Как убрать лишние переносы строк? / Почти каждое предложение с новой строки
Меню → Файл → Формат файла → установите флажок «Детектирование абзацев».

У меня текст крокозябрами!
Вариант 1: Меню → Файл → Формат файла → покрутите кодировки.
Вариант 2: в выбранном шрифте отсутствуют символы, используемые в книге.
Вариант 3: не читайте из архива RAR или из архива в архиве.
Вариант 4: если первые три варианта не помогли, отправьте файл на почту Алану (см. Меню → Информация → О программе) или выложить в теме-обсуждении.

Хочу пальцевую прокрутку!
Меню → Настройки → Тапы → снимите флажок «Использовать штрихи». Покрутка построчная. Плавной прокрутки с инерцией пока не планируется. Для удобного листания пальцем используйте тапы.

В файлах doc не отображаются картинки!
Пересохраните этот файл в html, а потом читайте. Можно также упаковать файл html вместе с папкой, содержащей картинки, в архив zip (не rar!), после чего читать из архива.

Как отключить часы под текстом?
Меню → Профиль → Отступы и фон → снимите флажок «Часы под текстом».

Как включить отображение сносок на странице?
Меню → Настройки → Экран → Сноски на странице.

Поддерживаются ли архивы RAR?
Официально не поддерживаются. Можно добавить файл unrar.dll (взять, например, из Resco Explorer) в каталог программы. Пока эта библиотека не очень надежна, поэтому, возможно, какие-то файлы не откроются.

Как подключить шрифты?
Шрифты следует копировать в папку Windows\Fonts (или Windows\Шрифты) устройства. Взять их можно из аналогичной папки на компьютере. После этого их можно выбрать в настройке шрифтов AlReader.

Есть ли у AlReader собственные словари, наподобие словарей в Haali Reader? Можно ли использовать словари от Haali?
Движок словаря есть в последней версии. Словари можно создавать самостоятельно, в том числе конвертировать их из словарей Dict. Все для создания словарей, а также пример словаря можно скачать по адресу http://alreader.kms.ru/AlReader/AlDictionary.zip
Словари от Haali не поддерживаются.

После хард-ресета перестал запускаться Dict, хотя он настроен в AlReader. Как исправить?
Переустановите Dict. Если Dict не был переустановлен, а просто остался на карте, из AlReader он запускаться не будет.

На емкостном экране очень сложно попасть пальцем в сноску или ссылку. Что можно сделать?
1. В BsB Tweaks включите твики «Screen Sensitivity» и «Tap Time», перезагрузитесь и сделайте калибровку экрана.
2. Назначьте на тап-зоны или штрихи действия «Следующая строка» и «Полный экран/пауза автопрокрутки». Для выбора нужной ссылки или сноски на экране используйте тап-зону «Следующая строка», а для перехода — тап-зону полного экрана. Можно также добавить тап «Предыдущая строка» — для обратного перехода между выделенными ссылками.
(За ответы спасибо stm555.)
3. В последней версии можно настроить отображение сносок прямо под текстом на странице (Меню → Настройки → Экран → Сноски на странице).

У вас случайно не WM6.5 с крупным меню? Прокрутите меню, эти пункты, как и всегда, внизу.

При плавной автопрокрутке между страницами видны промежутки. Зачем они нужны?
Это комбинация верхнего и нижнего отступа. Если мешает — попробуйте настроить отступы так, чтобы промежутки между страницами были близки к межстрочному расстоянию.