можно большего количетва статей и поиска работы, а правительства всех стран в даный момент вообще в гробу видали развитие науки и хотят вкладывать уменьшающиеся ресурсы во что-нибудь другое.

В теории мы имеем огромный общественно финансируемый ресурс (ученые), которых можно было бы бросить на решение горящих задач (разрушение климата, рост болезней, старение населения и т.д.), но покуда оценкой деятельности ученого будет являться количество статей, этот ресурс будет уходить в никуда - для решения таких серьезных задач требуются коллективные усилия и долгосрочное надежное финансирование с ДРУГИМИ КРИТЕРИЯМИ ОЦЕНКИ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ИНДИВИДУАЛЬНЫХ УЧЕНЫХ. Другими.

https://aridmoors.livejournal.com/576211.html

Даже вот слов нет, чтобы описать происходящее. Совсем нет.



Я начну с самого главного. Я сижу в темноте, в когда-то закрытом военном городе-оборонке, по хим. промышленности, рядом с центром где хранится туева хуча глобальных смертельных вирусов. Ничего как бы особенного в этом нет, потому что Советский Союз развалился, и всё. Все что было значимо, теперь незначимо, что было круто, теперь неркуто.

Но в общем вот я сижу в темноте в этом центре, в трехкомнатной квартире в одной из комнат, в остальных комнатах спят родители, которые не дают мне улететь в Японию в качестве камикадзе.

Что дальше будет - я вам честно скажу я не знаю.

Тут как бы столкновение юридических прав ихних, которые в здравом уме, и моих, которые хер его значет что из себя представляют; короче я не знаю. Если меня признают сумасшедшей, я уже буду писать хроники заполярных психбольниц. Если мне компьютер оставят ыообще.

Короче говоря, тьма, за окном -40, прекрасна сибирская ночь.

Про сибирскую ночь можно много прекрасного рассказать. Я когда тока приехала, меня сразу поразила реклама на стенде:
- ЧТО ДЕЛАТЬ, ЕСЛИ ЗАМЕРЗЛА НЕЗАМЕРЗАЙКА?!

Вообще вот формулировка, место и время были подобраны просто офигительно. Сразу понятно, что ты в Аду. Причем противоположном тому, где огонь и эти... угли...

То есть нахер замерзла незамерзайка, и тут понятно, что пришел песец, если бы не...

Да.

Мне как раз тут мама рассказывала. Говорит, прилетаем мы из Тайланда, а тут -37... А у нас машина стоит в аэропорту, ну пригнали и поставили. А там -37. Какой нахрен аккумулятор, нихрена не заведется, все так замерзло - двери не откроешь. Ну и там короче как раз в аэропорту ездят прикуриващики: они как раз прикуривают чужие машины, 500 р. за одну машину. 10 прикурил - 5 тыщ рублей в кармане. Заработок.

Ну они значит прикурили, завелись, едут из аэропорта мееееедлленно на этом еле оттаивающем транспорте, доезжают до перекрестка, мама включает поворотник - БАЦ, всё заглохло и не отсвеичвает.
Ну на улице -37, песец. Звонят родстенникам, "песец спасайте заглохла нахер бля на перекрестке нах".

Русский язык, понимаешь. Другими словами уже не разговариется при такой температуре.

Ну родственники приехали спасли.

А если б японцы?! Замерзли бы нахер.

Это я к чему? Сибирь прекрасна своей незавоевыветельностью. Никто ее нахер не сможет завоевать, поскольку подохнут при первой же зиме. Дверь в танк нах не откроется. Потому что примерзла.

На самом деле я так и не знаю, что делать, если замерзла незамерзайка. Я вот зато знаю когда надо крыть коров. Потому что крыть коров - это тебе не витаминки в валенки пихать, это целая наука! Это еще надо знать, когда и где покрыть! У них же молоко меняется в зависимости от этого.

Ы общем, я даже не буду рассказывать семейные тайны.
Мне самой это всё - ну как этой... как ее... с оранжевыми волосами в 5м элементе.
То есть ничго не соображаю.

Сейчас январь 29.
Я не знаю что произвойдет во мноц в ближаше дни. Возможно я попаду в больницу. Я не знаю.

Мне очень тяжело от всех перемен и стресов в жизни. Очень.

Кто может, поддержите меня. Я буду стараться жить.

https://aridmoors.livejournal.com/575145.html

Дорогой Джеймс Сэнсэй,

Завтра у меня (вероятно) будет предварительная защита в 5 часов вечера. Я закончила тезис и презентацию, я сделала все, что могла, никто не мог сделать лучше.

Вы, конечно же, знаете знаменитое "Gott ist tot" ...

«Бог мертв. Бог остается мертвым. И мы его убили! Как утешимся мы, убийцы из убийц! Самое святое и могущественное Существо, какое только было в мире, истекло кровью под нашими ножами — кто смоет с нас эту кровь? Какая вода может очистить нас? Какие праздники искупления, какие священные игры мы должны изобрести? "
- Ницше, «Радостная Наука», раздел 125, тр. Вальтер Кауфманн

Я ощущаю вот это в последнее время, но только я думаю что "наука мертва". Какая пародия. Кривое зеркало 19-го века.



