К концу X века после сформирования польской государственности Вавель становится центром политической и духовной властив Польше. Со второй половины XI века и до начала XVII-го он является резиденцией польских королей. В XIV веке при короле Казимире Великом (1333-1370), когда Краков стал столицей государства, и в дальнейшем, при правлении Ягеллонов, Вавель достигает наибольшего расцвета. После заключения унии между Польшей и Литвой Краков оказывается на окраине огромной Речи Посполитной. И постепенно теряет свое политическое значение, уступая Варшаве, расположенной в центре государства. Наконец, в 1609 году король Сигизмунд III Ваза переносит столицу в Варшаву.

Толчком для переезда явился пожар в Вавельском замке. Король решил его не восстанавливать, а просто переехать в Варшаву. 

После третьего раздела Польши в 1795 году Вавель переходит в руки австрийцев. В 1815 году после разгрома Наполеона Краков становится вольным городом. Но в 1846 году в Вавель возвращаются австрийские военные, и размещают там свои казармы. Наконец, в 1905 году замок выкупают у австрийцев, и сразу же в Вавеле начинаются восстановительные и реставрационные работы. А с 1930 года замок вновь становится парадной резиденцией главы государства, а часть его помещений предназначается под музей. Во время второй мировой войны в замке располагалась резиденция немецкого генерал-губернатора.