Пётр Александрович Герцен родился в 1871 году во Флоренции, в семье известного швейцарского физиолога русского происхождения Александра Александровича Герцена и дочери крестьянина, итальянки Терезины Феличе. Пётр Александрович Герцен приходился внуком русскому публицисту, писателю и философу Александру Ивановичу Герцену. Окончил медицинский факультет Лозаннского университета. Через год после окончания университета успешно защитил в Лозанне диссертацию на степень доктора медицины. В 1897 году Герцен переехал в Россию, как завещал его дед, и, быстро изучив русский язык (которого он не знал), поступил вольнослушателем на V курс медицинского факультета Московского университета. В годы Первой мировой войны — хирург в действующей армии. После Октябрьской революции супруга Петра Александровича с тремя их детьми уехала в Италию, но он не последовал за ними.