Я долго ждала, 7 лет, чтобы прийти к такому выводу. Мы больше не можем владеть наукой, наука больше не может владеть нами. Чудовищная куча фактов стала слишком велика для нас, чтобы понять ее. Гигантская мозаика данных превратилась в гору с вершиной над облаками. Мы стоим перед нею, неспособные сделать что-либо значимое. Мы не можем ее понять.

Запомните мои слова, будет время, когда все журналы и онлайновые базы данных будут заполнены данными о секвенировании либо ДНК, либо РНК, которые будут несовместимыми с другими исследованиями, производя гигабайты данных, которые нельзя отнести к экспериментам других людей, «пседоавтономные» вещи, поток бесполезной информации. Вы увидите в журналах цитаты: «согласно этой базе данных ...», «согласно той базе данных ...», но никто не сможет сказать что-либо наверняка. Что-нибудь раз и навсегда. Что-нибудь такое осязаемое, как 1-метровый стандарт во французском Международном бюро мер и весов. 1 метр молча сидит там, подтверждая, что существует международное соглашение о том, что такое 1 метр. Это так прекрасно, что я хочу поцеловать его. Это как Бог. Люди договорились о чем-то. 1 метр существует. Был такой момент в истории. 1 метр реально существует.

Но в биологии нет 1-метрового стандарта. Там нет стандартов. И они не хотят их делать. Они не хотят становиться точной наукой, они не хотят нести ответственность.

Я хотела бы не видеть все это. Я хотела бы быть такой же глупой, как средний биоученый. Хотелось бы, чтобы я не знала, что такое precision, что такое accuracy и в чем разница. Но я знаю это. И я не могу общаться с ними.

Понимаете, Ватанабэ-сенсей - физик. Мой главный экзаменатор тоже физик. Они должны были изучать математику. Они должны были изучить Теорию Измерения. Я не знаю, почему они этого не сделали. Ватанабе-сэнсэй написал мне тот же проклятый комментарий, как и рецензенты: «По крайней мере, вы должны количественно сравнить precision и accuracy, чтобы рассчитать E между вашим методом и текущими методами"

Вы понимаете, что это значит?

Это означает, что они произносят слова, которые не имеют для них значения, как колдовство. «Precision». «Accuracy». Они даже не знают, что это значит. Наука мертва, потому что нет ученых, которые могли бы справиться с таким большим количеством информации. Требуется гений, чтобы заполнять все документы и понять всё, но мы не гении. Мы не можем. Я сломалась; они не сломались, но они не понимают, что такое точность.

Я изо всех сил пыталась объяснить. Я попробую еще раз завтра. Точность является мерой систематической ошибки. Это означает неслучайную ошибку, связанную с дизайном. Например, когда ваша линейка длиной 1 метр на самом деле длиннее 1 метра из-за ошибки в производстве. Этот тип ошибки не может быть обнаружен никаким статистическим алгоритмом. Она системная. Она встроенная. В некотором смысле, это вообще не ошибка, это просто означает, что ваша система отличается от французского 1-метрового стандарта. Это все. Ничего больше. Не может быть метода, который «лучше в точности», это чепуха. Вы либо близки к французскому 1 метру или нет. Это не имеет ничего общего с вашим методом.

Это же статистика по учебникам. В буквальном смлысле, это было на первой странице книги «Базовая статистика», которую я читала.

Я совсем одна. Существует огромный разрыв между моим пониманием и их пониманием. Мне не повезло, я помню то, что я прочитала. Я хотел бы быть как все другие люди; Я хотел бы просто отпустить. Неважно научные доказательства, прогресс, человечность и все такое. Я хотел бы просто быть на их уровне. Я не знаю как. Я не знаю.

Всем все равно. Никто не заботился о Ван Гоге до его смерти; и после этого они заботились только о деньгах, связанных с продажей его рисунков, верно? Никому нет дела.

Вы знаете, чего я действительно хочу? Я хочу место, где я могла бы просто делать правильные вещи без наказания за это. А в настоящее время вы либо подчиняетесь, либо вытесняетесь из бизнеса.

Вот почему я говорю «наука мертва». Потому что вы либо подчиняетесь, либо вас вытесняют из бизнеса. Вы либо показываете им, что они хотят, или вы умираете. Наука больше не об истине. Потому что они больше не могут обращаться с правдой; это стало слишком сложным для них, чтобы понять.

Наука мертва; нет больше цели для меня.

Они отвергли мой грант. Я знала, что это произойдет. знаешь почему? Потому что qPCR не пользуется популярностью. Это бессмысленно (для меня), когда научная ценность определяется популярностью (что это? Facebook? "лайк"?), Но это так. Наука мертва. Да здравствует социальная посредственность.

