Алексия Второго часто критикуют и за то, что во время острых политических кризисов, потрясавших все общество, таких, как августовский путч 1991 года, как октябрьские события в Москве в 1993 году, как война в Чечне, как массовая гибель заложников в Беслане и на Дубровке и т.д. он практически никогда не высказывался определенно, не указывал своей пастве, где добро, а где – зло. Однако многие, напротив, ставят в заслугу Алексию Второму то, что он в целом удержал церковь вне политики.