Приступая к работе над картиной, Н. Ге оказался перед выбором. Многие тогда были уверены в вине "царя-сыноубийцы", а сам царевич объявлялся жертвой вероломного отца. Однако с таким освещением событий не согласился историк Н.И. Костомаров, которого Н. Ге хорошо знал и считал его выдающимся талантом, историком с ясным умом. Происки царевича Алексея для Н. Костомарова были делом доказанным, а казнь закономерной. Правда, и он оговаривается, что Петр I сам сделал из сына врага.
Ни в одном из исторических документов не упоминается, что Петр I когда-нибудь допрашивал сына один на один в Петергофе. Допросы царевича велись в официальной обстановке, и, конечно, Н. Ге знал об этом. Но он сознательно переносит действие в Петергоф и ограничивает круг действующих лиц, чтобы более усилить глубокое проникновение в быт и психологию эпохи.
В это решающее мгновение жизни царевич Алексей еще был способен на пассивное сопротивление, он еще не потерял веры а то, что царь Петр не осмелится переступить через свой долг отца не посмеет поднять против себя общественное мнение, осудив законного наследника престола, каким Алексей продолжал себя считать. Эта несбывшаяся, иллюзорная надежда и продолжает питать его внутреннее сопротивление. Он не был бессильной жертвой, в его упрямстве, твердом нежелании подчиниться воле отца есть своя линия поведения, свое мужество, потому он не жалкий трус (хотя иногда его видели именно таким), а противник Петра. Хотя, как известно, царевич Алексей написал повинную отцу.