У меня нет вариантов. У меня нет здоровья. У меня не осталось "я". Я старалась изо всех сил, как могла. Никто не может обвинить меня. Я сделала все, что могла. Все.

Вы знаете, к чему я клоню. Я не хочу больше существовать в этом мире. Я имею в виду, что было бы неплохо впасть в криосон, чтобы проснуться 50 лет спустя, просто чтобы узнать, что стало с Трампом, сумасшествием данных, ИИ и всем остальным.

Но я не знаю, как жить в течение 50 лет.

Есть только одна цитата, которая запала мне в душу. Потому что я дитя проклятых времен. Я ребенок, который не доживет до рассвета. Это цитата «профессора», как его называют в России, Р. Толкиен.

“I wish it need not have happened in my time," said Frodo.
"So do I," said Gandalf, "and so do all who live to see such times. But that is not for them to decide. All we have to decide is what to do with the time that is given us.”

https://aridmoors.livejournal.com/573428.html

ну что же коротко о главном
с улыбкой диктор говорит
кругом пи**ец а о погоде
сейчас расскажет николай



зачем ты мне сломала ногу
спросил аркадий у судьбы
судьба ему сломала челюсть
вопросы штоб не задавал

мы так сильны что становиться
сильнее некуда уже
и всё что нас не убивает
не убивает нас и всё

любовь приходит и уходит
как заблудившийся алкаш
а вот **здец другое дело
пришел и врос и навсегда

геннадий старый маразматик
а иннокентий молодой
и у него куда задорней
и перспективнее маразм

вот день становится длиннее
а жизнь короче с каждым днём
но скоро лето и синхронно
всё снова будет убывать


Немного зимних:

вдарили морозы
наши пацаны
тёплые надели
под штаны штаны
© Сыр

выглянул в окошко
снова снег идёт
я пошёл на кухню
вскрыл себе компот
© zlobins

ранним зимним утром
выйдя в темноту
я копал машину
выкопал не ту
© Lunnaia

ранним зимним утром
вышел на крыльцо
лёгкий бриз сдувает
с черепа лицо
© ZAK

https://aridmoors.livejournal.com/573132.html

Говорила с мамой. Она сказала то же, что по статистике говорят большинство умирающих на смертном одре:
- Жалею, что столько времени моей жизни потратила на эту работу, на эти бумажки, на эту фигню; тогда казалось это важным, а сейчас думаю - а правильно ли я прожила жизнь, столько и из таких сил работая?

А я не жалею времени, потраченного на работу. Когда я преподавала английский, это не казалось мне бессмысленным; наука тоже до сих пор не казалась (да и не кажется) бессмысленной. Я жалею, что потратила жизнь на предателя-мужа, и еще жалею, что проиграла - в науке. Я старалась изо всех сил. Этого оказалось недостаточно.

Столько всего случилось за эти новогодние дни, что у меня разбилась прежняя картина мира, и сквозь нее проглядывает новая, и эта новая - апокалиптическая, стим-панк, технокатастрофа, Великий Упадок Всех Времен.

Я знаю, что найдутся несогласные, но думаю, что человечество совершило ошибку, уничтожив Советский Союз. Это был шаг назад. Шаг в пропасть. Можно и нужно было исправлять недостатки - но не уничтожать... впрочем, это всегда было войной миров, и просто один из миров победил и диктует свои порядки.

А я, как кошка, потратила уже пять из своих девяти жизней. За эти несколько предновогодних дней смерть дышала мне в затылок дважды, и оба раза я ничего не чувствовала. Отсутствие ощущений. Отсутствие желания связываться с этой реальностью. Я всю жизнь жила и надеялась: станет лучше. А теперь открыла глаза и вижу: я живу в в темные времена. Лучше не станет, станет только хуже.

Киотский сенсей рассказал на вечеринке-проводах года: в Киотском университете вводят новые порядки, как в Америке, оценку профессоров студентами. Жаловался: что теперь будет? Да ведь они (студенты) будут ставить лучшую оценку тому, кто им ставит 5, если они ничего не делают! И он прав. Но так Америка сказала. Образование теперь - это услуги, здравоохранение - услуги. Страшный сценарий мира, из которого исчезли учителя и врачи, а остались лакеи. Человек будет умирать у ворот больницы, которая отказывается его принять, потому что у него нет денег.

