Со временем зрение Баха становилось всё хуже. Тем не менее, он продолжал сочинять музыку, диктуя её своему зятю. В 1750 году в Лейпциг приехал английский офтальмолог Джон Тейлор, которого многие современные исследователи считают шарлатаном. Тейлор дважды прооперировал Баха, но обе операции оказались неудачными, Бах остался слепым. Возможно причиной смерти Баха стали осложнения после операций.
В последние годы жизни и после смерти Баха его известность как композитора стала уменьшаться: его стиль считали старомодным по сравнению с расцветающим классицизмом. Его больше знали и помнили как исполнителя, педагога и отца Бахов-младших, в первую очередь Карла Филиппа Эммануила, музыка которого была известнее. Однако многие крупные композиторы, такие как Моцарт и Бетховен, знали и любили творчество Иоганна Себастьяна.