25 января 1941 года, якобы за враждебную агитацию среди заключённых, Н.А. Козырев, осуждён повторно на 10 лет лишения свободы.

Пункты обвинения:
подсудимый — сторонник теории расширения Вселенной;
считает Есенина (возможно, Гумилёва) хорошим поэтом, а Дунаевского - плохим композитором;
заявил, что «бытие не всегда определяет сознание»;
не согласен с высказыванием Энгельса о том, что «Ньютон - индуктивный осёл».

14 декабря 1946 года по ходатайству коллег-астрономов освобождён - условно-досрочно, как талантливый учёный, а 21 февраля 1958 года полностью реабилитирован.

"Значит, вы не согласны с высказыванием Энгельса о Ньютоне?" - спросил председательствующий на суде.
"Я не читал Энгельса, но знаю, что Ньютон - величайший из ученых, живших на Земле", - ответил обреченный астроном.
Точно бы повторилась легенда об исходе судилища инквизиции над Галилеем.

Верховный суд РСФСР счел приговор Таймырского суда слишком либеральным и заменил его расстрелом, который повис над крамольником Козыревым.

***.
Находившийся в том же лагере Л.Н. Гумилев (сын известного поэта Николая Гумилева, расстрелянного органами ВЧК в августе 1921 г.) предсказал Козыреву, что приговоренному не бывать расстрелянным.
Отсутствие "расстрельной команды" в Дудинке вряд ли послужило причиной оттяжки времени для исполнения нависшего приговора.
Стране был нужен никель (другая никелево-рудная база на Кольском полуострове находилась в зоне военных действий), а никелевый комбинат в Норильске по-прежнему испытывал острую нужду в специалистах.
По прошествии определенного срока Верховный суд СССР восстановил решение Таймырского суда относительно "вины" Козырева.
Предсказание Гумилева оказалось пророческим и в других случаях смертельной опасности, нередко грозившей астроному на далеком Севере.