Никаких ответов нет, одни вопросы. Как жить в темные времена? А мне в лицо двинуло этой реальностью: времена темные, надеяться не на что. Не на кого. И все, что мне остается, это цитата Профессора:
“'I wish it need not have happened in my time,' said Frodo. 'So do I,' said Gandalf, 'and so do all who live to see such times. But that is not for them to decide. All we have to decide is what to do with the time that is given us.'”

https://aridmoors.livejournal.com/571154.html

Я жива дома в очень плохом состоянии не могу дойти до кухни попить воды, теряю сознание. Скорая не могла справиться (не было специалиста ночью) сказали утром идти но я не могу встать

https://aridmoors.livejournal.com/570269.html

hELP ME

ANYBODY HERE?

https://aridmoors.livejournal.com/570097.html

Я продолжаю интересоваться историей несчестного китайца, создавшего первых КРИСПР-младенцев. Пока что мое общее впечатление - это что 1) ученым, критикующим его, в основном завидно, что это не они это сделали, и они призывают в основном этические догмы - мол, "это было так неэтично, так неэтично". Для меня это аргумент из разряда религиозных. Неэтично вмешиваться в работу Господа Бога (Природы, или что у вас там стаоит на этом месте идола). 2) Огромное значение имеет происхождение Хе (китайца), и на мой взгляд дикий элитизм, присутствующий в основном среди Ivy League-снобов, которые собственно и затеяли всю эту заварушку с масс-медиа вокруг несчастного китайца. Он не подчинился игре по их правилам. За это они готовы убить. Это Америка. Там за такое убивают. Буквально или фигурально.

Из чего я это заключаю. Во-первых, сначала китайские газеты рапортовали это как достижение Китая, первый в мире прорыв (чем оно собственно и является, если задуматься, вообще-то). Америке это вряд ли понравилось. Китайские газеты, бомбардируемые американским напором, сдали позиции и перевернули интерпретацию после этого на 180 градусов, теперь уже называя Хе страшным "ученым-злодеем" (что, собственно, не имеет под собой больших оснований). Все это - очень политическая заварушка, очень выгодная некоторым лицам. Пока что никаких реальных описаний, конкретных и сильных, по технической стороне работы Хе я не увидела. Если у кого есть линки, скиньте пожалуйста, и объясните мне, дуре, на пальцах, ЧТО ОН СДЕЛАЛ НЕ ТАК. Не этически, пожалуйста (не надо призывать господа бога), а ТЕХНИЧЕСКИ. Что не так в его экпериментах.

Есть текст статьи, из которой я процитирую очень характеризующие ситуацию фразы.
Вот как отозвалась о нем Дженнифер Дудна (которая типа открыла КРИСПР и теперь всю свою жизнь посвятила активной акульей борьбе за патенты на нее):
- Его поведение была смесью чрезмерной уверенности в себе и наивности. Он был очень уверен в своей работе и абсолютно не понимал, какой взрыв он произвел в научном сообществе.

Хе пытался завести контакты и войти в так называемый "круг избранных", занятых исследованиями КРИСПР. Естественно, они его не пускали (как я теперь понимаю, там слишком большие деньги крутятся - для примера, Дудна только что получила 215.000 долларов на проект под названием "Новые вызовы и возможности редактирования генома: Проект для рефлексии, открытий и образования". Ну то есть да, прекрасный способ делать хорошие деньги просто рассуждая о том, хорошо что-нибудь или плохо, причем без особых доказательств (а их нет - работа-то не двигалась, потому что это же неэтично - редактировать геномы эмбрионов).

Дудна на часть этих денег организовала конференцию, где собралась вся КРИСПР-элита. Случайно в этот же момент Хе написал Дудне, что будет в это время в Беркли, и не могут ли они встретиться. Дудна сказала, что он может приехать на конференцию. Хе приехал и выступил с работой, которая, по словам Дудны, "не произвела впечатления на аудиторию". Значете почему? Потому что Хе рассказал о своих экспериментах на мышах, обезъянах и человеческих эмбрионах in vitro, а это уже типа было сделано ("фи, ничего нового", сказала элита). Одна из представителей элиты (которые включают биоэтиков) отозвалась о Хе так:
- Он явно не имел никаких опасений по поводу продвижения вперед в технологии редактирования генома, и я не почувствовала от него ощущения, что он входит в наш круг обсуждений по поводу этичности таких исследований.

Ну то есть да. Америкацы считают, без всякой задней мысли, что они могут диктовать всему мире не только на сколько денег им жить, но и как им жить этически, и к сожалению весь мир частенько слепо этому следует.

Дудна так же сказала такую фразу (по-моему, очень хараткеризующую весь мир американской Ivy League):
- Его не рассматривали в качестве сколько-нибудь важного игрока.

Игока! Учебные, блин. Это же терминология бизнеса и политики, ничего более.

Другие комментарии включали:
- Он сын фермеров и вырос в бедной деревне.
- Да у него не было важных статей с большим импактом про КРИСПР раньше.
- Его работа никуда не двигает науку.

Когда Хе пытался завести знакомства с элитой КРИСПР, его отфутболили к местному звезде-биоэтику, чтоб тот переубедил Хе в его намерении редактировать одноклеточные эмбрионы. Биоэтика звали Халбрид. Он сказал:
- Я видел, куда он направляется, и я пытался вбить в него понимание практических и этических последствий, включая этические возражения против редактирования человеческих эмбрионов. Он мне возражал: "разве это не изолированная группа, находящаяся в США, которая возражает против этого? Если КРИСПР можно использовать для коррекции болезни, которая в противном случае будет передана по наследству, почему мы должны ставить права одноклеточного эмбриона выше прав рожденного больным и обреченного на страдания ребенка?"

