Ботанический сад, как и многое в Петербурге, возник по Указу Петра Первого. Создавался сад не для экзотики, а для выращивания лекарственных растений. Как известно, сам Пётр, увлекался медициной, естественными науками и лекарственной ботаникой. В феврале 1714 года по его указу на Вороньем острове, который со временем стал называться Аптекарским, разбили медицинский огород. Там выращивали: ромашку, шалфей, мяту, горчицу, можжевельник, лаванду, розы, различные луковичные и другие растения.
В 1735 году Аптекарский огород переименовали в Медицинский сад. Руководство поручили немецкому ботанику И. Г. Сигизбеку. Здесь начали проводить научные исследования, посылать экспедиции по России и за границу. В 1798 году Сад был переименован в Ботанический.
Ботанический сад работал, но длительное время не могли определиться, для чего он нужен: для нужд военных госпиталей, для подачи «ананасов к столу» высопоставленных особ или для науки. Учреждение относилось то к Академии наук, то к Медико-хирургической академии. Постепенно из-за недостатка финансирования стал ощущаться упадок. Также негативную роль, сыграла и война 1812 года, денег «на ботанику» у государства не было. Большинство построек тогда обветшало, растения гибли от холода. Но, в 1823 году начальником департамента внутренних дел становится граф В. П. Кочубей, который считал, что Российская империя должна иметь достойный государственный Ботанический сад.
Кочубей составил доклад императору Александру I, в котором написал: «Всякое публичное место должно или существовать в возможном совершенстве, или вовсе не быть предпринимаемо». Как же актуальны эти слова и сейчас. Александр согласился, сад получил статус Императорского и стал самостоятельным учреждением. Уже в 1824 году было построено 25 оранжерей. Экспедиции отправились по всему миру. В 1831-1836 годах в Бразилии, в Рио-де-Жанейро, даже работал филиал сада для пополнения экзотических коллекций.
Однако в середине 1850-х опять стало преобладать мнение, что главное это не растения и наука, а «фрукты ко двору». Весь научный персонал был уволен.
Сад оправился от этого удара благодаря новому директору - швейцарцу Эдуарду Регелю, одному из лучших садоводов Европы. Буквально за год он вдохнул жизнь в Императорский ботанический сад и поднял его на европейскую высоту.
В течение почти 37 лет (1855—1892) Регель был сотрудником, а с 1875 года до конца жизни - директором Императорского ботанического сада в Санкт-Петербурге.
Коллекции сада регулярно пополнялись лицами, путешествовавшими по поручению других учёных обществ. Так, богатое собрание монгольских и китайских растений передал знаменитый Н. М. Пржевальский.
Со временем сад стал обладателем крупнейшей в мире коллекции. За участие в международных выставках он получал золотые медали. Были построены здания музея, пальмовой оранжереи, библиотеки и Гербария. В 1913 году в связи с 200-летием Ботанического сада ему было присвоено имя Петра Великого.
Революционные события 1917 года нанесли саду большой удар. Оранжереи разрушались, парк пришёл в упадок, растения гибли. Возрождение началось только с 1923 года, но уже к 1925-му были восстановлены все оранжереи. В сад передали экзотические растения из бывших дворцовых и частных коллекций. В 1930 году сад переходит в ведение Академии наук, а в 1931-м, в результате слияния с Ботаническим музеем, создаётся Ботанический институт АН СССР.
Но, вскоре сад ждет новый трагический поворот, война. За годы блокады на оранжереи Ботанического сада обрушилось 50 зажигательных бомб и 85 снарядов. Первая авиабомба на территорию сада упала 14 октября 1941 года, взрывной волной выбило стёкла в тропических оранжереях, перестала работать котельная. Самая большая авиабомба упала на сад 15 ноября 1941 год, уничтожила остекление нескольких оранжерей, включая Большую Пальмовую. Тогда была утеряна практически вся тропическая коллекция.
Всего в блокаду удалось сохранить чуть более 250 растений: маленькие сеянцы пальм, кактусы, рододендроны. Часть из них сотрудники унесли в квартиры, часть собрали в одну небольшую оранжерею, которую отапливали печками. Всё остальное было полностью уничтожено. Огромный вклад в сохранение коллекции внёс учёный-садовод Николай Иванович Курнаков.
Николай Иванович пришёл работать в Императорский ботанический сад девятнадцатилетним молодым человеком в 1902 году. В то время директором был Э. Л. Регель. Всю свою трудовую жизнь - а это более 40 лет Н.И. Курнаков посвятил изучению и выращиванию суккулентов.
Трудно представить, но во время войны, практически все пространство его небольшой квартиры, было занято растениями. Лишь небольшая дорожка, вела к свободной от кактусов кровати. К 1942 году Николай Иванович от истощения еле стоял на ногах, его включили в список на эвакуацию. Но, он отказался уезжать, объявив, что «был с кактусами 40 лет, и не бросит их сейчас». Николай Иванович вместе со своей коллекцией дождался снятия блокады и окончания войны, но его здоровье, как и многих ленинградцев, переживших это страшное время, было подорвано. Его не стало в 1944 году. Человек ушел, но осталась коллекция растений, сохраненная ценой его жизни. На фото ниже, сотрудники Сада, спасавшие оранжерейные растения в тяжелые годы блокады Ленинграда.
Как только прорвали блокаду, началось восстановление. Из Батумского ботанического сада доставили семена субтропических культур, а весной 1944-го пришла посылка из Лиссабонского ботанического сада с семенами. В 1946-м из Сухуми привезли субтропические растения, некоторые из них, к примеру, пальмы и агавы, растут и сегодня.
