С именем Алексея Бахрушина молва связывает мрачную легенду об исчезнувшем черепе Гоголя. Когда в 1931 году проводилось перезахоронение останков писателя с кладбища Свято-Данилова монастыря на Новодевичье, обнаружился шокирующий факт - из гроба пропал череп! Из допроса монахов монастыря выяснилось, что накануне столетия со дня рождения Гоголя в 1909 году, на кладбище проводилась реставрация могилы писателя. Якобы в эти дни на кладбище видели московского коллекционера Алексея Бахрушина. На него-то и пало подозрение в том, что он мог подкупить кладбищенских работников, дабы они добыли для его собрания столь эксклюзивную реликвию. Бахрушин якобы увенчал череп Гоголя серебряным венком и поместил в специальный палисандровый ларец со стеклянным оконцем.
"В Бахрушинском театральном музее в Москве имеются три неизвестно кому принадлежащие черепа: один из них, по предположению, - череп артиста Щепкина, другой - Гоголя, о третьем - ничего не известно", - писал Владимир Лидин, бывший на эксгумации. Молва связала полосу неприятностей в жизни Бахрушина с тем, что он завладел черепом Гоголя, а затем, когда дела коллекционера наладились - появилось мнение, что он от черепа избавился, отдав его внучатому племяннику Гоголя Яновскому. Слухи и по сей день остаются слухами, находя как сторонников, так и противников.