В Беркли, среди элиты КРИСПРА, выступление Хе не произвелол большого впечатления. Многие посчитали Хе неважным игроком и пропустили его выступление.

И только когда он сообщил о том, что получил лицензию этического комитета в Китае и начал клиническое исследование, все всполошились. "Какой ужас!" "Да ведь эти редактирования генома будут наследлуемы!" "Как он смеет!" - при этом испытания на применении технологии на взрослых людях уже ведутся. Это именно эмбрионы, которые почему-то всполошили американскую общественность. Эмбрионы трогать нельзя. Святое?

В общем, пока что я не увидела каких-то внятных объяснений,
1) чем именно его исследование на эмбрионах было чем-то хуже или опаснее, чем исследования, которые уже ведутся на взрослых.
2) чем именно, технически, его работа менее совершенна
3) в чем именно так называемый "риск" перевешивал "бенефит" в его конкретном случае - там отец был ВИЧ-инфицированный, а в результате вмешательства дети родились здоровыми.

Пока мне не ответят на эти вопросы (на все), я не могу полностью решить для себя. Хотя я и так уже вижу, что там слишком много денег, слишком много политики, и самое главное, слишком много Америки.

https://aridmoors.livejournal.com/569114.html

Просто приятные для глаза фотки последнего месяца.

https://aridmoors.livejournal.com/568851.html

Тут недавно американская (в основном) общественность разбушевалась, что мол китайцы создали первых детей, геном которых улучшен с помощью новой технологии. Ученого там чуть не посадить собрались, все ужасно. Ну вот я хотела тут мнение написать.

1) Во-первых, особо ничего нового в плане технологическом он сделал. Более того, кругом орут, что мол он "не учел все риски" - так вот, он вообще пошел по самому безопасному пути. В данный момент технология CRISPR лучше всего (четче всего, безопаснее всего) редактирует гены именно так, как он сделал: вставить блок в дурацкий ген. Вот если бы он там, начал сочинять что-то, вставлять новые гены, которых раньше не было, это я еще понимаю - да, там бабка надвое сказала. Но то, что он сделал, делается в тысячах лабораторий по всему миру на мышах и относительно безопасно, во всяком случае явно не опаснее, чем просто тупо вероятность родить ребенка с синдромом Дауна. Хорошо было бы увидеть исследования о вероятностях КРИСПРа повредить какие-то другие (не запланированные) гены, но такое пока никому не приходило в голову, потому что нафига? Ну вот может теперь не нафига, но вряд ли кто-то будет делать. Разве что для защиты китайца.

2) Во-вторых,по-моему американцы разбушевались потому, что им завидно. Они может это в Пентагоне разрабатывают, а тут китайцы - трах-бах, и сделали. Конкуренция, понимаешь, да. Но это да, спекуляция.

3) В-третьих, да, эти вещи делать НАДО. Так же надо, как в свое время надо было делать вакцины. Потому что это прогресс. Это хорошо. Это более здоровые дети. Да, это кому-то там страшно - консервативные люди всегда боятся будущего. Но это не значит, что надо тормозить прогресс. А это прогресс. И аргументы за "а давайте мы не будем редактировать дурацкие гены, пусть дети рождаются больными, а потом мы будем их лечить, вот давайте лучше изобретайте лечения всякие" - это на пользу только фарм-компаниям. А людям это не на пользу. И вообще, лично я бы поубивала тех, кто хочет, чтобы дети рождались больными, а потом их лечили. Ну не уроды?

4) В-четвертых, да, это потянет за собой различные сервисы по редактированию генома своих детей. И кто-то там пишет аргументы - мол, человечество разобьется на тех, кто может себе это позволить, и тех, кто не может себе это позволить, и вот, капец, дистопия, армагеддон. Эти аргументы бредовы. Во-первых, человечество и так уже разбито на тех, кто может себе позволить лечение и тех, кто не может себе позволить лечение. Во-вторых, технология будет дешеветь, и заявлять, что ее не надо распространять потому что мол разница в доходах населения - это как заявлять, что не надо распространять автомобили или сотовые телефоны, потому что мол разница в доходах населения, не все могут позволить себе интернет или купить автомобиль. Далеко можно так уехать? Не думаю.

UPD Всё еще хуже чем я думала. В комментах мне кинули ссылку на оригинал научной презентации китайцем своего исследования. Чувак делал всё МАКСИМАЛЬНО ГРАМОТНО, вот как я бы сделала, так же, сначала на клеточных линиях, многократно, на проверенной десятилетиями последовательности, потом на мышах, потом на обезьянах, всё это очень длительно, скрупулезно, ну блин просто и-де-аль-но. Ну он вылизал реально, вычитал всю литературу, выяснил все способы секвенирования, ну ВСЁ блин. Куда лучше?! И его освистали. Чувак опередил свое время. Народ просто очень тупой и жадный до громких сенсаций, в которых он ничего не понимает. Там в комментах же написали про "31 эмбрион"... это было вязто из статей, написанных журналистами, а не из оригинала презентации ученого. Из презентации там совершенно ясно: не было никаких мертвых 31 эмбрионов, это вообще не о том было. В общем... не знаю, там очень много технической информации, которую я могу объяснить, но только если кому-то сильно интересно. Там правда у него исследование-простыня из очень грамотно поставленных сложных экспериментов.

https://aridmoors.livejournal.com/566864.html

Кому там было не все равно.

