Уже в конце XIX века в Гамбурге был аптекарский огород. В город-порт привозили растения со всего мира. Первый ботанический сад был заложен доктором Ёханнесом Флюгге в 1810 году. Благодаря его усилиям за короткое время была собрана большая коллекция растений. Но из-за войны, начатой Наполеоном, дело Флюгге погибло. В 1819 году было принято решение всю территорию ботанического сада использовать как

место отдыха горожан.

В 1821 году сад был заложен во второй раз. Его основателем считается профессор Ёханн Леманн. Для улучшения почвы весной он посеял сидераты, а осенью посадил деревья. Его платаны стоят до сих пор. Государственным институтом ботанический сад стал только в 1857 году, а до этого он был фактически частным садом профессора Леманна. Для поддержания сада он бережно и экономно расходовал денежные пожертвования и продавал саженцы. Это вызывало недовольство частных коммерческих питомников, и они добились того, что Леманну запретили продавать растения. Город взял ботанический сад под свою опеку, обеспечивал его всем необходимым, а взамен потребовал сделать его открытым для публики. Кстати, запрет на коммерческую деятельность в саду соблюдается до сих пор, здесь нет ни кафе, ни ресторана.