Ну, тут 2 версии  возникновения - одна лучше другой.
 По первой: монастырские комплексы в меловых пещерах были  созданы прибл. в 17 в., бежавшими от церковной унии малороссами, и упоминание о монастырях, кстати,  18-19 веков, но не раньше. Что очень правдоподобно. Вторая версия несколько притянутая за уши (мое мнение, конечно, но если "Крым для россиян - то же, что и "Храмовая гора в Иерусалиме для тех, кто исповедует ислам или иудаизм"поскольку князь Владимир принял крещение в Корсуни в Крыму", то и не удивительно))))))))))))))): якобы византийские иконописцы бежали  с родины в эти края в 8 в. и отсюда пошло распространяться христианство по Руси. Оставим это на совести  историков. Главное, что - красота же необыкновенная. И при совке никто даже слыхом не слыхивал, а кто и слыхивал - тот помалкивал.