Я доковыляла до этого момента. Завтра выступление в хоре, 10.000 человек, петь 9 симфонию Бетховена.



Кто не знает, в Японии есть событие - компания Сантори организует хор в 10.000 (десять тысяч) человек, который каждый год поет 9 симфонию Бетховена. Это самый большой в мире хор, который поет 9 симфонию, такого нет даже в Германии. Самое классное, это что участники хора - это обычные люди, со своими профессиями, своими жизнями, и им дается шанс поучаствовать в таком огромном событии. Люди записываются на хор, ходят на уроки 3 месяца (группы человек по 100), где им преподают пение профессиональные знаменитые певцы (с которыми вряд ли будет другой шанс встретиться, если по-честному), и потом в начале декабря проходит концерт в Осакском Замке.

Попасть на такой хор в качестве участника очень сложно, но мне повезло - у нас у секретарши были связи, и она попросила за меня, чтобы меня взяли в хор петь в этом году. Я ходила на уроки 3 месяца. Сегодня у нас была генеральная репетиция, а завтра выступление.

Мне было очень тяжело ходить на эти уроки (кто читал подзамки - знает). Пропускать было нельзя, иначе не допускают до выступления. Я ходила на эти уроки сквозь болезнь, депрессию, приступы, всё это. Все занятия отходила, сколько нужно. Эту вещь не пропускала ни за что. Было очень тяжело. И вот завтра - выступление.

Сегодня была генеральная репетиция, и это было... офигенно. Масштаб. Классическая музыка. Люди съехались петь в этом хоре со всей страны. Со всей страны! У всех свои жизни. Там присутствуют дети 7 лет и бабушки и дедушки старше 80. Все. И стар, и млад. До такой степени огромное событие, что организаторы каждый год просят всех врачей и медсестер отметиться - вдруг что случится. В этот год среди поющих около 30 врачей и больше 50 медсестер.

На одном из уроков дирижер, обучая нас петь знаменитое место "Freude!" (радость, радуйтесь), сделал так: спустился со сцены вниз в первый ряд, и стал с микрофоном спрашивать каждого мужчину (там стояли теноры), сколько ему лет. И звучали самые разные цифры - 25, 32, 56, 12, 79. И потом он сказал:

- Понимаете, это место, где вы должны верить в то, что поете. Вспомните что-нибудь очень хорошее, ну например как ваша дочь поступила в институт, или как вы нашли работу мечты, или вашу свадьбу. Я уверен, что в этом зале есть люди, которые борются с тяжелой болезнью. Сделайте так, чтобы они вас слышали и пели это слово вместе с вами так, чтобы в сердце в самом деле появлялась радость, которая выше любых бед.

Вообще он очень хорошо рассказывал, как нужно петь эту симфонию. Очень здорово.

А сегодня, после генеральной репетиции с оркестром, я вышла наружу из здания, пошла вниз по ступеням, и справа от меня шли музыканты-оркестранты, иностранцы. И один молодой человек мне почему-то улыбнулся и помахал. Я подошла, он спросил:
- Ты в хоре?
- Да. По-моему это... столько человек!
- Да, это просто смешно.

Он сказал это зло, язвительно. Ridiculous. Я поняла, что ему не нравится замысел. Действительно, для его музыкального уха это все должно звучать сплошной какофонией. Но он упускает из виду... главное. Цель. Зачем это все. Это же для людей. Ведь там, в зале, люди, которым за 80, люди, у которых может быть рак, у которых могут быть самые разные проблемы. И они пришли туда не затем, чтобы петь чисто, или петь правильно, или вообще следовать каким-то правилам. Каким правилам тебе остается следовать, когда тебе 80 лет? В 80 лет уже очень хорошо понимаешь, что если ты своими ногами пришел на такое мероприятие, и можешь хотя бы открывать рот и делать вид, что поешь - это уже такое достижение, которое следует праздновать. Само по себе.

Но музыкант был молодой, здоровый, и еще никогда не испытывал на себе, что такое тяжелая болезнь или старость. Поэтому он сказал: "смешно".
Я ответила:
- Да. Все доброе немножко смешно. До завтра!

И он тоже сказал "до завтра" и пошел своей дорогой.



Тут пение:

https://photos.app.goo.gl/zeQJqbKJXD5p36aR8

https://aridmoors.livejournal.com/565819.html

https://aridmoors.livejournal.com/565378.html

Не получается heatmap в R. Базовая получается, а clustering никак.

