Название города произошло от названия проживавшего на этой территории в древности племени сака. В формировании слова "Шеки" основой послужило "сака"-"шака". Со временем в соответствие с фонетическими закономерностями азербайджанского языка это слово преобразовалось в Шака - Шеке- Шаки -Шеки.
Веками именовавшийся Шеки, этот город со второй половины XVIII века стал называться Нухой. Что послужило причиной этого?
В 1772 году в результате сильнейшего ливня разлилась река Киш, и город был полностью разрушен. Газета "Кавказ" так писала об этом бедствии в номере за 15 июля 1846 года: "…виновница страшного наводнения река Киш превратила Шеки в развалины, смела все ее дома до основания…. Тысячи людей стали жертвами этого ужасного наводнения… тогда шекинцы отодвинулись на восточный берег долины - к подошве горы. Здесь и образовался теперешний город Нуха." Этот город, построенный в окрестностях селения Нуха, близ разрушенного наводнением города, вокруг новой крепости Шеки, более века по официальным документам именовался Нухой. Старое название Шеки было востановленно Указом Верховного Совета Азербайджанской республики от 15 марта 1968 года.
Древняя история Шеки мало изучена, не уточнено на научной основе время основания города. Однако некоторая информация, встречающася в античных источниках, результаты археологических раскопок в окрестностях города, позволяют примерно определить историю возникновения города и назвать временем его основания период тысячелетия до нашей эры. Следовательно, возраст Шеки 3500 - 3600 лет.
В первом веке до нашей эры племена саки совместно с албанскими войсками боролись против римских завоевателей, уничтожили вблизи Шеки войска римского военачальника Помпея. В V веке феодалы Сасани подчинили себе Албанию, и вместе с нею Шекинская область (махал) вошли в состав государства Сасани. Город управлялся наместниками шахов Сасани - их ближайшими родственниками и был их резиденцией.
В 656 году Шеки был захвачен войсками арабского Эмира Салмана Ибни Рабия, а в 706 - Мериана Ибни Мухаммеда и безжалостно ими разрушен.
В 813 году, когда в Аране создалось правительство Аран-шахов, Шеки перешел в их подчинение. В 985 -1030 годах город подчинила себе династия Шеддади, появившаяся в Барде.
В 1118 году город захватили сельджуки. В1396 году город был захвачен и разорен монголами, сыном Тимурленга Мианшахом.
В XV-XVII веках Шекинский махал, подвергался нападению иранских и турецких войск, переходил из рук в руки, был неоднократно разграблен.
В 40-х годах XVIII века в Шеки начинают подниматься восстания против жестокой феодальной эксплуатации и иранского гнета, ширится освободительное движение. Это движение возглавил местный феодал Гаджи Челеби Гурбан оглы. В 1743 году Гаджи Челеби с помощью своих приближенных убил подручного Надир-шаха, жестокого правителя Шеки Мелик Наджафа и объявил себя шекинским ханом. Взбешенный такими действиями, правитель Ирана Надир-шах, чтобы привести в повиновение шекинцев, 1744 году с большой армией напал на Шеки и четыре месяца держал в осаде крепость "Гялярсян - Гёрярсян", где укрылся Гаджи Челеби. По приказу Надир-шаха город был разрушен, поля и сады - уничтожены. Однако всё это не сломило воли шекинцев, решивших раз и навсегда покончить с иранским гнетом. Надир-шах был вынужден снять осаду крепости и оставить Шеки.
Таким образом, появилось первое независимое ханство в Азербайджане - Шекинское ханство. В период властвования Гаджи Челеби (1743 -1755 гг.) Шекинское ханство было самым могучим среди феодальных государств Азербайджана. После смерти Гаджи Челеби шекинским ханом стал его сын Агакиши-бек(1755 -1760), затем внук Гусейн-хан (1760 - 1782). В общем, династия Челеби управляла независимым Шекинским ханством 64 года - вплоть до присоединения Азербайджана к России.