Преподобный Мартиниан, напротив, имел крестьянское происхождение и родом был из под Вологды. Был пострижен в монахи Кириллом Белозерским. В 1427 году Мартиниан уходит из Ферапонтова монастыря и основывает свой собственный, что становится уже хорошей традицией, на небольшом островке посреди озера Воже близ современной границы Вологодской и Архангельской областей. Монастырь так и называется - Спасский Вожеезерский. Вскоре Мартиниана зовут обратно и он возвращается в Ферапонтов монастырь на пост настоятеля. В 1447 году он оказывает поддержку сосланному на Белоозеро Василию II Темному и когда тот занимает вновь княжеский пост в Москве, то приглашает Мартиниана переехать к нему поближе - управлять Троице-Сергиевым монастырем. Мартиниан соглашается, но в 1455 году опять возвращается в родной Ферапонтов, где и проводит остаток жизни.

Каменное строительство в монастыре начинается в конце 15 века. В 1490 году сооружается древнейшее здание монастыря - собор Рождества Богоматери, который является вторым (после собора Спасо-Каменного монастыря) каменным храмом на Русском Севере. В 1502 году за 34 (!) дня весь собор расписывается известнейшим художником тех времен - Дионисием и его сыновьями и именно эти фрески и являются основной ценностью Ферапонтова монастыря. К сожалению, сведения о Дионисии в летописях очень скудны. Вероятная дата его рождения - 1440 год. Также есть записи о его работе в московском Успенском соборе в 1481 году и о том, что он расписывал храмы в Пафнутьево-Боровском и Иосифо-Волоколамском монастырях.

В 1528 году Ферапонтово посещает Василий III вместе со своей женой Еленой Глинской во время своей известной поездки по северным монастырям, когда государева чета молилась о даровании наследника. Долгожданный сын, будущий Иван Грозный, впоследствии дважды побывал в Ферапонтове в 1547 и 1551 году. Иван был самым щедрым жертвователем в Ферапонтов монастырь. Судя по описи вкладов, им было внесено более 3 тысяч рублей, а также множество самой разнообразной утвари.

На протяжении XVI - XVII веков в монастыре велось активное строительство, но он так и не стал крепостью, как Кирилло-Белозерский, даже ограда его до XIX века оставалась деревянной. Именно из-за полного отсутствия каких бы то ни было укреплений монастырь был разорен польскими отрядами в 1614 году. Монахи, правда, успели спрятать наиболее ценные вещи.

С 1666 по 1676 год в Ферапонтовом монастыре проживает патриарх Никон, сосланный сюда сразу же после низложения церковным собором. Никон не переставал надеяться на скорое возвращение и требовал от окружающих патриарших почестей и привилегий, чем всех изрядно достал. Отказывать же Никону в его капризах монастырские власти побаивались, не будучи уверенными в том, что бывший патриарх не вернется более на свой пост. Но после смерти царя Алексея Михайловича в 1676 году положение Никона резко меняется в худшую сторону - его переводят в Кирилло-Белозерский монастырь на тюремное положение. Лишь в 1681 году Никону разрешают вернуться в созданный им Ново-Иерусалимский монастырь под Москвой, но в дороге он заболевает и умирает.

С конца XVII века Ферапонтов монастырь приходит в упадок, а в 1798 его упраздняют, церкви же делают приходскими. В XVIII - XIX веках часть древних зданий уничтожается, большинство прочих варварски переделывается. В 1857 году обветшавшую деревянную монастырскую ограду заменяют каменной, которая частично сохранилась до настоящего времени. В 1904 году, в связи с пятисотлетием со дня основания, монастырь открывают вновь, но уже как женский. В 1908-1915 годах в нем впервые проводят профессиональные восстановительные работы. Вскоре к власти приходят большевики и монастырь закрывается опять, на этот раз, видимо, навсегда. Теперь здесь музей - Музей фресок Дионисия.

В сентябре 1990 года надвратная церковь, служившая некогда домовым храмом Никону, была предоставлена общине для богослужений. Остальные постройки остаются музеем - это единственно возможный способ уберечь фрески Дионисия, являющиеся достоянием мировой культуры. В этой связи хочется привести слова нынешнего патриарха Алексия II, посетившего монастырь в 1992 году и, очевидно, разделяющего эту точку зрения:

"Божие благословение на труды работников музея - хранителей Ферапонтова монастыря и реставраторов, которые стремятся передать грядущим поколениям шедевры русской иконописи".

Последние из существовавших погибли во время бомбежек Новгорода во 2-ую Мировую войну. Фрески Дионисия уникальны также своим цветовым решением. Интернет, безусловно, предоставляет возможность продемонстрировать палитру цветов Ферапонтовских росписей, но это никак не способно заменить натуру. Неожиданно гармоничным является сочетание художественных элементов характерных для русской культуры с древнегреческими. Подчеркнуто непропорциональные, с русскими лицами, фигуры исполнены изысканной античной грации. Остается лишь пожалеть, что температурный режим не позволяет зимним посетителям Ферапонтова почувствовать контраст и, в то же время, странный симбиоз холодного Русского Севера и знойного Античного Юга.

В 2.5 км к югу от монастыря расположен почти полностью разрушенный Ильинский погост у Цыпиной горы. Сама гора - это поросший лесом холм, один из самых высоких в округе. От погоста сохранилась лишь деревянная церковь Ильи Пророка (1755 год), но и та находится в плачевном состоянии. Храм легко не заметить, поскольку он скрыт за деревьями. Ориентиром является небольшое Ильинское озеро, на берегу которого и располагался погост.