Хочу вот такое:


А она мне говорит
Error in heatmap.2(mat_data, cellnote = mat_data, main = "Correlation", : breaks may not contian duplicate values

Собственно, если ты научился делать heatmaps, то больше ничего не надо для того, чтобы устроиться биоинформатиком. Это даже печально. Я бы даже сказала, очень печально. Потому что по сути все за тебя тут в коде делает машина, а ты просто вычитываешь код. Но для биологов-профессоров, которые нанимают, это выглядит как магия, и они нанимают. Наверное. Я не пробовала наниматься. Для этого надо сделать хотя бы одну статью с такой вот картой, а у меня она не получается, че-то у меня не то в коде.

https://aridmoors.livejournal.com/565081.html

У Лема есть такая концепция - живое разумное существо, состоящее из таких мельчайших частиц, что мы не в состоянии их увидеть; существо, состоящее из ничего. Это Солярис. Там главный герой берет клетки приходящего к нему призрака-человека, смотрит на них под микроскопом, с большим увеличением, потом еще, и еще, и еще, двигается от клеток, к молекулам, к атомам, крутит ручку дальше - и дальше все расплывается. Человеческое существо, состоящее из ничего.

Как эхо этой концепции - репликант, существо, память которого не имеет смысла, потому что она искусственно создана. Человек, который ощущает себя человеком, но таковым не является для других. И диалог между ними:

Rachael: What if I go north? Disappear. Would you come after me? Hunt me?
Deckard: No... No, I wouldn't. I owe you one...

- А если я уеду на север? Исчезну? И тогда ты погонишься за мной?
- Нет... нет, я не стану. Я должен тебе... Но другие погонятся.

***
Я ощущаю себя как эти псевдо-люди. Я не должна быть, по правилам этого общества, но я есть. То, что я чувствую, нереально; но для меня оно есть.

Ты погонишься за мной? Ты будешь меня преследовать?

https://aridmoors.livejournal.com/564775.html

Оооооо, какая прикольная работа!! Мне тут подвернулась левая работа, давно что-то не было слышно от них. Ну очень интересная. "Te-pu okoshi". Эээ... как это по-русски... проснуть аудиозапись? Короче у какой-то тетки в комнате стоит жучок, и мне эту запись с жучка надо перевести в текст. Это оооооочень интересно! Судебные тяжбы про развод! Русская тетка хочет (или не хочет??) развестись с японцем. И она сидит, болтает по телефону со своей русской подругой, и жалуется на свою тяжкую семейную японскую жизнь! Охренеть, какие у людей проблемы 0_о.

И главное, так кавайно! Просто ну вот мыльная опера-драма.

Успокаивает. В моей ситуации. Как телевизор смотришь.

https://aridmoors.livejournal.com/563875.html

Это ответ sciuro про почему я расстраиваюсь, что в "науке" ИБД.

Может быть, дело в конкретной теме. У меня общее впечатление, что цитометрия и иммунология состоят из в основном дельных проектов. Еще у меня такое же ощущение про КРИСПР или другие, связанные с изготовлением плазмидов, например, темы. GFP-related stuff пока что тоже вроде сравнительно ок. В секвенировании _геномов_ все сравнительно ок. А вот в РНК-сек все очень плохо. И в куПЦР все очень, очень плохо. Про микроэррэи я вообще молчу, мне даже туда лезть не хочется, так там всё плохо.

Я могу попробовать объяснить. Я же тут последние три кода в Quantitative Biology Center и занимаюсь статистикой и квантификацией. И это очень, очень плохо. РНК-сек - это (во всяком случае пока) такая фигня, что уши сворачиваются в трубочку от ужаса, ЧТО люди выдают за реальные данные. Я для примера приведу две статьи, которые очень хорошо характеризуют состояние дел в этой области.

Вот одна статья. Делала ее никому неизвестная бедная лаба из области агрономии (люди с растениями - это вообще несчастные люди, у них как правило сильно мало денег, и к ним мало кто идет). Статья ПРЕКРАСНАЯ, просто золото. Написана максимально простым, логичным языком, видно, что у людей огромный опыт, что они не только специалисты, не только могут разобраться в данных, но и могут при этом внятно объяснить, как они это сделали, какие недостатки, как их надо воспринимать, и что можно сделать для решения проблем. Однако их прекрасная статья хрен знает где в каком жопо-журнале висит.
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1111/tpj.13014

Кратко: эти люди взяли и симулировали идеальный датасет, который получился бы при РНК-секе, если бы РНК-сек был сделан в идеальных условиях. Ну то есть "чистые данные", что никогда не бывает в реальных условиях. Далее, они взяли этот идеальный датасет, и прогнали его на доступных софтах для анализа РНК-сек данных. Как если бы они прогоняли реальный, грязный датасет. Так вот. ДАЖЕ ПРИ ИДЕАЛЬНОМ датасете, у них более 25% генов(!!!) "поехали" и дали кривой количественный результат, отклоняющийся на более чем 20% от реальных цифр (реальные цифры были известны, т.к. датасет был симулирован сознательно, и цифры были заложены создателями).

