Не пробовал, меня на 95% устраивает Sylpheed

Я просто заподозрил, что может быть проблема в нём и попробовал юзать Evolution :). Последний мне тоже нравится, но имел с ним проблемы, пресел на Sylpheed и привык :).
Оказалось, дело-таки в Яндексе. Видимо, сервер пермодически меняет какое-то свойство писем пришедших вчера после восьми вечера примерно (по Киеву). И почтовик каждый раз воспринимает их как новые и скачивает повторно.
Хорошо, что в Sylpheed есть опция "Удалить одинаковые письма", но разражает то, что при получении почты кажды раз дёргаешься от текушего занятия, проверить что пришло. А оказывается ничего. Эффект такой, будто каждые 20 минут кто-то звонит в дверь и убегает :D.