Четверть бля! Четверть всех генов поплыли! На ИДЕАЛЬНОМ датасете! А представьте что там в реале получается, когда люди приносят хрен знает какую грязную РНК, которая потом еще и напэцээрена сверху, потом из нее хрен знает как сделала библиотека хрен знает каким криворуким студентом...

Я щас покажу картинку, сколько критических ступенек в РНК-секе, на которых [количественный] результат может "поплыть":


Слева РНК-сек ступени, на которых может поплыть. Из 14 ступеней только 13 и 14 - это анализ софтом. Все остальное может и будет вносить шум в количественное измерение. О каком в жопу точном измерении экспрессии можно говорить, простите меня пожалуйста? И это я еще НЕ ВКЛЮЧИЛА пэцээрение туда!!!! Которое при single-cell RNA-seq обязательно!!!

Важное уточнение: я не говорю о качестенном прочтении транскриптома, про качественное у меня ощущение, что там есть основания, т.к. секвенирование само по себе работает сравнительно ок, если что-то прочиталось, значит оно там как минимум было. Я говорю про количественное измерение экспрессии генов.

И спасибо большое агрономам с их статьей, с симулированным датасетом, который четко показал, насколько реально можно доверять анализу софтами... и это еще если учесть, что этих софтов понаплодилось - лопатой ешь... и все как один лучше другого, если верить их создателям((((

А теперь смотрите какая говностатья выложена в Нейчер (тут слово "говностатья", к сожалению, употреблено в прямом смысле, меня просто выворачивает на нее смотреть, настолько она страшно, некачественно написана, будто ее курица писала левой лапой):
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19015660

Там ТАКИЕ дифирамбы РНК-секу, что у меня четкое ощущение, что пост проплачен статья проплачена. В буквальном смысле проплачена, компаниями, выполняющими этот самый РНК-сек. Ну страшно читать, ей-богу, особенно после первой агростатьи. Просто страшно.

А она в Нейчер. И на нее ссылаются. И ее читают зеленые студенты. Ну мрак блин.

https://aridmoors.livejournal.com/562713.html

Если кто-то из научных работников сюда заходит, под катом большой вопрос



У вас есть ощущение, что в последнее время наука все больше напоминает ИБД (имитацию бурной деятельности)? Я одна так чувствую, или кто-то еще так чувствует?

Что утеряна какая-то глобальная важная цель, и все постепенно сводится к пустому проворачиванию колес с целью получения денег и построения личных карьер. Что вместо реальных результатов все чаще попытки выдать желаемое за действительно, пиар и показ результатов без вдумчивого медленного реального анализирования.

Я сужу по последним так называемым "трендам" (вот даже само существование этого слова в науке, мне кажется, уже о многом говорит).

Объявления о приеме на работу:

"Мы адресуем (address) эту тему, используя мышей, клеточные культуры и мультидисциплинарный микс из молекулярной биологии, клеточной и мышиной генетики, в комбинации с самыми последними технологиями (state-of-the-art) в геномике и биоинформатике. Этой научной инициативой мы хотим укрепить и координировать деятельность в области стремительно развивающейся РНК-биологии и занять лидирующую позицию в трансляции знаний из фундаментальных исследований в медицински полезные применения".

Жирным выделены пиар-слова, за которыми по сути ничего не стоит, и которые призваны создать радужный мыльный пузырь с летающими вокруг баннерами. Мне одной кажется, что это ненормально? Это не одно объявление, они все такие. Любое возьми.

"Кандидат будет работать над комплексом захватывающих проспектов, таких как дизайн новых диагностических инструментов, основанных на Омикс-данных, и интеграцией различных дата-стримов для дизайна предсказывающих алгоритмов для терапии пациентов во всех стадиях заболеваний."

Ну это какой-то капец. Мне одной кажется, что это капец? Дак оно ВЕЗДЕ же. Лезет из всех щелей, эта ИБД.

Я шла в науку, чтобы помогать людям. Меня не интересуют... или нет, даже не так. Мне виделся мир Стругацких, в которых люди заняты счастьем человеческим. Построения коммунизма для всех, а не у себя в одной отдельно взятой квартире на свои урватые у конкурентов грантоденьги. Зачем заниматься ЭТИМ? Это не наука. Или я чего-то не понимаю. Если я все правильно понимаю, ЭТО вообще не имеет с наукой ничего общего, от слова совсем.

Честное слово, если кому-то хочется делать личные деньги, он ошибся дверью, разве нет? Какие тут деньги-то.

Месяц назад читала грустное длинное признание пожилого профессора (на западе), что он дожил до пенсии, оглянулся назал, и все, что он увидел в своей жизни - это ворох никому не нужных статей, бумажек, написанных для того гранта, для этого гранта, для тех денег, для этих денег. Оглянулся и понял, что зря потратил всю свою жизнь.

Кто-нибудь еще так чувствует?

https://aridmoors.livejournal.com/561717.html